8g5b

Influenza A H3N2 X-31 Hemagglutinin in complex with FL-1061

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 136.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g5b
沉积日期 deposition_date	2023-02-12
结构标题 title	Influenza A H3N2 X-31 Hemagglutinin in complex with FL-1061
关键词 keywords	influenza, fusogen, antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.57 Å
零角强度 I(0) i0	250289000.00
分子量 molecular_weight	127970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159480 Å³
包络体积 envelope_volume	212400 Å³
水化壳体积 shell_volume	44557 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.95 Å
包络 Rg envelope_rg	41.74 Å
形状 Rg shape_rg	41.52 Å
总 Rg total_rg	41.85 Å
总原子数 total_atoms	9009
残基数 n_residues	1168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	250200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8676
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.620
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.665

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	41643.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9009

MLLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFASTNATELVQSSSTGKICNNPHRILDGIDCTLIDALLGDPHCDVFQNETWDLFVERSKAFSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFITEGFTWTGVTQNGGSNACKRGPGSGFFSRLNWLTKSGSTYPVLNVTMPNNDNFDKLYIWGIHHPSTDQEQTSLYVQASGRVTVSTRRSQQTIIPNIGSRPWVRGLSSRISIYWTIVKPGDVLVINSNGNLIAPRGYFKMRTGKSSIMRSDAPIDTCISECITPNGSIPNDKPFQNVNKITYGACPKYVKQNTLKLATGAGGAGSGGGGAGSGGPGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGGLEVLFQGPGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	FL-1086 heavy chain
分子量 formula_weight	28499.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASEVQLQESGAELVMPGASVKLSCKASGYTFTRYWMHWVKQRPGQGLEWIGEIDPSDSYTYYNQKFKGKSTLTVDKSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYYCARNYGSSYGYFDVWGTGTTVTVGASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSSLEVLFQGPLGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	FL-1061 heavy chain
分子量 formula_weight	28099.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASQVQLQQSGAELMQPGASVKLSCKATGYTFAGYWIEWVKQRPGHGLEWIGEILPGIGSTNYNGKFKGKATFTADSSSNTAYMELSSLTTEDSAIYYCARSGAQATFAMDYWGQGTSVTVSGASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSSLEVLFQGPLGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	S5V2-29 heavy chain
分子量 formula_weight	25984.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVSSNIYYWSWIRQTPGKGLEWLGYFYHSGSSNYNPSLKSRVTISGDMSKNQFSLKLKSVTAADTAIYYCARGGVENLMLVAVIQEMWYFDLWGRGTLVTVSGASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	FL-1086 light chain
分子量 formula_weight	26255.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASDIVMTQAAFSNPVTLGTSASISCRSSKSLLHSNGITYLYWYLQRPGQSPQLLIYQMSNLASGVPDRFSSSGSGTDFTLRISRVEAEDVGVYYCAQNLELPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	FL-1061 light chain
分子量 formula_weight	25774.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASDVQMTQSPSYLAASPGETITINCRASKSISKFLAWYQEKPGKTNKLLIYSGSTLQSGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAMYYCQQHNEYPYTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	S5V2-29 light chain
分子量 formula_weight	22803.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

DIQMTQTPSSLSASVGDRVTITCRASQSIGASLNWYQQKPGEAPKFLIYAASNLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQQGTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	396166

fit	/app/data/saxs_computation/g5/8g5b/8g5b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g5/8g5b/8g5b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g5/8g5b/8g5b.dat

Influenza A H3N2 X-31 Hemagglutinin in complex with FL-1061

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)