SAXSdb — 8etr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 134–676	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WTN (6S,8R)-N-[(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)carbamoyl]-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5H-pyrazolo[5,1-b][1,3]oxazine-3-sulfonamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；0.15M NaCl, 20mM Tris pH 7.5, 10% glycerol, 1mM TCEP, 2.5mM ATP, 2mM MgCl2. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8ETR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NAQ 3D NMR solution structure of NLRP3 PYD 提交 2016-01-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–93（91 aa）片段：Pyrin domain residues 3-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0051；压力 ambient NMR样品组成 100-200 uM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM [U-2H] TCEP, 100 uM sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3QF2 Crystal structure of NALP3 PYD 提交 2011-01-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–112（110 aa）片段：PYD domain, DAPIN domain, residues 3-112	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium citrate, 0.1M sodium acetate pH4.6, 30% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
3QF2 Crystal structure of NALP3 PYD 提交 2011-01-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–112（110 aa）片段：PYD domain, DAPIN domain, residues 3-112	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium citrate, 0.1M sodium acetate pH4.6, 30% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
6NPY Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–1036（1034 aa）	突变：D133I, R135C, K136A, K140A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7ALV Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with a potent inhibitor 提交 2020-10-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）片段：NACHT domain	未记录	RM5 1-[4-chloranyl-2,6-di(propan-2-yl)phenyl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4M SodiumCitrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.265
7PZC Cryo-EM structure of the NLRP3 decamer bound to the inhibitor CRID3 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–1036（1036 aa）链 B 1–1036（1036 aa）链 C 1–1036（1036 aa）链 D 1–1036（1036 aa）链 E 1–1036（1036 aa）链 F 1–1036（1036 aa）链 G 1–1036（1036 aa）链 H 1–1036（1036 aa）链 I 1–1036（1036 aa）链 J 1–1036（1036 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 8GI 1-(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7PZD Cryo-EM structure of the NLRP3 PYD filament 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 3–110（108 aa）链 H 3–110（108 aa）链 I 3–110（108 aa）链 J 3–110（108 aa）链 K 3–110（108 aa）链 L 3–110（108 aa）链 M 3–110（108 aa）链 N 3–110（108 aa）链 O 3–110（108 aa）链 P 3–110（108 aa）链 Q 3–110（108 aa）链 R 3–110（108 aa）链 S 3–110（108 aa）链 T 3–110（108 aa）链 U 3–110（108 aa）链 V 3–110（108 aa）链 W 3–110（108 aa）链 X 3–110（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7VTP Cryo-EM structure of PYD-deleted human NLRP3 hexamer 提交 2021-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–1036（907 aa）链 B 130–1036（907 aa）链 C 130–1036（907 aa）链 D 130–1036（907 aa）链 E 130–1036（907 aa）链 F 130–1036（907 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.2 M NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1.0 mM ADP, 0.05 mM MCC950 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
7ZGU Human NLRP3-deltaPYD hexamer 提交 2022-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 126–1036（911 aa）链 B 126–1036（911 aa）链 C 126–1036（911 aa）链 D 126–1036（911 aa）链 E 126–1036（911 aa）链 F 126–1036（911 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8EJ4 Cryo-EM structure of the active NLRP3 inflammasome disk 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 133–1034（902 aa）链 B 133–1034（902 aa）链 C 133–1034（902 aa）链 D 133–1034（902 aa）链 E 133–1034（902 aa）链 F 133–1034（902 aa）链 G 133–1034（902 aa）链 H 133–1034（902 aa）链 I 133–1034（902 aa）链 J 133–1034（902 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 10 MG MAGNESIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8ERT NLRP3 PYD filament 提交 2022-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 1–95（95 aa）链 B 1–95（95 aa）链 C 1–95（95 aa）链 D 1–95（95 aa）链 E 1–95（95 aa）链 F 1–95（95 aa）链 G 1–95（95 aa）链 I 1–95（95 aa）链 J 1–95（95 aa）链 K 1–95（95 aa）链 L 1–95（95 aa）链 M 1–95（95 aa）链 N 1–95（95 aa）链 O 1–95（95 aa）链 Q 1–95（95 aa）链 R 1–95（95 aa）链 S 1–95（95 aa）链 U 1–95（95 aa）链 V 1–95（95 aa）链 W 1–95（95 aa）链 X 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8RI2 Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-562 提交 2023-12-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1H02 2-[4-chloranyl-9-oxidanylidene-12-(2-oxidanylpropan-2-yl)-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl]-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]ethanamide × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml protein copurified with 1 uM inhibitor	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
8SWF Cryo-EM structure of NLRP3 open octamer 提交 2023-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 130–1036（907 aa）链 B 130–1036（907 aa）链 C 130–1036（907 aa）链 D 130–1036（907 aa）链 E 130–1036（907 aa）链 F 130–1036（907 aa）链 G 130–1036（907 aa）链 H 130–1036（907 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8SWK Cryo-EM structure of NLRP3 closed hexamer 提交 2023-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–1036（904 aa）链 B 133–1036（904 aa）链 C 133–1036（904 aa）链 D 133–1036（904 aa）链 E 133–1036（904 aa）链 F 133–1036（904 aa）	未记录	7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.32 Å
8SXN Structure of NLRP3 and NEK7 complex 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–1036（904 aa）链 D 133–1036（904 aa）	未记录	7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.04 Å
8WSM NLRP3 NACHT domain in complex with compound 32 提交 2023-10-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 XE3 2-[[2-methyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-~{N}-(1,4-oxazepan-4-ylsulfonyl)-1,3-oxazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris pH 7.5, 1.2 M sodium citrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
8ZEM Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1 提交 2024-05-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1D79 1-[5-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl-urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；23~25 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 ;100 mM MES pH 6.3~6.7 ;200 mM Ammonium sulfate	分辨率 3.32 Å R-free 0.347
9DH3 Cryo-EM structure of NLRP3 complex with Compound C 提交 2024-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 136–1036（901 aa）链 B 136–1036（901 aa）链 C 136–1036（901 aa）链 D 136–1036（901 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 A1A4L 2-[(4S)-5-ethyl-8-oxothieno[2',3':4,5]pyrrolo[1,2-d][1,2,4]triazin-7(8H)-yl]-N-(pyrimidin-4-yl)acetamide × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
9GU4 Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-253 提交 2024-09-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1IPJ 2-[6-[[(3R)-1-ethylpiperidin-3-yl]amino]pyridazin-3-yl]-3-methyl-5-(trifluoromethyl)phenol × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
9HG4 NACHT domain of NLRP3 in complex with DFV890 提交 2024-11-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1IUG 1-[azanyl-oxidanylidene-[2-(2-oxidanylpropan-2-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-$l^{6}-sulfanylidene]-3-(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；protein: 0.2 ul NLRP3 (131-679) at 7 mg/ml in 50mM HEPES pH 7.8, 500mM NaCl, 10% glycerol, 1mM MgCl2, 1mM TCEP, 100uM ADP, and 0.8 mM DFV890 (in DMSO) wel: 0.2 ul 1.99M NH4 3 citrate	分辨率 2.77 Å R-free 0.264
9MGY Cryo-EM structure of Human NLRP3 complex with compound 1 提交 2024-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–1036（1036 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLR (2M)-2-(6-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}pyridazin-3-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9MIE Human NLRP3 complex with compound 2 in the closed hexamer 提交 2024-12-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–1036（1036 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLP (2P)-2-(4-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyridazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9MIG Cryo-EM structure of Human NLRP3 complex with compound 3 提交 2024-12-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–1036（1036 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLQ (2P)-2-(4-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}-5,6,7,8-tetrahydrophthalazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9SFG Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-742 提交 2025-08-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1JNK 5-methyl-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]-6-(2-methyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl)pyridazin-3-amine × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex	分辨率 3.20 Å R-free 0.279

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLRP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–543； UniProt 134–676

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8etr
沉积日期 deposition_date	2022-10-17
结构标题 title	CryoEM Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with G2394
关键词 keywords	NLRP3, NACHT, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.21 Å
零角强度 I(0) i0	48817700.00
分子量 molecular_weight	56023.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70953 Å³
包络体积 envelope_volume	85778 Å³
水化壳体积 shell_volume	29956 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.04 Å
包络 Rg envelope_rg	23.45 Å
形状 Rg shape_rg	23.20 Å
总 Rg total_rg	24.18 Å
总原子数 total_atoms	7856
残基数 n_residues	471
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8954
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
分子量 formula_weight	63380.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7856

KDYRKKYRKYVRSRFQCIEDRNARLGESVSLNKRYTRLRLIKEHRSQQEREQELLAIGKTKTCESPVSPIKMELLFDPDDEHSEPVHTVVFQGAAGIGKTILARKMMLDWASGTLYQDRFDYLFYIHCREVSLVTQRSLGDLIMSCCPDPNPPIHKIVRKPSRILFLMDGFDELQGAFDEHIGPLCTDWQKAERGDILLSSLIRKKLLPEASLLITTRPVALEKLQHLLDHPRHVEILGFSEAKRKEYFFKYFSDEAQARAAFSLIQENEVLFTMCFIPLVCWIVCTGLKQQMESGKSLAQTSKTTTAVYVFFLSSLLQPRGGSQEHGLCAHLWGLCSLAADGIWNQKILFEESDLRNHGLQKADVSAFLRMNLFQKEVDCEKFYSFIHMTFQEFFAAMYYLLEEEKEGRTNVPGSRLKLPSRDVTVLLENYGKFEKGYLIFVVRFLFGLVNQERTSYLEKKLSCKISQQIRLELLKWIEVKAKAKKLQIQPSQLELFYCLYEMQEEDFVQRAMDYFPKIEINLSTRMDHMVSSFCIENCHRV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(6S,8R)-N-[(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)carbamoyl]-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5H-pyrazolo[5,1-b][1,3]oxazine-3-sulfonamide ;
分子量 formula_weight	431.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8etrA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	231263

fit	/app/data/saxs_computation/et/8etr/8etr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/et/8etr/8etr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/et/8etr/8etr.dat

CryoEM Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with G2394

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution