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8e2e

Cryo-EM structure of helical arch of BIRC6 (from local refinement 1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 154.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8e2e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8e2e
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8e2e
沉积日期 deposition_date2022-08-15
结构标题 titleCryo-EM structure of helical arch of BIRC6 (from local refinement 1)
关键词 keywordsUbiquitin, E3 ligase, Apoptosis, Autophagy, IAP, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.92 Å
零角强度 I(0) i0456299000.00
分子量 molecular_weight182060.0 kDa
排除体积 excluded_volume231210 ų
包络体积 envelope_volume284300 ų
水化壳体积 shell_volume58616 ų
包络直径 envelope_diameter163.3 Å
壳层 Rg shell_rg44.63 Å
包络 Rg envelope_rg42.18 Å
形状 Rg shape_rg41.89 Å
总 Rg total_rg42.19 Å
总原子数 total_atoms25906
残基数 n_residues1654
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax154.7 Å
Rg (实空间) rg_real42.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.68 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal456200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8299
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.9 Å
偏度 Skewness skewness0.603
峰度 Kurtosis kurtosis0.118
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha63120000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.635; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.936
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)