SAXSdb — 8e8q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 62–424 链 B； UniProt 62–424 链 C； UniProt 62–424 链 D； UniProt 62–424 链 E； UniProt 62–424 链 F； UniProt 62–424	片段：UNP residues 62-424 突变：C169S, K408E	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit × 14 （P0A6G7） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8E8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OVX NMR structure of the E. coli ClpX chaperone zinc binding domain dimer 提交 2003-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–60（60 aa）片段：N-terminal domain (residues 1-60) 链 B 1–60（60 aa）片段：N-terminal domain (residues 1-60)	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1.3 mM ClpX U-15N,13C \| 20 mM sodium phosphate buffer, 0.03% sodium azide, pH 7.5; 150 mM sodium chloride; 90% H2O, 10% H2O	分辨率未提供
2DS5 Structure of the ZBD in the orthorhomibic crystal from 提交 2006-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD) 链 B 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD)	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 200mM calcium chloride, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.221
2DS6 Structure of the ZBD in the tetragonal crystal form 提交 2006-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD) 链 B 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；100mM tri-sodium citrate, pH 5.6, 2% ethyleneimine polymer, 500mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.313
2DS7 Structure of the ZBD in the hexagonal crystal form 提交 2006-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD)	突变：C43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM sodium acetate, pH 4.6, 200mM lithium sulfate, 12% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
2DS8 Structure of the ZBD-XB complex 提交 2006-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD) 链 B 1–51（51 aa）片段：Zinc binding domain(ZBD)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.6M tri-sodium citrate, pH 6.5, 10-fold molar excess of XB peptide addition, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
3HTE Crystal structure of nucleotide-free hexameric ClpX 提交 2009-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）片段：Covalently linked ClpX residues 62-424 链 B 62–424（363 aa）片段：Covalently linked ClpX residues 62-424 链 C 62–424（363 aa）片段：Covalently linked ClpX residues 62-424 链 D 62–424（363 aa）片段：Covalently linked ClpX residues 62-424 链 E 62–424（363 aa）片段：Covalently linked ClpX residues 62-424 链 F 62–424（363 aa）片段：Covalently linked ClpX residues 62-424	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；75 mM Sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.03 Å R-free 0.313
3HWS Crystal structure of nucleotide-bound hexameric ClpX 提交 2009-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 B 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 C 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 D 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 E 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 F 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain	突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Sodium acetate, ammonium sulfate Soaked overnight in mother liquor plus 5 mM ATP-G-S / 5 mM magnesium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.282
3HWS Crystal structure of nucleotide-bound hexameric ClpX 提交 2009-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 E 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 F 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain	突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Sodium acetate, ammonium sulfate Soaked overnight in mother liquor plus 5 mM ATP-G-S / 5 mM magnesium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.282
3HWS Crystal structure of nucleotide-bound hexameric ClpX 提交 2009-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 C 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain 链 D 62–424（363 aa）片段：covalently linked ClpX lacking N-terminal domain	突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E 突变：E185Q, K408E	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；Sodium acetate, ammonium sulfate Soaked overnight in mother liquor plus 5 mM ATP-G-S / 5 mM magnesium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.282
4I34 Crystal Structure of W-W-W ClpX Hexamer 提交 2012-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；298 K；75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 4.12 Å R-free 0.308
4I4L Crystal Structure of Nucleotide-Bound W-W-W ClpX Hexamer 提交 2012-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；298 K；75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.70 Å R-free 0.323
4I5O Crystal Structure of W-W-R ClpX Hexamer 提交 2012-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；298 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium bromide, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 4.48 Å R-free 0.323
4I63 Crystal Structure of E-R ClpX Hexamer 提交 2012-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；298 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium bromide, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 5.71 Å R-free 0.315
4I81 Crystal Structure of ATPgS bound ClpX Hexamer 提交 2012-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；298 K；75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.82 Å R-free 0.295
4I9K Crystal structure of symmetric W-W-W ClpX Hexamer 提交 2012-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；2 M ammonium sulfate, 0.15 M potassium sulfate, 4 mM ATP, 4 mM magnesium sulfate, 50 mM EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 5.00 Å R-free 0.354
6WR2 ClpP and ClpX IGF loop in ClpX-ClpP complex bound to ssrA tagged GFP 提交 2020-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
6WRF ClpX-ClpP complex bound to GFP-ssrA, recognition complex 提交 2020-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
6WSG ClpX-ClpP complex bound to ssrA-tagged GFP, intermediate complex 提交 2020-04-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 B 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 C 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 D 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 E 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 F 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
8E7V Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP from singly capped particles 提交 2022-08-24	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 B 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 C 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 D 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 E 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 F 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424	突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E 突变：C169S, K408E	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8V9R Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Branched-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2023-12-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 B 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 C 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 D 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 E 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 F 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9C87 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Linear-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2024-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 62–424（363 aa）链 B 62–424（363 aa）链 C 62–424（363 aa）链 D 62–424（363 aa）链 E 62–424（363 aa）链 F 62–424（363 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9C88 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Translocating a Portion of a Branched-Degron DHFR Substrate 提交 2024-06-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 B 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 C 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 D 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 E 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424 链 F 62–424（363 aa）片段：UNP residues 62-424	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPX_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 26–388； UniProt 62–424 作者链 B； PDB构建体 26–388； UniProt 62–424 作者链 C； PDB构建体 26–388； UniProt 62–424 作者链 D； PDB构建体 26–388； UniProt 62–424 作者链 E； PDB构建体 26–388； UniProt 62–424 作者链 F； PDB构建体 26–388； UniProt 62–424

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Escherichia coli

UniProt P0A6G7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 16–207 链 I； UniProt 16–207 链 J； UniProt 16–207 链 K； UniProt 16–207 链 L； UniProt 16–207 链 M； UniProt 16–207 链 N； UniProt 16–207 链 h； UniProt 16–207 链 i； UniProt 16–207 链 j； UniProt 16–207 链 k； UniProt 16–207 链 l； UniProt 16–207 链 m； UniProt 16–207 链 n； UniProt 16–207	片段：UNP residues 16-207	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX × 6 （P0A6H1） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8E8Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TYF THE STRUCTURE OF CLPP AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION SUGGESTS A MODEL FOR ATP-DEPENDENT PROTEOLYSIS 提交 1997-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.292
1YG6 ClpP 提交 2005-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；mpd, mes, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.251
2FZS Crystal structure of E. coli ClpP with a Peptide Chloromethyl Ketone Covalently Bound at the Active Site 提交 2006-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	CMQ N~2~-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXYBENZYL)PROPYL]-L-LEUCINAMIDE × 14 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 15 GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1M tri-sodium citrate, 0.15M ammonium acetate, 30% PEG 4000 , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233
3HLN Crystal structure of ClpP A153C mutant with inter-heptamer disulfide bonds 提交 2009-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 B 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 C 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 D 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 E 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 F 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 G 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 H 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 I 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 J 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 K 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 L 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 M 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 N 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207	突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1 M 1,6-hexanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 10 mM CoCl2, 100 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
3HLN Crystal structure of ClpP A153C mutant with inter-heptamer disulfide bonds 提交 2009-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 1 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 2 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 O 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 P 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 Q 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 R 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 S 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 T 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 U 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 V 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 W 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 X 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 Y 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 Z 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207	突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1 M 1,6-hexanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 10 mM CoCl2, 100 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
3MT6 Structure of ClpP from Escherichia coli in complex with ADEP1 提交 2010-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–207（207 aa）链 P 1–207（207 aa）链 Q 1–207（207 aa）链 R 1–207（207 aa）链 S 1–207（207 aa）链 T 1–207（207 aa）链 U 1–207（207 aa）链 V 1–207（207 aa）链 W 1–207（207 aa）链 X 1–207（207 aa）链 Y 1–207（207 aa）链 Z 1–207（207 aa）链 a 1–207（207 aa）链 b 1–207（207 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 27	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295.15 K；25-35% (v/v) MPD and 0.1 M sodium acetate at pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
3MT6 Structure of ClpP from Escherichia coli in complex with ADEP1 提交 2010-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 1–207（207 aa）链 B 1–207（207 aa）链 C 1–207（207 aa）链 D 1–207（207 aa）链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 G 1–207（207 aa）链 H 1–207（207 aa）链 I 1–207（207 aa）链 J 1–207（207 aa）链 K 1–207（207 aa）链 L 1–207（207 aa）链 M 1–207（207 aa）链 N 1–207（207 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 28	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295.15 K；25-35% (v/v) MPD and 0.1 M sodium acetate at pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
6NB1 Crystal structure of Escherichia coli ClpP protease complexed with small molecule activator, ACP1-06 提交 2018-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–207（207 aa）链 B 1–207（207 aa）链 C 1–207（207 aa）链 D 1–207（207 aa）链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 G 1–207（207 aa）链 H 1–207（207 aa）链 I 1–207（207 aa）链 J 1–207（207 aa）链 K 1–207（207 aa）链 L 1–207（207 aa）链 M 1–207（207 aa）链 N 1–207（207 aa）	未记录	KHS N-{2-[(2-chlorophenyl)sulfanyl]ethyl}-2-methyl-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]sulfonyl}propanamide × 14 GOL GLYCEROL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294 K；51-63% MPD 0.1 M sodium acetate pH 5.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6WR2 ClpP and ClpX IGF loop in ClpX-ClpP complex bound to ssrA tagged GFP 提交 2020-04-29	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）链 I 16–207（192 aa）链 J 16–207（192 aa）链 K 16–207（192 aa）链 L 16–207（192 aa）链 M 16–207（192 aa）链 N 16–207（192 aa）链 h 16–207（192 aa）链 i 16–207（192 aa）链 j 16–207（192 aa）链 k 16–207（192 aa）链 l 16–207（192 aa）链 m 16–207（192 aa）链 n 16–207（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
6WRF ClpX-ClpP complex bound to GFP-ssrA, recognition complex 提交 2020-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 16–207（192 aa）链 I 16–207（192 aa）链 J 16–207（192 aa）链 K 16–207（192 aa）链 L 16–207（192 aa）链 M 16–207（192 aa）链 N 16–207（192 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
6WSG ClpX-ClpP complex bound to ssrA-tagged GFP, intermediate complex 提交 2020-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
7MK5 Crystal structure of Escherichia coli ClpP covalently inhibited by clipibicyclene 提交 2021-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 25 ACT ACETATE ION × 6 ZGV 4-[(1E)-3-{[(2E,4E,6E,8S)-8-hydroxy-4-methyldeca-2,4,6-trienoyl]amino}-3-oxoprop-1-en-1-yl]azete-1(2H)-carboxylic acid × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium acetate, 30% MPD	分辨率 2.95 Å R-free 0.248
7MK5 Crystal structure of Escherichia coli ClpP covalently inhibited by clipibicyclene 提交 2021-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 O 15–207（193 aa）链 P 15–207（193 aa）链 Q 15–207（193 aa）链 R 15–207（193 aa）链 S 15–207（193 aa）链 T 15–207（193 aa）链 U 15–207（193 aa）链 V 15–207（193 aa）链 W 15–207（193 aa）链 X 15–207（193 aa）链 Y 15–207（193 aa）链 Z 15–207（193 aa）链 a 15–207（193 aa）链 b 15–207（193 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 25 ACT ACETATE ION × 4 ZGV 4-[(1E)-3-{[(2E,4E,6E,8S)-8-hydroxy-4-methyldeca-2,4,6-trienoyl]amino}-3-oxoprop-1-en-1-yl]azete-1(2H)-carboxylic acid × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium acetate, 30% MPD	分辨率 2.95 Å R-free 0.248
8E7V Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP from singly capped particles 提交 2022-08-24	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8E91 Cryo-EM structure of substrate-free ClpX.ClpP 提交 2022-08-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
8ET3 Cryo-EM structure of a delivery complex containing the SspB adaptor, an ssrA-tagged substrate, and the AAA+ ClpXP protease 提交 2022-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8V9R Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Branched-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2023-12-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 p 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 r 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 s 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 t 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 u 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 v 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9C87 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Linear-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2024-06-12	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 p 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 r 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 s 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 t 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 u 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 v 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9C88 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Translocating a Portion of a Branched-Degron DHFR Substrate 提交 2024-06-12	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 p 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 r 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 s 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 t 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 u 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 v 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9PIO Cryo-EM structure of the ClpXP AAA+ protease bound to lambdaO-tagged Arc in a recognition complex 提交 2025-07-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 O 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 P 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 Q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 R 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 S 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 T 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 U 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
9PJD Cryo-EM structure of the ClpXP AAA+ protease bound to an unidentified portion of lambdaO-tagged Arc substrate within a translocation complex 提交 2025-07-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 O 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 P 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 Q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 R 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 S 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 T 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 U 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 18 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 I； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 J； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 K； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 L； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 M； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 N； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 h； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 i； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 j； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 k； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 l； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 m； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207 作者链 n； PDB构建体 1–192； UniProt 16–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e8q
沉积日期 deposition_date	2022-08-25
最后修订 last_revision	2023-11-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP
关键词 keywords	AAA+ protease, ClpXP, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.88 Å
零角强度 I(0) i0	3985270000.00
分子量 molecular_weight	531160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	665810 Å³
包络体积 envelope_volume	986020 Å³
水化壳体积 shell_volume	139990 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.4 Å
壳层 Rg shell_rg	62.28 Å
包络 Rg envelope_rg	55.62 Å
形状 Rg shape_rg	57.92 Å
总 Rg total_rg	57.88 Å
总原子数 total_atoms	74879
残基数 n_residues	4782
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	190.6 Å
Rg (实空间) rg_real	58.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3987000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8585
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.264
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.523
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	381200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.810

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
分子量 formula_weight	42355.8 kDa
突变 mutation	C169S, K408E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	74891

MGSSHHHHHHDYDIPTTENLYFQGSSALPTPHEIRNHLDDYVIGQEQAKKVLAVAVYNHYKRLRNGDTSNGVELGKSNILLIGPTGSGKTLLAETLARLLDVPFTMADATTLTEAGYVGEDVENIIQKLLQKSDYDVQKAQRGIVYIDEIDKISRKSDNPSITRDVSGEGVQQALLKLIEGTVAAVPPQGGRKHPQQEFLQVDTSKILFICGGAFAGLDKVISHRVETGSGIGFGATVKAKSDKASEGELLAQVEPEDLIKFGLIPEFIGRLPVVATLNELSEEALIQILKEPKNALTKQYQALFNLEGVDLEFRDEALDAIAKKAMARKTGARGLRSIVEAALLDTMYDLPSMEDVEKVVIDESVIDGQSEPLLIYGKPEAQQASGE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	23468.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N,h,i,j,k,l,m,n

LVPMVIEQTSRGERSFDIYSRLLKERVIFLTGQVEDHMANLIVAQMLFLEAENPEKDIYLYINSPGGVITAGMSIYDTMQFIKPDVSTICMGQAASMGAFLLTAGAKGKRFCLPNSRVMIHQPLGGYQGQATDIEIHAREILKVKGRMNELMALHTGQSLEQIERDTERDRFLSAPEAVEYGLVDSILTHRNENLYFQSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.12 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	171869

fit	/app/data/saxs_computation/e8/8e8q/8e8q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e8/8e8q/8e8q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e8/8e8q/8e8q.dat

Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)