7udg

Integrin alpha IIB beta3 complex with lotrafiban

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 199.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-IIb heavy chain

Homo sapiens

UniProt P08514

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–488 片段:UNP Residues 32-488 Isoform Beta-3C of Integrin beta-3 × 1 (P05106) 10E5 Fab heavy chain × 1 10E5 Fab light chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MWI Lotrafiban × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;277 K;11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9 分辨率 2.80 Å R-free 0.235
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 32–488 片段:UNP Residues 32-488 Isoform Beta-3C of Integrin beta-3 × 1 (P05106) 10E5 Fab heavy chain × 1 10E5 Fab light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MWI Lotrafiban × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;277 K;11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9 分辨率 2.80 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITA2B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–457; UniProt 32–488 作者链 C; PDB构建体 1–457; UniProt 32–488

Isoform Beta-3C of Integrin beta-3

Homo sapiens

UniProt P05106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–498 片段:UNP Residues 27-498 Integrin alpha-IIb heavy chain × 1 (P08514) 10E5 Fab heavy chain × 1 10E5 Fab light chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MWI Lotrafiban × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;277 K;11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9 分辨率 2.80 Å R-free 0.235
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 27–498 片段:UNP Residues 27-498 Integrin alpha-IIb heavy chain × 1 (P08514) 10E5 Fab heavy chain × 1 10E5 Fab light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MWI Lotrafiban × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;277 K;11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9 分辨率 2.80 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、175 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB3_HUMAN
Isoform P05106-3
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–472; UniProt 27–498 作者链 D; PDB构建体 1–472; UniProt 27–498

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7udg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7udg
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7udg
沉积日期 deposition_date2022-03-19
结构标题 titleIntegrin alpha IIB beta3 complex with lotrafiban
关键词 keywordsComplex, Inhibitor, BLOOD CLOTTING, CELL ADHESION, CELL ADHESION-INHIBITOR complex; CELL ADHESION/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.63
零角强度 I(0) i01351430000.00
分子量 molecular_weight299680.0 kDa
排除体积 excluded_volume371710 ų
包络体积 envelope_volume551370 ų
水化壳体积 shell_volume85401 ų
包络直径 envelope_diameter214.9
壳层 Rg shell_rg54.43
包络 Rg envelope_rg56.43
形状 Rg shape_rg55.58
总 Rg total_rg55.78
总原子数 total_atoms21032
残基数 n_residues2702
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax199.9
Rg (实空间) rg_real56.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.72
I(0) (实空间) i0_real1.3510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1350000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8356
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary64.2
偏度 Skewness skewness0.559
峰度 Kurtosis kurtosis0.149
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha57280000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.620

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id7udgB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — von Willebrand factor, type A domain
结构域编号 domain_id7udgD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — von Willebrand factor, type A domain
结构域编号 domain_id7udgE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7udgL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)