7rb8

cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 147.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form

物种未注明

UniProt P68139

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 5–377 链 B; UniProt 5–377 链 C; UniProt 5–377 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Isoform 3 of Unconventional myosin-XV × 1 (Q9QZZ4) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ACTS_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–373; UniProt 5–377 作者链 B; PDB构建体 1–373; UniProt 5–377 作者链 C; PDB构建体 1–373; UniProt 5–377

Isoform 3 of Unconventional myosin-XV

Mus musculus

UniProt Q9QZZ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 18–702 未记录 Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form × 3 (P68139) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.63 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYO15_MOUSE
Isoform Q9QZZ4-3
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–685; UniProt 18–702

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7rb8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7rb8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7rb8
沉积日期 deposition_date2021-07-05
结构标题 titlecryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex
关键词 keywordsmyosin motor proteins, actin cytoskeleton, stereocilia, deafness, MOTOR PROTEIN, MOTOR PROTEIN-ATP Binding Protein complex; MOTOR PROTEIN/ATP Binding Protein
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.66
零角强度 I(0) i0609133000.00
分子量 molecular_weight202720.0 kDa
排除体积 excluded_volume253440 ų
包络体积 envelope_volume353090 ų
水化壳体积 shell_volume66491 ų
包络直径 envelope_diameter149.0
壳层 Rg shell_rg49.03
包络 Rg envelope_rg43.32
形状 Rg shape_rg43.64
总 Rg total_rg43.99
总原子数 total_atoms14226
残基数 n_residues1783
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax147.4
Rg (实空间) rg_real45.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real6.0710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal609200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6996
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.2
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.298
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.7080
最高正则化参数 α highest_alpha76530000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 0.888; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.688

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7rb8D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily530

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)