7h8a

Group deposition for crystallographic fragment screening of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z3225843273 (CHIKV_MacB-x1139)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 3

Chikungunya virus

UniProt Q8JUX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 IRU 1~{H}-pyrazol-5-ylmethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;293.15 K;0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Sodium bromide, 0.1 M Tris, pH 7.8, 25 % PEG Smear Broad 分辨率 1.38 Å R-free 0.197
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;293.15 K;0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Sodium bromide, 0.1 M Tris, pH 7.8, 25 % PEG Smear Broad 分辨率 1.38 Å R-free 0.197
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 IRU 1~{H}-pyrazol-5-ylmethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;293.15 K;0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Sodium bromide, 0.1 M Tris, pH 7.8, 25 % PEG Smear Broad 分辨率 1.38 Å R-free 0.197
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;293.15 K;0.1 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Sodium bromide, 0.1 M Tris, pH 7.8, 25 % PEG Smear Broad 分辨率 1.38 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 163 个其他 PDB 条目、601 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLN_CHIKS
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–163; UniProt 1334–1493 作者链 B; PDB构建体 4–163; UniProt 1334–1493 作者链 C; PDB构建体 4–163; UniProt 1334–1493 作者链 D; PDB构建体 4–163; UniProt 1334–1493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7h8a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7h8a
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7h8a
沉积日期 deposition_date2024-04-26
最后修订 last_revision2024-05-29
结构标题 titleGroup deposition for crystallographic fragment screening of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z3225843273 (CHIKV_MacB-x1139)
关键词 keywordsDiamond Light Source, I04-1, READDI, Chikungunya Virus, crystallographic fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.20
零角强度 I(0) i090056900.00
分子量 molecular_weight72088.0 kDa
排除体积 excluded_volume89218 ų
包络体积 envelope_volume114280 ų
水化壳体积 shell_volume32944 ų
包络直径 envelope_diameter99.9
壳层 Rg shell_rg36.04
包络 Rg envelope_rg28.82
形状 Rg shape_rg29.19
总 Rg total_rg29.86
总原子数 total_atoms5026
残基数 n_residues648
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.5
Rg (实空间) rg_real29.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real9.0060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal90060000.0000
解质量估计 total_estimate0.9013
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.8
偏度 Skewness skewness0.199
峰度 Kurtosis kurtosis-0.585
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35080000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.900

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)