8dy5

Crystal Structure of spFv CAT2200 LH in complex with IL-17A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-17A

Homo sapiens

UniProt Q16552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 35–155 突变:K93Q, C129S, A155Q spFv CAT2200 LH × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;298 K;400 mM LiSO4, 15.5% PEG 3350 分辨率 2.20 Å R-free 0.232
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 35–155 突变:K93Q, C129S, A155Q spFv CAT2200 LH × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;298 K;400 mM LiSO4, 15.5% PEG 3350 分辨率 2.20 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL17_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–122; UniProt 35–155 作者链 D; PDB构建体 2–122; UniProt 35–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dy5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dy5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8dy5
沉积日期 deposition_date2022-08-03
结构标题 titleCrystal Structure of spFv CAT2200 LH in complex with IL-17A
关键词 keywordsscFv, stapled scFv, spFv, germline scFv, single chain Fv, scFv stabilizations, antibody, IMMUNE SYSTEM, antibody antigen complex; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.04
零角强度 I(0) i088117700.00
分子量 molecular_weight71550.0 kDa
排除体积 excluded_volume87927 ų
包络体积 envelope_volume132140 ų
水化壳体积 shell_volume31134 ų
包络直径 envelope_diameter122.9
壳层 Rg shell_rg41.58
包络 Rg envelope_rg35.34
形状 Rg shape_rg36.03
总 Rg total_rg36.47
总原子数 total_atoms5024
残基数 n_residues691
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.8
Rg (实空间) rg_real36.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real8.8120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal88110000.0000
解质量估计 total_estimate0.8455
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary57.9
偏度 Skewness skewness0.193
峰度 Kurtosis kurtosis-0.768
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8306000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.835; Smooth: 0.663

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8dy5A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8dy5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8dy5B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8dy5B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)