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8d9v

gamma-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef lattice on narrow membrane tubes

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 249.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP ribosylation factor 1

Homo sapiens

UniProt A0A8C2UGL4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–181 链 D； UniProt 1–181 链 F； UniProt 1–181 链 H； UniProt 1–181 未记录 Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 3 2–181（180 aa）
链 4 2–181（180 aa）
链 5 2–181（180 aa）
链 6 2–181（180 aa）
链 7 2–181（180 aa）
链 C 2–181（180 aa）
链 H 2–181（180 aa）
链 J 2–181（180 aa）
链 K 2–181（180 aa）
链 O 2–181（180 aa）
链 P 2–181（180 aa）
链 Q 2–181（180 aa）
链 X 2–181（180 aa）
链 Z 2–181（180 aa）
链 a 2–181（180 aa）
链 b 2–181（180 aa）
链 c 2–181（180 aa）
链 d 2–181（180 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 C 2–181（180 aa）
链 H 2–181（180 aa）
链 J 2–181（180 aa）
链 K 2–181（180 aa）
链 O 2–181（180 aa）
链 P 2–181（180 aa）
链 Q 2–181（180 aa）
链 X 2–181（180 aa）
链 Z 2–181（180 aa）
链 a 2–181（180 aa）
链 b 2–181（180 aa）
链 c 2–181（180 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8C2UGL4_CHILA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 D； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 F； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 H； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

Protein Nef

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q90VU7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 1–206 链 K； UniProt 1–206 链 L； UniProt 1–206 链 N； UniProt 1–206 未记录 ADP ribosylation factor 1 × 4 （A0A8C2UGL4） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4EMZ HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–206（206 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
4EMZ HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–206（206 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
4EN2 HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–206（206 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.58 Å R-free 0.258
4EN2 HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–206（206 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.58 Å R-free 0.258
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 63–203（141 aa） 片段：HIV-1 Nef, residues 54-203
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.88 Å R-free 0.267
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 63–203（141 aa） 片段：HIV-1 Nef, residues 54-203
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.88 Å R-free 0.267
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 63–203（141 aa） 片段：HIV-1 Nef, residues 54-203
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.88 Å R-free 0.267
4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 63–203（141 aa） 片段：HIV-1 Nef, residues 54-203
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.88 Å R-free 0.267
6CM9 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer monomeric subunit 提交 2018-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 L 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 N 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 T 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
6CRI Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer 提交 2018-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 N 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 T 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 Y 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 Z 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 c 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
链 d 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6D83 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer monomeric subunit 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 L 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 T 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
突变：L164A, L165A 突变：L164A, L165A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6D84 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 L 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 O 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 R 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
链 T 1–206（206 aa） 片段：Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206
突变：L164A, L165A 突变：L164A, L165A 突变：L164A, L165A 突变：L164A, L165A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.72 Å
6DFF Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer 提交 2018-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 L 1–206（206 aa）
链 T 1–206（206 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6URI HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex 提交 2019-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 N 26–206（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.9；298 K；15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES
分辨率 3.00 Å R-free 0.277
7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 I 2–206（205 aa）
链 K 2–206（205 aa）
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.30 Å
8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 I 2–206（205 aa）
链 K 2–206（205 aa）
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.20 Å
8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 I 1–206（206 aa）
链 K 1–206（206 aa）
链 L 1–206（206 aa）
链 N 1–206（206 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.80 Å
8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 I 1–206（206 aa）
链 K 1–206（206 aa）
链 L 1–206（206 aa）
链 N 1–206（206 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 11.60 Å
8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
链 e 2–206（205 aa）
链 f 2–206（205 aa）
链 g 2–206（205 aa）
链 h 2–206（205 aa）
链 i 2–206（205 aa）
链 o 2–206（205 aa）
链 p 2–206（205 aa）
链 q 2–206（205 aa）
链 r 2–206（205 aa）
链 s 2–206（205 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
链 e 2–206（205 aa）
链 f 2–206（205 aa）
链 g 2–206（205 aa）
链 h 2–206（205 aa）
链 i 2–206（205 aa）
链 o 2–206（205 aa）
链 p 2–206（205 aa）
链 q 2–206（205 aa）
链 r 2–206（205 aa）
链 s 2–206（205 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
链 d 2–206（205 aa）
链 e 2–206（205 aa）
链 f 2–206（205 aa）
链 g 2–206（205 aa）
链 h 2–206（205 aa）
链 n 2–206（205 aa）
链 o 2–206（205 aa）
链 p 2–206（205 aa）
链 q 2–206（205 aa）
链 r 2–206（205 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 L 2–206（205 aa）
链 N 2–206（205 aa）
链 d 2–206（205 aa）
链 e 2–206（205 aa）
链 f 2–206（205 aa）
链 g 2–206（205 aa）
链 h 2–206（205 aa）
链 n 2–206（205 aa）
链 o 2–206（205 aa）
链 p 2–206（205 aa）
链 q 2–206（205 aa）
链 r 2–206（205 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9W beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes 提交 2022-06-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 N 1–206（206 aa）
链 U 1–206（206 aa）
链 V 1–206（206 aa）
链 d 1–206（206 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q90VU7_9HIV1
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 K； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 L； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 N； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

Homo sapiens

UniProt P04439

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 334–365 链 Y； UniProt 334–365 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B) 突变：T345S, S349G, G355S, C363S ADP ribosylation factor 1 × 4 （A0A8C2UGL4） Protein Nef × 4 （Q90VU7） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2XPG Crystal structure of a MHC class I-peptide complex 提交 2010-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 25-298
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M BIS-TRIS-PROPANE, PH 8.0, 0.2 M NA/K PHOSPHATE, 20% (V/V) PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
3RL1 HIV RT derived peptide complexed to HLA-A*0301 提交 2011-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa） 片段：residues in UNP 25-298
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
3RL2 HIV Nef derived peptide Nef73 complexed to HLA-A*0301 提交 2011-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa） 片段：residues in UNP 25-298
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M calcium acetate hydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate, 18%(w/v) Polyethylene glycol 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.39 Å R-free 0.265
6ENY Structure of the human PLC editing module 提交 2017-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 25–365（341 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
6O9B Crystal structure of HLA-A3*01 in complex with a wild-type beta-catenin peptide 提交 2019-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–304（280 aa） 片段：UNP residues 25-304
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 IMD IMIDAZOLE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol, 20% PEG500 MME, 10% PEG20000
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6O9C Crystal structure of HLA-A3*01 in complex with a mutant beta-catenin peptide 提交 2019-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–304（280 aa） 片段：UNP residues 25-304
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES, pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG5000 MME
分辨率 2.45 Å R-free 0.259
7L1B Crystal structure of HLA-A*03:01 in complex with a wild-type PIK3CA peptide 提交 2020-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；10.00 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 200 mM Calcium acetate, 100 mM HEPES; pH 7.5
分辨率 2.04 Å R-free 0.221
7L1C Crystal structure of HLA-A*03:01 in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2020-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277.15 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 200 mM Ammonium formate, pH 6.6
分辨率 1.96 Å R-free 0.205
7L1D Crystal structure of human 21LT2-2 TCR bound to HLA-A*03:01 in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2020-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–298（274 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；10% w/v Polyethylene glycol 8,000, 200mM Magnesium acetate
分辨率 3.11 Å R-free 0.250
7MLE Crystal Structure of HLA-A*03:01 in complex with VVRPSVASK, an 9-mer epitope from Influenza B virus 提交 2021-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–301（277 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；1M trisodium citrate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
7PHR Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I 提交 2021-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 H 25–304（280 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
7QPD Structure of the human MHC I peptide-loading complex editing module 提交 2022-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 M 25–365（341 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
7RK7 The complex between TIL 1383i TCR and human Class I MHC HLA-A2 with the bound Tyrosinase(369-377)(N371D) nonameric peptide 提交 2021-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa） 片段：UNP residues 25-299
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate, 100mM Tris (pH 8.5)
分辨率 2.54 Å R-free 0.255
7RM4 Neoantigen p53R175H-specific TCR 6-11 binds to p53R175H-HLA-A2 提交 2021-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa） 片段：UNP residues 25-299
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), and 0.2 M Potassium thiocyanate
分辨率 3.33 Å R-free 0.295
7RM4 Neoantigen p53R175H-specific TCR 6-11 binds to p53R175H-HLA-A2 提交 2021-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 25–299（275 aa） 片段：UNP residues 25-299
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), and 0.2 M Potassium thiocyanate
分辨率 3.33 Å R-free 0.295
7RM4 Neoantigen p53R175H-specific TCR 6-11 binds to p53R175H-HLA-A2 提交 2021-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 25–299（275 aa） 片段：UNP residues 25-299
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), and 0.2 M Potassium thiocyanate
分辨率 3.33 Å R-free 0.295
7RM4 Neoantigen p53R175H-specific TCR 6-11 binds to p53R175H-HLA-A2 提交 2021-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 25–299（275 aa） 片段：UNP residues 25-299
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), and 0.2 M Potassium thiocyanate
分辨率 3.33 Å R-free 0.295
7RRG Crystal structure of human 0606T1-2 TCR bound to HLA-A*03:01 in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2021-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–298（274 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；12% w/v Polyethylene glycol 3,350, 100 mM Succinic acid
分辨率 2.12 Å R-free 0.221
7STF Structure of KRAS G12V/HLA-A*03:01 in complex with antibody fragment V2 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–304（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
7UC5 Crystal Structure of HLA A*0301 in complex with ILRGSVAHK, a 9-mer epitope from Influenza A 提交 2022-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–301（277 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2 Ammonium Sulfate, 0.1 Bis-Tris propane pH 6.5, 22% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.229
7UC5 Crystal Structure of HLA A*0301 in complex with ILRGSVAHK, a 9-mer epitope from Influenza A 提交 2022-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–301（277 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2 Ammonium Sulfate, 0.1 Bis-Tris propane pH 6.5, 22% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.229
7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 Y 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 P 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.30 Å
8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 P 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Y 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.20 Å
8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 P 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.80 Å
8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 P 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 11.60 Å
8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 0 334–365（32 aa） 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B)
链 1 334–365（32 aa） 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B)
链 2 334–365（32 aa） 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B)
链 Y 334–365（32 aa） 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B)
链 y 334–365（32 aa） 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B)
链 z 334–365（32 aa） 片段：MHC-I cytosolic tail (HLA-A/B)
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 0 334–365（32 aa）
链 1 334–365（32 aa）
链 2 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
链 y 334–365（32 aa）
链 z 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 0 334–365（32 aa）
链 1 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
链 x 334–365（32 aa）
链 y 334–365（32 aa）
链 z 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 0 334–365（32 aa）
链 1 334–365（32 aa）
链 Y 334–365（32 aa）
链 x 334–365（32 aa）
链 y 334–365（32 aa）
链 z 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9W beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 Y 334–365（32 aa）
链 j 334–365（32 aa）
突变：T345S, S349G, G355S, C363A 突变：T345S, S349G, G355S, C363A MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å
8DVG Structure of KRAS WT(7-16)-HLA-A*03:01 提交 2022-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–304（280 aa） 片段：UNP residues 25-304
未记录 SO4 SULFATE ION × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium sulfate 0.1M sodium cacodylate pH 6.5 30 % w/v PEG 8,000
分辨率 2.59 Å R-free 0.228
8K4T Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12C peptide (VVVGACGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate,Sodium cacodylate pH 6.0, PEG 4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.316
8K4T Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12C peptide (VVVGACGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate,Sodium cacodylate pH 6.0, PEG 4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.316
8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.347
8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.347
8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.347
8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.347
8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
8RNI HLA-A*03:01 with KRAS-G12V-10mer 提交 2024-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–301（277 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M ammonium citrate tribasic pH7, 12% PEG 3350
分辨率 2.49 Å R-free 0.276
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 M 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 W 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 b 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 g 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 l 25–302（278 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
分辨率 3.50 Å R-free 0.286
8RYM Structure of S2 TCR in complex with HLA-A*03:01 bound to ELFSYLIEK peptide 提交 2024-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM HEPES pH 7.0, 13 % w/v PEG 8000
分辨率 2.34 Å R-free 0.272
8RYO Structure of S2-198 TCR in complex with HLA-A*03:01 bound to ELFSYLIEK peptide 提交 2024-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM MOPS pH 6.7, 14 % w/v PEG 8000
分辨率 2.05 Å R-free 0.244
8RYP Structure of S8 TCR in complex with HLA-A*03:01 bound to ELFSYLIEK peptide 提交 2024-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM Magnesium acetate, 20 mM MOPS pH 7.2, 50 mM Sodium chloride, 12 % w/v PEG 8000
分辨率 1.81 Å R-free 0.241
8UDR Structure of the P1B7 antibody bound to the Sotorasib-modified KRas G12C peptide presented by the A*03:01 MHC I complex 提交 2023-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 MOV AMG 510 (bound form) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES ph 7.5, 100 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VCL Crystal structure of HLA-A*03:01 in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2023-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；12% w/v Polyethylene glycol 3,350, 4% v/v TacsimateTM, pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
8VJZ HLA-A*03:01 with WT KRAS-10mer 提交 2024-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–301（277 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1M ammonium citrate tribasic pH7, 12% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
8VR9 Structure of a synthetic antibody in complex with a class I MHC presenting a hapten-peptide conjugate 提交 2024-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa） 片段：extracellular domain
未记录 MOV AMG 510 (bound form) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8VRA Structure of a synthetic antibody in complex with a class I MHC presenting a hapten-peptide conjugate 提交 2024-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 MOV AMG 510 (bound form) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9ASF Crystal structure of HLA-A*03:01 in complex with a wild-type PIK3CA peptide analogue (Trp-6 Bta) 提交 2024-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa） 片段：extracellular domain
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；15% w/v Polyethylene glycol 6,000, 50 mM Potassium chloride; 10 mM Magnesium chloride
分辨率 1.77 Å R-free 0.237
9ASG Crystal structure of HLA-A*03:01 in complex with a mutant PIK3CA peptide analogue (Trp-6 Bta) 提交 2024-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa） 片段：extracellular domain
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；15% w/v Polyethylene glycol 3,350, 150mM Cesium chloride
分辨率 2.03 Å R-free 0.238
9CX0 Crystal structure of HLA-A*03:01 E152V mutant in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2024-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa）
突变：E152V GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；12% w/v polyethylene glycol 3,350, 100 mM sodium malonate
分辨率 1.92 Å R-free 0.242
9CX1 Crystal structure of HLA-A*03:01 L156Q mutant in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2024-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa）
突变：L156Q GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；20% w/v polyethylene glycol 3,350, 200 mM sodium malonate
分辨率 2.00 Å R-free 0.221
9CX2 Crystal structure of HLA-A*03:01 L156Q mutant in complex with a mutant PIK3CA peptide 提交 2024-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–298（274 aa）
突变：L156Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；10% w/v polyethylene glycol 20,000, 100 mM MES
分辨率 2.30 Å R-free 0.219
9NFC Structure of the cross-HLA supertype antibody R302 bound to a class I MHC presenting a divarasib-modified KRAS-G12C peptide on HLA-A*03 提交 2025-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 4 s blot force 5
分辨率 2.58 Å
9NW6 CA147v24 Fab bound to HLA-E-VL9 提交 2025-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 3–11（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium iodide, 0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.258
9NW6 CA147v24 Fab bound to HLA-E-VL9 提交 2025-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 3–11（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium iodide, 0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.258
9NW7 CA117v2v8 Fab bound to HLA-E-VL9 提交 2025-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 3–11（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
9UV8 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12D 9-mer peptide (VVGADGVGK) 提交 2025-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；27% PEG3350,0.1M Bis-Tris,0.2M Lithium sulfate,additve 0.1M Spermidine
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
9WVE Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12A 10-mer peptide (VVVGAAGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；23% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, PH5.8, 0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.267
9WVE Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12A 10-mer peptide (VVVGAAGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；23% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, PH5.8, 0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.267
9WVE Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12A 10-mer peptide (VVVGAAGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；23% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, PH5.8, 0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.267
9WVE Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12A 10-mer peptide (VVVGAAGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；23% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, PH5.8, 0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.267
9WVF Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12S 10-mer peptide (VVVGASGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；29% PEG3350,0.1M Bis-Tris,PH5.2,0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.291
9WVF Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12S 10-mer peptide (VVVGASGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；29% PEG3350,0.1M Bis-Tris,PH5.2,0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.291
9WVF Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12S 10-mer peptide (VVVGASGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；29% PEG3350,0.1M Bis-Tris,PH5.2,0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.291
9WVF Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12S 10-mer peptide (VVVGASGVGK) 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 25–299（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；29% PEG3350,0.1M Bis-Tris,PH5.2,0.2M Lithium sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.291

共 53 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HLAA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 7–38； UniProt 334–365 作者链 Y； PDB构建体 7–38； UniProt 334–365

AP-1 complex subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt Q10567

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–949 链 B； UniProt 1–949 突变：K359R,E476K ADP ribosylation factor 1 × 4 （A0A8C2UGL4） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4HMY Structural basis for recruitment and activation of the AP-1 clathrin adaptor complex by Arf1 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–584（584 aa） 片段：UNP residues 1-584
突变：I488F GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M lithium nitrate, 0.7M ammonium sulphate, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 7.00 Å R-free 0.250
4P6Z Crystal structure of the human BST2 cytoplasmic domain and the HIV-1 Vpu cytoplasmic domain bound to the clathrin adaptor protein complex 1 (AP1) core 提交 2014-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–584（584 aa） 片段：UNP residues 1-584
突变：T431A, E476K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；298 K；Peg 6000, NaCl
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
6CM9 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer monomeric subunit 提交 2018-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–584（584 aa）
突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
6CRI Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer 提交 2018-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 B 14–583（570 aa）
链 I 14–583（570 aa）
链 J 14–583（570 aa）
突变：K359R, E476K 突变：K359R, E476K 突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6D83 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer monomeric subunit 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–584（584 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6D84 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–584（584 aa）
链 F 1–584（584 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.72 Å
6DFF Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer 提交 2018-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–584（584 aa）
突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7R4H phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 提交 2022-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–584（584 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 2–949（948 aa）
突变：K359R,E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 2–949（948 aa）
链 B 2–949（948 aa）
突变：K359R, E476K 突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.30 Å
8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
突变：K359R, E476K 突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–949（949 aa）
突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.20 Å
8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
突变：K359R, E476K 突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.80 Å
8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
突变：K359R, E476K 突变：K359R, E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 11.60 Å
8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
链 D 1–949（949 aa）
链 E 1–949（949 aa）
链 F 1–949（949 aa）
链 I 1–949（949 aa）
突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
链 D 1–949（949 aa）
链 E 1–949（949 aa）
链 F 1–949（949 aa）
链 I 1–949（949 aa）
突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
链 D 1–949（949 aa）
链 E 1–949（949 aa）
链 F 1–949（949 aa）
链 I 1–949（949 aa）
突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
链 D 1–949（949 aa）
链 E 1–949（949 aa）
链 F 1–949（949 aa）
链 I 1–949（949 aa）
突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9W beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
链 D 1–949（949 aa）
链 E 1–949（949 aa）
突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K 突变：K359R,E476K MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1B1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–949； UniProt 1–949 作者链 B； PDB构建体 1–949； UniProt 1–949

AP-1 complex subunit gamma-1

Mus musculus

UniProt P22892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–595 链 G； UniProt 1–595 未记录 ADP ribosylation factor 1 × 4 （A0A8C2UGL4） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GYU Gamma-adaptin appendage domain from clathrin adaptor AP1 提交 2002-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–821（119 aa） 片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 703-821
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；50MM HEPES PH7.4, 0.9M NA/K TARTRATE, 20% W/V GLYCEROL, pH 7.40
分辨率 1.81 Å R-free 0.223
1GYV Gamma-adaptin appendage domain from clathrin adaptor AP1, L762E mutant 提交 2002-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–821（119 aa） 片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 703-821
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；50MM HEPES PH7.4,0.9M NA/K TARTRATE 20% W/V GLYCEROL, pH 7.40
分辨率 1.71 Å R-free 0.225
1GYW Gamma-adaptin appendage domain from clathrin adaptor AP1 A753D mutant 提交 2002-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 694–821（128 aa） 片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 694-821
突变：YES CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；24% PEG4000, 100 MM TRIS PH 8.0, 200MM MGCL2, VAPOUR DIFFUSION
分辨率 2.40 Å R-free 0.269
1GYW Gamma-adaptin appendage domain from clathrin adaptor AP1 A753D mutant 提交 2002-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 694–821（128 aa） 片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 694-821
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；24% PEG4000, 100 MM TRIS PH 8.0, 200MM MGCL2, VAPOUR DIFFUSION
分辨率 2.40 Å R-free 0.269
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–612（613 aa） 片段：CORE, RESIDUES 0-612
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 0–612（613 aa） 片段：CORE, RESIDUES 0-612
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 0–612（613 aa） 片段：CORE, RESIDUES 0-612
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 0–612（613 aa） 片段：CORE, RESIDUES 0-612
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 K 0–612（613 aa） 片段：CORE, RESIDUES 0-612
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 0–612（613 aa） 片段：CORE, RESIDUES 0-612
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
2A7B On the Routine Use of Soft X-Rays in Macromolecular Crystallography, Part III- The Optimal Data Collection Wavelength 提交 2005-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–821（119 aa）
未记录 XE XENON × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.228
3ZY7 Crystal structure of computationally redesigned gamma-adaptin appendage domain forming a symmetric homodimer 提交 2011-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 704–822（119 aa） 片段：COMPUTATIONALLY REDESIGNED GAMMA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 704-822
链 B 704–822（119 aa） 片段：COMPUTATIONALLY REDESIGNED GAMMA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 704-822
突变：YES 突变：YES IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；PROTEIN SOLUTION: 20MM MES PH 6M 150MM NACL WELL SOLUTION: 0.1M NA ACETATE PH 5, 20% (W/V) PEG 8K, 6% (V/V) 2-PROPANOL CRYOPROTECTANT: WELL SOLUTION PLUS 15% (V/V) ETHYLENE GLYCOL
分辨率 1.09 Å R-free 0.181
4HMY Structural basis for recruitment and activation of the AP-1 clathrin adaptor complex by Arf1 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–595（595 aa） 片段：UNP residues 1-595
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M lithium nitrate, 0.7M ammonium sulphate, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 7.00 Å R-free 0.250
4P6Z Crystal structure of the human BST2 cytoplasmic domain and the HIV-1 Vpu cytoplasmic domain bound to the clathrin adaptor protein complex 1 (AP1) core 提交 2014-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–613（613 aa） 片段：BST2/tetheirn cytoplasmic domain, UNP residues 1-613
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；298 K；Peg 6000, NaCl
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
6CM9 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer monomeric subunit 提交 2018-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
6CRI Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer 提交 2018-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 G 4–588（585 aa）
链 Q 4–588（585 aa）
链 R 4–588（585 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6D83 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer monomeric subunit 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6D84 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer 提交 2018-04-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–595（595 aa）
链 K 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.72 Å
6DFF Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer 提交 2018-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7R4H phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 提交 2022-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 G 2–595（594 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 E 2–595（594 aa）
链 G 2–595（594 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.30 Å
8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 E 1–595（595 aa）
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.20 Å
8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 E 1–595（595 aa）
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.80 Å
8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 E 1–595（595 aa）
链 G 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 11.60 Å
8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 G 1–595（595 aa）
链 R 1–595（595 aa）
链 T 1–595（595 aa）
链 U 1–595（595 aa）
链 V 1–595（595 aa）
链 W 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 G 1–595（595 aa）
链 R 1–595（595 aa）
链 T 1–595（595 aa）
链 U 1–595（595 aa）
链 V 1–595（595 aa）
链 W 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 G 1–595（595 aa）
链 R 1–595（595 aa）
链 T 1–595（595 aa）
链 U 1–595（595 aa）
链 V 1–595（595 aa）
链 W 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 G 1–595（595 aa）
链 R 1–595（595 aa）
链 T 1–595（595 aa）
链 U 1–595（595 aa）
链 V 1–595（595 aa）
链 W 1–595（595 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9W beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes 提交 2022-06-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 K 1–595（595 aa）
链 O 1–595（595 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å

共 25 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1G1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–595； UniProt 1–595 作者链 G； PDB构建体 1–595； UniProt 1–595

AP-1 complex subunit mu-1

Mus musculus

UniProt P35585

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 1–423 链 M； UniProt 1–423 未记录 ADP ribosylation factor 1 × 4 （A0A8C2UGL4） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit sigma-3 × 2 （Q96PC3） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–423（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 N 1–423（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–423（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–423（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 1–423（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
1W63 AP1 clathrin adaptor core 提交 2004-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 1–423（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8-9% ETHANOL, 0.1 M NA HEPES, PH 7.5, 2 MM CYSTEINE
分辨率 4.00 Å R-free 0.310
4EMZ HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 M 158–423（266 aa） 片段：sorting motif recognition domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
4EMZ HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 158–423（266 aa） 片段：sorting motif recognition domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
4EN2 HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 M 158–423（266 aa） 片段：sorting motif recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.58 Å R-free 0.258
4EN2 HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain) 提交 2012-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 158–423（266 aa） 片段：sorting motif recognition domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch underoil；pH 6.5；298 K；0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K
分辨率 2.58 Å R-free 0.258
4HMY Structural basis for recruitment and activation of the AP-1 clathrin adaptor complex by Arf1 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M lithium nitrate, 0.7M ammonium sulphate, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 7.00 Å R-free 0.250
4P6Z Crystal structure of the human BST2 cytoplasmic domain and the HIV-1 Vpu cytoplasmic domain bound to the clathrin adaptor protein complex 1 (AP1) core 提交 2014-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 M 1–423（423 aa） 片段：Clathrin adaptor protein complex 1 (AP1) core, UNP residues 1-421
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；298 K；Peg 6000, NaCl
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
6CM9 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer monomeric subunit 提交 2018-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
6CRI Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer 提交 2018-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 M 2–423（422 aa）
链 W 2–423（422 aa）
链 X 2–423（422 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6D83 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer monomeric subunit 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6D84 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer 提交 2018-04-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 M 1–423（423 aa）
链 P 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.72 Å
6DFF Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer 提交 2018-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7R4H phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 提交 2022-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 M 2–423（422 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 J 1–423（423 aa）
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.30 Å
8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 J 1–423（423 aa）
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 M 2–423（422 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.20 Å
8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 J 1–423（423 aa）
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.80 Å
8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 J 1–423（423 aa）
链 M 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 11.60 Å
8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 M 1–423（423 aa）
链 j 1–423（423 aa）
链 k 1–423（423 aa）
链 l 1–423（423 aa）
链 m 1–423（423 aa）
链 n 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 M 1–423（423 aa）
链 j 1–423（423 aa）
链 k 1–423（423 aa）
链 l 1–423（423 aa）
链 m 1–423（423 aa）
链 n 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 M 1–423（423 aa）
链 i 1–423（423 aa）
链 j 1–423（423 aa）
链 k 1–423（423 aa）
链 l 1–423（423 aa）
链 m 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 M 1–423（423 aa）
链 i 1–423（423 aa）
链 j 1–423（423 aa）
链 k 1–423（423 aa）
链 l 1–423（423 aa）
链 m 1–423（423 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9W beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 M 1–423（423 aa）
链 X 1–423（423 aa）
链 Z 1–423（423 aa）
链 a 1–423（423 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å

共 22 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1M1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423 作者链 M； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

AP-1 complex subunit sigma-3

Homo sapiens

UniProt Q96PC3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 O； UniProt 1–154 链 S； UniProt 1–154 未记录 ADP ribosylation factor 1 × 4 （A0A8C2UGL4） Protein Nef × 4 （Q90VU7） HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain × 2 （P04439） AP-1 complex subunit beta-1 × 2 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 2 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 2 （P35585） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D9V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4HMY Structural basis for recruitment and activation of the AP-1 clathrin adaptor complex by Arf1 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M lithium nitrate, 0.7M ammonium sulphate, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 7.00 Å R-free 0.250
6CM9 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef closed trimer monomeric subunit 提交 2018-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
6CRI Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer 提交 2018-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 S 1–142（142 aa）
链 a 1–142（142 aa）
链 b 1–142（142 aa）
突变：C148S 突变：C148S 突变：C148S GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6D83 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer monomeric subunit 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6D84 Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef (L164A, L165A) dileucine mutant dimer 提交 2018-04-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 1–154（154 aa）
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.72 Å
6DFF Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer 提交 2018-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7R4H phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 提交 2022-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
7UX3 Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4C beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 O 1–154（154 aa）
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.30 Å
8D4D gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes 提交 2022-06-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 O 1–154（154 aa）
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.60 Å
8D4E Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.20 Å
8D4F beta-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 O 1–154（154 aa）
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 9.80 Å
8D4G gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes 提交 2022-06-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 O 1–154（154 aa）
链 S 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.
分辨率 11.60 Å
8D9R AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 S 1–154（154 aa）
链 t 1–154（154 aa）
链 u 1–154（154 aa）
链 v 1–154（154 aa）
链 w 1–154（154 aa）
链 x 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
8D9S AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 S 1–154（154 aa）
链 t 1–154（154 aa）
链 u 1–154（154 aa）
链 v 1–154（154 aa）
链 w 1–154（154 aa）
链 x 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9T AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on gamma-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 S 1–154（154 aa）
链 s 1–154（154 aa）
链 t 1–154（154 aa）
链 u 1–154（154 aa）
链 v 1–154（154 aa）
链 w 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9U AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes, centered on beta-Arf1 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 S 1–154（154 aa）
链 s 1–154（154 aa）
链 t 1–154（154 aa）
链 u 1–154（154 aa）
链 v 1–154（154 aa）
链 w 1–154（154 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 20.00 Å
8D9W beta-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef, MHC-I lattice on narrow tubes 提交 2022-06-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 e 1–154（154 aa）
链 f 1–154（154 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.30 Å
9DDT AAGAB pseudoGTPase domain in complex with AP-1 clathrin adaptor complex sigma 3 subunit 提交 2024-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–154（154 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350
分辨率 1.68 Å R-free 0.211

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1S3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 S； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8d9v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8d9v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8d9v
沉积日期 deposition_date2022-06-11
结构标题 titlegamma-Arf1 homodimeric interface within AP-1, Arf1, Nef lattice on narrow membrane tubes
关键词 keywordsnef, AP, HIV, trafficking, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier69.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.62 Å
零角强度 I(0) i02403200000.00
分子量 molecular_weight253000.0 kDa
排除体积 excluded_volume248130 ų
包络体积 envelope_volume810880 ų
水化壳体积 shell_volume102800 ų
包络直径 envelope_diameter268.2 Å
壳层 Rg shell_rg63.72 Å
包络 Rg envelope_rg66.85 Å
形状 Rg shape_rg69.60 Å
总 Rg total_rg69.55 Å
总原子数 total_atoms18028
残基数 n_residues4474
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax249.3 Å
Rg (实空间) rg_real69.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.50 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2398000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8407
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.9 Å
偏度 Skewness skewness0.533
峰度 Kurtosis kurtosis-0.048
角度范围 angular_range— – 0.1150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha122700000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.709
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)