7l7g

Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens (updated model of PDB ID: 6CAJ)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 160.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

Homo sapiens

UniProt Q13144

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–721 链 B; UniProt 1–721 突变:I587V Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–721; UniProt 1–721 作者链 B; PDB构建体 1–721; UniProt 1–721

Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

Homo sapiens

UniProt Q9NR50

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–452 链 J; UniProt 1–452 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–452; UniProt 1–452 作者链 J; PDB构建体 1–452; UniProt 1–452

Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

Homo sapiens

UniProt P49770

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–351 链 D; UniProt 2–351 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BB_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 19–368; UniProt 2–351 作者链 D; PDB构建体 19–368; UniProt 2–351

Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

Homo sapiens

UniProt Q9UI10

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–523 链 F; UniProt 1–523 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha × 2 (Q14232) C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BD_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–523; UniProt 1–523 作者链 F; PDB构建体 1–523; UniProt 1–523

Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q14232

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–305 链 H; UniProt 1–305 未记录 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon × 2 (Q13144) Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma × 2 (Q9NR50) Translation initiation factor eIF-2B subunit beta × 2 (P49770) Translation initiation factor eIF-2B subunit delta × 2 (Q9UI10) C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BA_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–305; UniProt 1–305 作者链 H; PDB构建体 1–305; UniProt 1–305

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7l7g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7l7g
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7l7g
沉积日期 deposition_date2020-12-28
结构标题 titleElectron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens (updated model of PDB ID: 6CAJ)
关键词 keywordsTranslation; Integrated stress response, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.29
零角强度 I(0) i01772670000.00
分子量 molecular_weight356660.0 kDa
排除体积 excluded_volume449340 ų
包络体积 envelope_volume607750 ų
水化壳体积 shell_volume100560 ų
包络直径 envelope_diameter165.3
壳层 Rg shell_rg54.10
包络 Rg envelope_rg49.14
形状 Rg shape_rg49.29
总 Rg total_rg49.47
总原子数 total_atoms25056
残基数 n_residues3198
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax160.2
Rg (实空间) rg_real49.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real1.7730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1773000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8655
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.1
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha220500000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.558

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id7l7gA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
结构域编号 domain_id7l7gB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
结构域编号 domain_id7l7gG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1070 — Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain
结构域编号 domain_id7l7gG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2
结构域编号 domain_id7l7gH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1070 — Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain
结构域编号 domain_id7l7gH02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10470 — Translation initiation factor eif-2b; domain 2
结构域编号 domain_id7l7gI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
结构域编号 domain_id7l7gJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)