7owg

human DEPTOR in a complex with mutant human mTORC1 A1459P

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 224.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:Octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–16 链 B; UniProt 31–36 链 B; UniProt 54–355 链 B; UniProt 379–2549 突变:A1459P Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) DEP domain-containing mTOR-interacting protein × 2 (Q8TB45) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;50 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 500 uM AMP-PNP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blotting time of 2 s and a force of -15. 分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–16; UniProt 1–16 作者链 B; PDB构建体 31–36; UniProt 31–36 作者链 B; PDB构建体 54–355; UniProt 54–355 作者链 B; PDB构建体 379–2549; UniProt 379–2549

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:Octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–326 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) DEP domain-containing mTOR-interacting protein × 2 (Q8TB45) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;50 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 500 uM AMP-PNP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blotting time of 2 s and a force of -15. 分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LST8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326

DEP domain-containing mTOR-interacting protein

Homo sapiens

UniProt Q8TB45

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:Octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–409 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) Regulatory-associated protein of mTOR × 2 (Q8N122) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;50 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 500 uM AMP-PNP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blotting time of 2 s and a force of -15. 分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–409; UniProt 1–409

Regulatory-associated protein of mTOR

Homo sapiens

UniProt Q8N122

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:Octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 1–1335 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 (Q9BVC4) DEP domain-containing mTOR-interacting protein × 2 (Q8TB45) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;50 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 500 uM AMP-PNP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blotting time of 2 s and a force of -15. 分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–1335; UniProt 1–1335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7owg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7owg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7owg
沉积日期 deposition_date2021-06-18
结构标题 titlehuman DEPTOR in a complex with mutant human mTORC1 A1459P
关键词 keywords;kinase, PIKK, mTOR, cancer-associated mutation, DEPTOR, partial inhibitor, cancer, PDZ, non-canonical PDZ binding, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier73.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron73.97
零角强度 I(0) i02263950000.00
分子量 molecular_weight405980.0 kDa
排除体积 excluded_volume510390 ų
包络体积 envelope_volume841940 ų
水化壳体积 shell_volume104280 ų
包络直径 envelope_diameter252.8
壳层 Rg shell_rg63.23
包络 Rg envelope_rg72.06
形状 Rg shape_rg73.98
总 Rg total_rg73.71
总原子数 total_atoms57277
残基数 n_residues3594
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.6
Rg (实空间) rg_real73.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.63
I(0) (实空间) i0_real2.2610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2252000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8276
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary64.2
偏度 Skewness skewness0.528
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0054
最高正则化参数 α highest_alpha113800000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.027

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)