7xoj

Cryo-EM structure of GroEL bound to unfolded substrate (UGT1A) at 2.8 Ang. resolution (Consensus Refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 171.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperonin GroEL

Escherichia coli

UniProt P0A6F5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–548 链 B; UniProt 2–548 链 C; UniProt 2–548 链 D; UniProt 2–548 链 E; UniProt 2–548 链 F; UniProt 2–548 链 G; UniProt 2–548 链 H; UniProt 2–548 链 I; UniProt 2–548 链 J; UniProt 2–548 链 K; UniProt 2–548 链 L; UniProt 2–548 链 M; UniProt 2–548 链 N; UniProt 2–548 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;Sample containing GorEL-UGT1A was made fresh and used without undergoing any freeze-thaw cycles to avoid degradation in the solution. The sample was in a buffer solution of 150mM NaCl, 20mM Tris-HCl at pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3 ul of 33 mg/ml GroEL-UGT1A was placed on Holey carbon Quanitifoil copper grids (300 mesh size R1.2/1.3) and blotted for 3 seconds (blot force =1) 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 81 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH60_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 B; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 C; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 D; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 E; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 F; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 G; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 H; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 I; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 J; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 K; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 L; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 M; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548 作者链 N; PDB构建体 1–547; UniProt 2–548

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xoj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xoj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xoj
沉积日期 deposition_date2022-05-01
结构标题 titleCryo-EM structure of GroEL bound to unfolded substrate (UGT1A) at 2.8 Ang. resolution (Consensus Refinement)
关键词 keywords;cryogenic electron microscopy, single-particle analysis, molecular motion, structure-function relationship, focus classification, separating heterogeneity, groel, chaperone, unfolded protein ;; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.51
零角强度 I(0) i08397070000.00
分子量 molecular_weight771730.0 kDa
排除体积 excluded_volume966860 ų
包络体积 envelope_volume1554600 ų
水化壳体积 shell_volume194200 ų
包络直径 envelope_diameter187.3
壳层 Rg shell_rg75.16
包络 Rg envelope_rg59.68
形状 Rg shape_rg63.54
总 Rg total_rg63.60
总原子数 total_atoms53970
残基数 n_residues7336
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax171.2
Rg (实空间) rg_real63.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real8.3970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5370e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8416000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6100
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary92.7
偏度 Skewness skewness-0.098
峰度 Kurtosis kurtosis-0.535
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3729000000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7xojF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7xojM01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)