SAXSdb — 7k79

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 2–478	未记录	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B × 2 （P40969） Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7K79	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6FE8 Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex 提交 2017-12-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–478（477 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6GSA Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 提交 2018-06-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–478（477 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6GYP Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	MET METHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 ARG ARGININE × 1 THR THREONINE × 2 GLN GLUTAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GYS Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–478（478 aa）链 H 1–478（478 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6GYU Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 CT 1–478（478 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF3C_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 3–479； UniProt 2–478

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40969

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–608 链 O； UniProt 1–608	未记录	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C × 1 （P35203） Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7K79	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QUQ Crystal Structure of the Essential Inner Kinetochore Protein Cep3p 提交 2007-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–608（562 aa）片段：residues 47-608	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM HEPES, 5% PEG 4000, 500 mM NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
2VEQ Insights into kinetochore-DNA interactions from the structure of Cep3p 提交 2007-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 48–608（561 aa）片段：RESIDUES 48-608	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 CAC CACODYLATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE, 12% PEG 4000	分辨率 2.49 Å R-free 0.246
6F07 CBF3 Core Complex 提交 2017-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–608（608 aa）链 B 1–608（608 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6FE8 Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex 提交 2017-12-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 47–608（562 aa）链 B 47–608（562 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6GSA Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 提交 2018-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：tetrameric	链 A 47–608（562 aa）链 B 47–608（562 aa）	突变：Truncation of the N-terminal domain, UNP residues 1-46 突变：Truncation of the N-terminal domain, UNP residues 1-46	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6GYP Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–608（608 aa）链 C 49–608（560 aa）	未记录	MET METHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 ARG ARGININE × 1 THR THREONINE × 2 GLN GLUTAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GYS Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–608（608 aa）链 C 1–608（608 aa）链 I 1–608（608 aa）链 J 1–608（608 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6GYU Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–608（608 aa）链 C 49–608（560 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7K7G nucleosome and Gal4 complex 提交 2020-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 M 1–48（48 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 CE 1–608（608 aa）链 ce 1–608（608 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF3B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608 作者链 O； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608

Suppressor of kinetochore protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P52286

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–194	未记录	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C × 1 （P35203） Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B × 2 （P40969）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7K79	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–193（193 aa）片段：residues 36-63 deleted	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–193（193 aa）片段：residues 36-63 deleted	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3MKS Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–194（193 aa）片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted 链 C 2–194（193 aa）片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted	未记录	SO4 SULFATE ION × 11 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3MKS Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2 提交 2010-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–194（193 aa）片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3MKS Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2 提交 2010-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–194（193 aa）片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221
5AN3 Structure of an Sgt1-Skp1 Complex 提交 2015-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–35（35 aa）片段：BTBPOZ DOMAIN, UNP RESIDUES 1-35,65-158 链 D 65–158（94 aa）片段：BTBPOZ DOMAIN, UNP RESIDUES 1-35,65-158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.325 M MGCL2, 22.5% PEG-6000, 0.1 M TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.82 Å R-free 0.241
6F07 CBF3 Core Complex 提交 2017-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6FE8 Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex 提交 2017-12-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–194（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6GSA Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 提交 2018-06-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–194（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6GYP Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	MET METHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 ARG ARGININE × 1 THR THREONINE × 2 GLN GLUTAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GYS Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–194（194 aa）链 K 1–194（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6GYU Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7PMN S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II) 提交 2021-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 K 1–194（194 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 SK 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 z 1–194（194 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k79
沉积日期 deposition_date	2020-09-22
结构标题 title	CBF3
关键词 keywords	CBF3, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.51 Å
零角强度 I(0) i0	481057000.00
分子量 molecular_weight	187940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	238800 Å³
包络体积 envelope_volume	325260 Å³
水化壳体积 shell_volume	67806 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.63 Å
包络 Rg envelope_rg	37.85 Å
形状 Rg shape_rg	38.52 Å
总 Rg total_rg	38.98 Å
总原子数 total_atoms	13272
残基数 n_residues	1601
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	481100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6709
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	137200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.939

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
分子量 formula_weight	60900.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	13272

MGPSFNPVRFLELPIDIRKEVYFHLDGNFCGAHPYPIDILYKSNDVELPGKPSYKRSKRSKKLLRYMYPVFATYLNIFEYSPQLIEKWLEYAFWLRYDCLVLDCFKVNHLYDGTLIDALEWTYLDNELRLAYFNKASMLEVWYTFKEYKKWVIDSVAFDELDLLNVSNIQFNIDNLTPQLVDKCLSILEQKDLFATIGEVQFGQDEEVGEEKDVDVSGANSDENSSPSSTIKNKKRSASKRSHSDNGNVGATHNQLTSISVIRTIRSMESMKSLRKITVRGEKLYELLINFHGFRDNPGKTISYIVKRRINEIRLSRMNQISRTGLADFTRWDNLQKLVLSRVAYIDLNSIVFPKNFKSLTMKRVSKIKWWNIEENILKELKVDKRTFKSLYIKEDDSKFTKFFNLRHTRIKELDKSEINQITYLRCQAIVWLSFRTLNHIKLQNVSEVFNNIIVPRALFDSKRVEIYRCEKISQVLVIGSRSGSENLYFQGSKRRWKKNFIAVSAANRFKKISSSGAL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
分子量 formula_weight	72637.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,O

MFNRTTQLKSKHPCSVCTRRKVKCDRMIPCGNCRKRGQDSECMKSTKLITASSSKEYLPDLLLFWQNYEYWITNIGLYKTKQRDLTRTPANLDTDTEECMFWMNYLQKDQSFQLMNFAMENLGALYFGSIGDISELYLRVEQYWDRRADKNHSVDGKYWDALIWSVFTMCIYYMPVEKLAEIFSVYPLHEYLGSNKRLNWEDGMQLVMCQNFARCSLFQLKQCDFMAHPDIRLVQAYLILATTTFPYDEPLLANSLLTQCIHTFKNFHVDDFRPLLNDDPVESIAKVTLGRIFYRLCGCDYLQSGPRKPIALHTEVSSLLQHAAYLQDLPNVDVYREENSTEVLYWKIISLDRDLDQYLNKSSKPPLKTLDAIRRELDIFQYKVDSLEEDFRSNNSRFQKFIALFQISTVSWKLFKMYLIYYDTADSLLKVIHYSKVIISLIVNNFHAKSEFFNRHPMVMQTITRVVSFISFYQIFVESAAVKQLLVDLTELTANLPTIFGSKLDKLVYLTERLSKLKLLWDKVQLLDSGDSFYHPVFKILQNDIKIIELKNDEMFSLIKGLGSLVPLNKLRQESLLEEEDENNTEPSDFRTIVEEFQSEYNISDILSGSGGSGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Suppressor of kinetochore protein 1
分子量 formula_weight	22357.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMHDSNLQNNSDSESDSDSETNHKSKDNNNGDDDDEDDDEIVMPVPNVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRGRSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	115666

fit	/app/data/saxs_computation/k7/7k79/7k79.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k7/7k79/7k79.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k7/7k79/7k79.dat

CBF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Suppressor of kinetochore protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)