SAXSdb — 7upz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCAAT/enhancer-binding protein beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 257–336 链 B； UniProt 257–336	片段：UNP residues 257-336	;DNA (5'-D(APTPTPCPTPTPAPAPGPAPAPAPGPAPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPGPTPCPTPTPTPCPTPTPAPAPGPAPA)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；100 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES, pH 6.0, 10% v/v PEG400, 5% v/v glycerol	分辨率 2.49 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UPZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GTW crystal structure of C/EBPbeta bZip homodimer bound to a DNA fragment from the tom-1A promoter 提交 2002-01-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 10.0% W/V PEG 8000, 0.05 M SODIUM CACODYLATE CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX SOLUTION CONTAINS 0.01 M DTT AND 0.005 M NAN3, PROTEIN:DNA RATIO IS 1:1.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.271
1GTW crystal structure of C/EBPbeta bZip homodimer bound to a DNA fragment from the tom-1A promoter 提交 2002-01-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 10.0% W/V PEG 8000, 0.05 M SODIUM CACODYLATE CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX SOLUTION CONTAINS 0.01 M DTT AND 0.005 M NAN3, PROTEIN:DNA RATIO IS 1:1.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.271
1GU4 Crystal structure of C/EBPBETA BZIP homodimer bound to a high affinity DNA fragment 提交 2002-01-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.01 M MAGNESIUM SULFATE, 10.0% V/V PEG 400, 0.05 M MES BUFFER PH 6.0, PROTEIN-DNA COMPLEX CONCENTRATION WAS 12 MG/ML AND CONTAINS 0.01 M DTT, PROTEIN:DNA RATIO WAS 1:1.2. FOR CRYOPROTECTION THE CONCENTRATION OF PEG 400 WAS ADJUSTED TO 36% V/V	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
1GU5 Crystal structure of C/EBPBETA BZIP homodimer bound to a DNA fragment from the MIM-1 promoter 提交 2002-01-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.08 M MAGNESIUM ACETATE, 15.0% V/V PEG 400, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX CONCENTRATION WAS 12 MG/ML WITH ADDITION OF 0.01 M DTT, PROTEIN:DNA RATIO WAS 1:1.2 FOR CRYOPROTECTION THE CONCENTRATION OF PEG 400 WAS ADJUSTED TO 36% V/V	分辨率 2.10 Å R-free 0.277
1H88 CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX1 提交 2001-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.05 M AMMONIUM ACETATE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE, 10% V/V MPD, 6% V/V GLYCEROL, 0.05 M TRIS HCL BUFFER PH 7.5 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
1H89 CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX2 提交 2001-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 273–336（64 aa）片段：RESIDUES 273-336 链 B 273–336（64 aa）片段：RESIDUES 273-336	未记录	K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.1 M KCL, 0.05 MGSO4, 4% V/V MPD, 6% V/V GLYCEROL, 0.05 M NA HEPES PH 7.0 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.45 Å R-free 0.267
1H8A CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX3 提交 2001-01-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；0.04 M MAGNESIUM CHLORIDE, 20% V/V MPD, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.0 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.23 Å R-free 0.288
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345 链 B 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345 链 E 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1IO4 CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN	未记录	AU GOLD ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299
2E42 Crystal structure of C/EBPbeta Bzip homodimer V285A mutant bound to A High Affinity DNA fragment 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：residues 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：residues 259-336	突变：V285A 突变：V285A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；magnesium chloride, MES, PEG400, PH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
2E43 Crystal structure of C/EBPbeta Bzip homodimer K269A mutant bound to A High Affinity DNA fragment 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：residues 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：residues 259-336	突变：K269A 突变：K269A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；magnesium chloride, Tris-Hcl, PEG4000, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
6MG1 C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence-C2 Crystal Form 提交 2018-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
6MG2 C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence-C2221 Crystal Form 提交 2018-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.210
6MG3 V285A Mutant of the C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence 提交 2018-09-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	突变：V285A 突变：V285A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.249
7L4V C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta Bound to DNA with Consensus Recognition with GT Mismatch 提交 2020-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；50 mM ammonium sulfate, 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 30% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.75 Å R-free 0.221
8K8D Crystal structure of C/EBPbeta BZIP domain bound to a high affinity DNA 提交 2023-07-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）链 B 259–336（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.02 M Calcium chloride dihydrate,0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 20% v/v 2-Propanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.292

共 15 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEBPB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–80； UniProt 257–336 作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 257–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7upz
沉积日期 deposition_date	2022-04-18
结构标题 title	Structural basis for cell type specific DNA binding of C/EBPbeta: the case of cell cycle inhibitor p15INK4b promoter
关键词 keywords	C/EBPbeta-DNA interactions, DNA sequence motif, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.01 Å
零角强度 I(0) i0	18054900.00
分子量 molecular_weight	25757.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29402 Å³
包络体积 envelope_volume	42256 Å³
水化壳体积 shell_volume	15260 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.40 Å
包络 Rg envelope_rg	28.50 Å
形状 Rg shape_rg	28.07 Å
总 Rg total_rg	27.99 Å
总原子数 total_atoms	1771
残基数 n_residues	164
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6875
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.767
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.088
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1314000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.303; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.078; Smooth: 0.945

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CCAAT/enhancer-binding protein beta
分子量 formula_weight	9597.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1884

SQVKSKAKKTVDKHSDEYKIRRERNNIAVRKSRDKAKMRNLETQHKVLELTAENERLQKKVEQLSRELSTLRNLFKQLPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPCPTPTPAPAPGPAPAPAPGPAPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4930.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATTCTTAAGAAAGACG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPTPCPTPTPTPCPTPTPAPAPGPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4863.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TCGTCTTTCTTAAGAA

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.699 Å
晶胞边长 b length_b	112.758 Å
晶胞边长 c length_c	75.528 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.487 Å
最低分辨率 resolution_low	42.181 Å
R 因子 r_factor	0.2151
R_work r_work	0.2123
R_free r_free	0.2641

fit	/app/data/saxs_computation/up/7upz/7upz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/up/7upz/7upz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/up/7upz/7upz.dat

Structural basis for cell type specific DNA binding of C/EBPbeta: the case of cell cycle inhibitor p15INK4b promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCAAT/enhancer-binding protein beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)