7fgh

Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus Nonstructural Protein 1 with m7GMP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 204.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-capping enzyme nsP1

Chikungunya virus strain S27-African prototype

UniProt Q8JUX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–516 链 B; UniProt 1–516 链 C; UniProt 1–516 链 D; UniProt 1–516 链 E; UniProt 1–516 链 F; UniProt 1–516 链 G; UniProt 1–516 链 H; UniProt 1–516 链 I; UniProt 1–516 链 J; UniProt 1–516 链 K; UniProt 1–516 链 L; UniProt 1–516 未记录 ZN ZINC ION × 12 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 12 G7M N7-METHYL-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 163 个其他 PDB 条目、604 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLN_CHIKS
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 B; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 C; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 D; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 E; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 F; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 G; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 H; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 I; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 J; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 K; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516 作者链 L; PDB构建体 1–516; UniProt 1–516

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7fgh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7fgh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7fgh
沉积日期 deposition_date2021-07-27
结构标题 titleCryo-EM Structure of Chikungunya Virus Nonstructural Protein 1 with m7GMP
关键词 keywordsnonstructural protein, Chikungunya virus, RNA cap, replication, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.21
零角强度 I(0) i05379500000.00
分子量 molecular_weight615720.0 kDa
排除体积 excluded_volume767020 ų
包络体积 envelope_volume1278300 ų
水化壳体积 shell_volume139000 ų
包络直径 envelope_diameter199.6
壳层 Rg shell_rg86.22
包络 Rg envelope_rg67.69
形状 Rg shape_rg72.20
总 Rg total_rg72.40
总原子数 total_atoms43116
残基数 n_residues5436
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax204.5
Rg (实空间) rg_real72.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real5.3790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0760e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal73.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5389000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8187
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary120.9
偏度 Skewness skewness-0.124
峰度 Kurtosis kurtosis-0.960
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha296700000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.891; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)