7ux9

Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable histone H2A.7

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H2B × 2 （Q0WT91） Histone H3.3 × 2 （P59169） Histone H4 × 2 （P62799） ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A7_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150 作者链 B； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

Histone H2B

Arabidopsis thaliana

UniProt Q0WT91

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Probable histone H2A.7 × 2 （Q9FJE8） Histone H3.3 × 2 （P59169） Histone H4 × 2 （P62799） ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0WT91_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150 作者链 D； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

Histone H3.3

Arabidopsis thaliana

UniProt P59169

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Probable histone H2A.7 × 2 （Q9FJE8） Histone H2B × 2 （Q0WT91） Histone H4 × 2 （P62799） ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 F； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Probable histone H2A.7 × 2 （Q9FJE8） Histone H2B × 2 （Q0WT91） Histone H3.3 × 2 （P59169） ATP-dependent DNA helicase DDM1 × 1 （Q9XFH4） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

ATP-dependent DNA helicase DDM1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9XFH4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Probable histone H2A.7 × 2 （Q9FJE8） Histone H2B × 2 （Q0WT91） Histone H3.3 × 2 （P59169） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (sense strand) × 1 DNA (antisense strand) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDM1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–764； UniProt 1–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ux9
沉积日期 deposition_date	2022-05-05
结构标题 title	Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
关键词 keywords	Chromatin remodeler, Helicase, ATPase, Complex, Gene regulation; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ux9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ux9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ux9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.81 Å
Rg（电子密度）	44.51 Å
总 Rg	44.91 Å
原子数	15515
残基数	1499
排除体积	259450 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ux9__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable histone H2A.7
分子量 formula_weight	15997.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15515

MESTGKVKKAFGGRKPPGAPKTKSVSKSMKAGLQFPVGRITRFLKKGRYAQRLGGGAPVYMAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKSRIIPRHLLLAIRNDEELGKLLSGVTIAHGGVLPNINSVLLPKKSATKPAEEKATKSPVKSPKKA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	16474.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3.3
分子量 formula_weight	15440.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPTTGGVKKPHRYRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSHAVLALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase DDM1
分子量 formula_weight	86757.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLREDEEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKRAVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGFLSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKRILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKNKNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQGWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYFSEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQTKPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLDRLLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (sense strand)
分子量 formula_weight	45105.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCACATATATACATCCTGT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (antisense strand)
分子量 formula_weight	45644.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

ACAGGATGTATATATGTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	215066

Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable histone H2A.7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-dependent DNA helicase DDM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ux9__assembly_1__model_1

7ux9__assembly_1__model_1 | I(q)

7ux9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)