7pbj

Cryo-EM structure of the GroEL-GroES complex with ADP bound to both rings ("wide" conformation).

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 254.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60 kDa chaperonin

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A6F5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 21 PDB 声明:21-meric(21) 与蛋白拷贝数一致 链 Ad; UniProt 2–525 链 Ae; UniProt 2–525 链 Ak; UniProt 2–525 链 Al; UniProt 2–525 链 Ar; UniProt 2–525 链 As; UniProt 2–525 链 Ay; UniProt 2–525 链 Az; UniProt 2–525 链 Bf; UniProt 2–525 链 Bg; UniProt 2–525 链 Bm; UniProt 2–525 链 Bn; UniProt 2–525 链 Bt; UniProt 2–525 链 Bu; UniProt 2–525 未记录 10 kDa chaperonin × 7 (P0A6F9) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 MG MAGNESIUM ION × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 81 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH60_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Ad; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Ae; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Ak; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Al; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Ar; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 As; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Ay; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Az; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Bf; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Bg; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Bm; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Bn; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Bt; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525 作者链 Bu; PDB构建体 1–524; UniProt 2–525

10 kDa chaperonin

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A6F9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 21 PDB 声明:21-meric(21) 与蛋白拷贝数一致 链 Af; UniProt 1–97 链 Am; UniProt 1–97 链 At; UniProt 1–97 链 Ba; UniProt 1–97 链 Bh; UniProt 1–97 链 Bo; UniProt 1–97 链 Bv; UniProt 1–97 未记录 60 kDa chaperonin × 14 (P0A6F5) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 MG MAGNESIUM ION × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH10_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 Af; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 Am; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 At; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 Ba; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 Bh; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 Bo; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 Bv; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pbj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pbj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pbj
沉积日期 deposition_date2021-08-02
结构标题 titleCryo-EM structure of the GroEL-GroES complex with ADP bound to both rings ("wide" conformation).
关键词 keywordscryo-EM, chaperonin, GroEL, GroEL-GroES, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier69.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.54
零角强度 I(0) i010320400000.00
分子量 molecular_weight850970.0 kDa
排除体积 excluded_volume1063900 ų
包络体积 envelope_volume1832200 ų
水化壳体积 shell_volume214080 ų
包络直径 envelope_diameter214.8
壳层 Rg shell_rg77.98
包络 Rg envelope_rg65.48
形状 Rg shape_rg69.57
总 Rg total_rg69.55
总原子数 total_atoms59472
残基数 n_residues8015
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax254.2
Rg (实空间) rg_real72.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.43
I(0) (实空间) i0_real1.0330e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1130e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10340000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8482
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary92.4
偏度 Skewness skewness0.533
峰度 Kurtosis kurtosis0.634
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9403
最高正则化参数 α highest_alpha2516000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.480; Stabil: 0.899; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)