8cmn

18mer DNA mimic Foldamer with an aliphatic linker in complex with Sac7d wild protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7d

Sulfolobus acidocaldarius DSM 639

UniProt P13123

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:monomeric(1) 计数不一致,待复核 链 AA; UniProt 1–66 未记录 N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293.15 K;10% PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0 分辨率 2.65 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN7D_SULAC
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AA; PDB构建体 1–66; UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8cmn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8cmn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8cmn
沉积日期 deposition_date2023-02-20
结构标题 title18mer DNA mimic Foldamer with an aliphatic linker in complex with Sac7d wild protein
关键词 keywordsFoldamer, DNA mimic, DNA binding protein, histone; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.35
零角强度 I(0) i03815960.00
分子量 molecular_weight12153.0 kDa
排除体积 excluded_volume14310 ų
包络体积 envelope_volume16570 ų
水化壳体积 shell_volume10492 ų
包络直径 envelope_diameter50.6
壳层 Rg shell_rg19.01
包络 Rg envelope_rg14.65
形状 Rg shape_rg14.26
总 Rg total_rg15.41
总原子数 total_atoms841
残基数 n_residues63
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.2
Rg (实空间) rg_real15.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real3.8160e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1210e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3816000.0000
解质量估计 total_estimate0.8788
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.6
偏度 Skewness skewness0.373
峰度 Kurtosis kurtosis-0.263
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha591600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.967

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)