8era

RMC-5552 in complex with mTORC1 and FKBP12

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 217.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–2549 未记录 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (P62942) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Regulatory-associated protein of mTOR × 1 (Q8N122) XZ9 1-[6-{[(3M)-4-amino-3-(2-amino-1,3-benzoxazol-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]methyl}-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]-3-hydroxypropan-1-one × 1 XYU (3S,5R,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30R,34aS)-5,9,27-trihydroxy-3-{(2R)-1-[(1S,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxycyclohexyl]propan-2-yl}-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-5,6,9,10,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,32,33,34,34a-octadecahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontine-1,11,28,29(4H,31H)-tetrone × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–2549; UniProt 1–2549

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

Homo sapiens

UniProt P62942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–108 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Regulatory-associated protein of mTOR × 1 (Q8N122) XZ9 1-[6-{[(3M)-4-amino-3-(2-amino-1,3-benzoxazol-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]methyl}-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]-3-hydroxypropan-1-one × 1 XYU (3S,5R,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30R,34aS)-5,9,27-trihydroxy-3-{(2R)-1-[(1S,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxycyclohexyl]propan-2-yl}-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-5,6,9,10,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,32,33,34,34a-octadecahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontine-1,11,28,29(4H,31H)-tetrone × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–108; UniProt 2–108

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–326 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (P62942) Regulatory-associated protein of mTOR × 1 (Q8N122) XZ9 1-[6-{[(3M)-4-amino-3-(2-amino-1,3-benzoxazol-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]methyl}-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]-3-hydroxypropan-1-one × 1 XYU (3S,5R,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30R,34aS)-5,9,27-trihydroxy-3-{(2R)-1-[(1S,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxycyclohexyl]propan-2-yl}-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-5,6,9,10,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,32,33,34,34a-octadecahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontine-1,11,28,29(4H,31H)-tetrone × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LST8_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326

Regulatory-associated protein of mTOR

Homo sapiens

UniProt Q8N122

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 1–1335 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (P62942) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) XZ9 1-[6-{[(3M)-4-amino-3-(2-amino-1,3-benzoxazol-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]methyl}-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]-3-hydroxypropan-1-one × 1 XYU (3S,5R,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30R,34aS)-5,9,27-trihydroxy-3-{(2R)-1-[(1S,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxycyclohexyl]propan-2-yl}-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-5,6,9,10,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,32,33,34,34a-octadecahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontine-1,11,28,29(4H,31H)-tetrone × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–1335; UniProt 1–1335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8era

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8era
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8era
沉积日期 deposition_date2022-10-11
结构标题 titleRMC-5552 in complex with mTORC1 and FKBP12
关键词 keywordsAntitumor, mTORC1, COMPLEX (ISOMERASE-KINASE) complex; COMPLEX (ISOMERASE/KINASE)
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.78
零角强度 I(0) i02343760000.00
分子量 molecular_weight413260.0 kDa
排除体积 excluded_volume519770 ų
包络体积 envelope_volume895460 ų
水化壳体积 shell_volume111340 ų
包络直径 envelope_diameter254.4
壳层 Rg shell_rg63.43
包络 Rg envelope_rg71.39
形状 Rg shape_rg72.79
总 Rg total_rg72.56
总原子数 total_atoms29054
残基数 n_residues3644
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax217.5
Rg (实空间) rg_real72.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53
I(0) (实空间) i0_real2.3340e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2333000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6071
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.2
偏度 Skewness skewness0.510
峰度 Kurtosis kurtosis-0.414
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0237
最高正则化参数 α highest_alpha147500000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.074

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8eraB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)