7dbm

HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V:DNA:dGTP ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 1	HIV-1 RT p51 subunit × 1 （P12497） DNA/RNA (38-MER) × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 1	HIV-1 RT p51 subunit × 1 （P12497） DNA/RNA (38-MER) × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3XFN5_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–557； UniProt 100–654 作者链 C； PDB构建体 3–557； UniProt 100–654

HIV-1 RT p51 subunit

Human immunodeficiency virus type 1

UniProt P12497

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 1	Protease × 1 （D3XFN5） DNA/RNA (38-MER) × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 1	Protease × 1 （D3XFN5） DNA/RNA (38-MER) × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 17–444； UniProt 588–1015 作者链 D； PDB构建体 17–444； UniProt 588–1015

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7dbm
沉积日期 deposition_date	2020-10-21
结构标题 title	HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V:DNA:dGTP ternary complex
关键词 keywords	;Entecavir 5'-triphosphate, HIV-1, HBV, reverse transcriptase, drug resistance, TRANSFERASE-DNA complex, REPLICATION ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7dbm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7dbm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7dbm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.99 Å
Rg（电子密度）	32.73 Å
总 Rg	33.34 Å
原子数	8605
残基数	991
排除体积	152320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7dbm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7dbm__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease
分子量 formula_weight	64001.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,3.1.26.13
突变 mutation	Q250M,Y214F,F215Y,M283V,C261S,C379S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17702

MVPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAFYSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPMGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYVDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLSKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTEAVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIIGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVPLTDTTNQKTELQAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 RT p51 subunit
分子量 formula_weight	51861.5 kDa
突变 mutation	C749S,C867S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAHHHHHHALEVLFQGPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLSKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTEAVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA/RNA (38-MER)
分子量 formula_weight	11724.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

TAATCGCCCCCCTTCGGTGCTTTGCACCGAAGGGGGGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	439

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晶胞边长 a length_a	283.514 Å
晶胞边长 b length_b	283.514 Å
晶胞边长 c length_c	95.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	48.469 Å
R 因子 r_factor	0.1832
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2244

HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V:DNA:dGTP ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HIV-1 RT p51 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7dbm__assembly_1__model_1

7dbm__assembly_1__model_1 | I(q)

7dbm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V:DNA:dGTP ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HIV-1 RT p51 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7dbm__assembly_1__model_1

7dbm__assembly_1__model_1 | I(q)

7dbm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)