8fnl

Structure of E138K/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 8 DNA 4	DNA (27-MER) × 2 DNA (25-MER) × 2 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ;(4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide ; × 2 water × 12	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 B； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 C； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 D； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 G； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 H； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 I； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435 作者链 J； PDB构建体 77–364； UniProt 1148–1435

Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera

Human immunodeficiency virus 1

UniProt P42166

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 8 DNA 4	DNA (27-MER) × 2 DNA (25-MER) × 2 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ;(4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide ; × 2 water × 12	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAP2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 B； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 C； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 D； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 G； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 H； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 I； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100 作者链 J； PDB构建体 23–73； UniProt 50–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fnl
沉积日期 deposition_date	2022-12-27
结构标题 title	Structure of E138K/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound
关键词 keywords	Integrase, Nucleoprotein complex, Inhibitor, Drug resistance, VIRAL PROTEIN-DNA-INHIBITOR complex; VIRAL PROTEIN/DNA/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8fnl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8fnl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8fnl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.43 Å
Rg（电子密度）	38.02 Å
总 Rg	38.29 Å
原子数	11304
残基数	1304
排除体积	198010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8fnl__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera
分子量 formula_weight	39899.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-,3.1.-.-
突变 mutation	E138K,Q148K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,G,H,I,J
原子数 atom_count	11936

GSHMPKRGRPAATEVKIPKPRGRPPLPAGTNSKGPPDFSSDEEREPTPVLGSGAAAAGQSRAAVGRKATKKTDGGGFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQKFGIPYNPQSKGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8188.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,K

ACTGCTAGAGATTTTCCCGCCCACGCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7773.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,L

AGCGTGGGCGGGAAAATCTCTAGCA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;(4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide ;
分子量 formula_weight	419.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	590

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分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	136589

Structure of E138K/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fnl__assembly_1__model_1

8fnl__assembly_1__model_1 | I(q)

8fnl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Structure of E138K/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lamina-associated polypeptide 2, isoform alpha,Integrase chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fnl__assembly_1__model_1

8fnl__assembly_1__model_1 | I(q)

8fnl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)