7v1l

Structure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein

Homo sapiens

UniProt P49321-2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–100 链 B; UniProt 160–340 未记录 H3 alpha3 helix peptide × 2 (P84243) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.4M Na-K phosphate, pH 8.2 分辨率 2.85 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NASP-2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–71; UniProt 30–100 作者链 B; PDB构建体 72–252; UniProt 160–340

H3 alpha3 helix peptide

Homo sapiens

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 117–136 未记录 Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein × 2 (P49321-2) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.4M Na-K phosphate, pH 8.2 分辨率 2.85 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 94 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H33_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–20; UniProt 117–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7v1l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7v1l
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7v1l
沉积日期 deposition_date2021-08-04
结构标题 titleStructure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide
关键词 keywordshistone chaperone, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.82
零角强度 I(0) i011922300.00
分子量 molecular_weight26283.0 kDa
排除体积 excluded_volume32887 ų
包络体积 envelope_volume50157 ų
水化壳体积 shell_volume16887 ų
包络直径 envelope_diameter108.1
壳层 Rg shell_rg30.07
包络 Rg envelope_rg31.55
形状 Rg shape_rg28.80
总 Rg total_rg29.02
总原子数 total_atoms1852
残基数 n_residues235
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.6
Rg (实空间) rg_real29.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.74
I(0) (实空间) i0_real1.1920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11920000.0000
解质量估计 total_estimate0.6274
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.3
偏度 Skewness skewness0.903
峰度 Kurtosis kurtosis-0.083
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha961100.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.106; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.013; Smooth: 0.823

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)