8ek1

Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(dominant class)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 136.1 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circumsporozoite protein

Plasmodium falciparum 3D7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 21–375	突变：C-79S, K-38S, K-37S, R-34A	L9 Fab heavy chain × 3 L9 Fab light chain × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EK1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3VDJ Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 native form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
3VDJ Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 native form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
3VDK Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 platinum-bound form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3VDK Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 platinum-bound form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) 链 B 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) 链 C 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
7RXI Fab234 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；20% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
7RXJ Fab236 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；30% PEG2000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.6	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
7RXJ Fab236 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；30% PEG2000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.6	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
7RXL Fab1488 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride, pH 6.9	分辨率 1.82 Å R-free 0.255
7RXL Fab1488 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride, pH 6.9	分辨率 1.82 Å R-free 0.255
7RXP Fab1512 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 309–375（67 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 309-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；20% PEG3000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES. pH 7.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.205
7S0X Fab352 in complex with the C-terminal alphaTSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；20% isopropanol, 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
7S0X Fab352 in complex with the C-terminal alphaTSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；20% isopropanol, 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
7V05 Complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab 提交 2022-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 X 20–384（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
8EKA Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(class 2) 提交 2022-09-20	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 21–375（355 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8FG0 Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294. 提交 2022-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 281–294（14 aa）片段：residues 281-294	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.36 Å R-free 0.237
8FG0 Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294. 提交 2022-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 281–294（14 aa）片段：residues 281-294	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.36 Å R-free 0.237
9C79 Human monoclonal antibody MAD21-101 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M cacodylate	分辨率 1.46 Å R-free 0.200
9C7D Human monoclonal antibody MAD22-38 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride	分辨率 1.99 Å R-free 0.232
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9CCA Cryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthase fused to a designed circumsporozoite protein antigen from Plasmodium falciparum (CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP) 提交 2024-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 101–114（14 aa）链 A 131–150（20 aa）链 A 310–383（74 aa）链 B 101–114（14 aa）链 B 131–150（20 aa）链 B 310–383（74 aa）链 C 101–114（14 aa）链 C 131–150（20 aa）链 C 310–383（74 aa）链 D 101–114（14 aa）链 D 131–150（20 aa）链 D 310–383（74 aa）链 E 101–114（14 aa）链 E 131–150（20 aa）链 E 310–383（74 aa）链 F 101–114（14 aa）链 F 131–150（20 aa）链 F 310–383（74 aa）链 G 101–114（14 aa）链 G 131–150（20 aa）链 G 310–383（74 aa）链 H 101–114（14 aa）链 H 131–150（20 aa）链 H 310–383（74 aa）链 I 101–114（14 aa）链 I 131–150（20 aa）链 I 310–383（74 aa）链 J 101–114（14 aa）链 J 131–150（20 aa）链 J 310–383（74 aa）链 K 101–114（14 aa）链 K 131–150（20 aa）链 K 310–383（74 aa）链 L 101–114（14 aa）链 L 131–150（20 aa）链 L 310–383（74 aa）链 M 101–114（14 aa）链 M 131–150（20 aa）链 M 310–383（74 aa）链 N 101–114（14 aa）链 N 131–150（20 aa）链 N 310–383（74 aa）链 O 101–114（14 aa）链 O 131–150（20 aa）链 O 310–383（74 aa）链 P 101–114（14 aa）链 P 131–150（20 aa）链 P 310–383（74 aa）链 Q 101–114（14 aa）链 Q 131–150（20 aa）链 Q 310–383（74 aa）链 R 101–114（14 aa）链 R 131–150（20 aa）链 R 310–383（74 aa）链 S 101–114（14 aa）链 S 131–150（20 aa）链 S 310–383（74 aa）链 T 101–114（14 aa）链 T 131–150（20 aa）链 T 310–383（74 aa）链 U 101–114（14 aa）链 U 131–150（20 aa）链 U 310–383（74 aa）链 V 101–114（14 aa）链 V 131–150（20 aa）链 V 310–383（74 aa）链 W 101–114（14 aa）链 W 131–150（20 aa）链 W 310–383（74 aa）链 X 101–114（14 aa）链 X 131–150（20 aa）链 X 310–383（74 aa）	突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9DSR Crystal structure of Fab MS-1805 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Zinc acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol	分辨率 2.25 Å R-free 0.239
9DSS Crystal structure of Fab 7088 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M sodium chloride and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
9DST Crystal structure of Fab MS-1805 in complex with N-terminal junction peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 95–110（16 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate, 20% (v/v) 2-propanol and 20% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.74 Å R-free 0.228
9DSU Crystal structure of Fab 7088 in complex with N-terminal junction peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 95–110（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 1M lithium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol 6000	分辨率 3.14 Å R-free 0.275
9NCY Fab1392 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of the P. falciparum circumsporozoite protein 提交 2025-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–376（67 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG-600, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NH4-sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0, final pH 5.6.	分辨率 1.63 Å R-free 0.194
9NKZ Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NANP6 peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 20% (v/v) glycerol and 16% (w/v) polyethylene glycol 8000	分辨率 1.48 Å R-free 0.210
9NL0 Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Bicine pH 9.0 and 65% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.54 Å R-free 0.202
9NL1 Crystal structure of Fab MAM01 in complex with junctional region peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 101–114（14 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.085 M Tris pH 8.5, 0.17 M sodium acetate, 15% (v/v) glycerol and 25.5 % (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.71 Å R-free 0.313
9NZF Crystal structure of Fab MAM01 in complex with minor repeat region peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–128（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M potassium acetate, pH 7.8 and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.84 Å R-free 0.230
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 101–116（16 aa）链 L 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM8 Crystal structure of 7160 in complex with minor repeat region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 109–128（20 aa）链 D 109–128（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 1 M lithium chloride, and 20% (w/v) PEG 6000.	分辨率 2.27 Å R-free 0.286
9ZM9 Crystal structure of Fab 7160 in complex with short major repeat region (NPNA3) from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 131–142（12 aa）链 F 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M sodium acetate (pH 7.0) and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 1.88 Å R-free 0.245
9ZMA Crystal structure of Fab 7160 in complex with major repeat region (NANP6)from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium nitrate (pH 5.8) and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.33 Å R-free 0.236
9ZMA Crystal structure of Fab 7160 in complex with major repeat region (NANP6)from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium nitrate (pH 5.8) and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.33 Å R-free 0.236
9ZMB Crystal structure of Fab 7118 in complex with minor repeat region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 109–128（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 30% (v/v) 1,2-propanediol, and 20% (v/v) PEG 400	分辨率 2.09 Å R-free 0.243
9ZMC Crystal structure of Fab 7118 in complex with major repeat region (NANP6) from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 0.16 M calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, and 20% (v/v) glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.217

共 30 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSP_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–355； UniProt 21–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ek1
沉积日期 deposition_date	2022-09-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(dominant class)
关键词 keywords	Anti-Malarial, PfCSP, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.85 Å
零角强度 I(0) i0	225629000.00
分子量 molecular_weight	120510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150120 Å³
包络体积 envelope_volume	227670 Å³
水化壳体积 shell_volume	47828 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.19 Å
包络 Rg envelope_rg	41.05 Å
形状 Rg shape_rg	41.80 Å
总 Rg total_rg	42.17 Å
总原子数 total_atoms	8497
残基数 n_residues	1102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.1 Å
Rg (实空间) rg_real	41.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	225600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8846
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.719

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L9 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24475.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,H
原子数 atom_count	8497

QVKLVESGGGVVQPGRSLRLSCEASGFIFSTYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGSNIYYADSVKGRFTISRDNSKNTVFMQMDSLRAEDTAVYYCHRNFYDGSGPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	L9 Fab light chain
分子量 formula_weight	23597.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,L

DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQFISRWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSETHFTLTISSLQPDDVATYYCQEYTSYGRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Circumsporozoite protein
分子量 formula_weight	37807.5 kDa
突变 mutation	C-79S, K-38S, K-37S, R-34A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

QEYQSYGSSSNTRVLNELNYDNAGTNLYNELEMNYYGKQENWYSLSSNSASLGENDDGNNEDNEKLRKPKHKKLKQPADGNPDPNANPNVDPNANPNVDPNANPNVDPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNVDPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNANPNKNNQGNGQGHNMPNDPNRNVDENANANSAVKNNNNEEPSDKHIKEYLNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCS

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8ek1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ek1L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2964341

fit	/app/data/saxs_computation/ek/8ek1/8ek1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/8ek1/8ek1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/8ek1/8ek1.dat

Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(dominant class)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circumsporozoite protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)