8gbq

Structure of RNF125 in complex with UbcH5b

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–147	未记录	E3 ubiquitin-protein ligase RNF125 × 1 （Q96EQ8） GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；289 K；0.1 M CHES 9.5 20% PEG 8000	分辨率 1.74 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8GBQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2CLW Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5B 提交 2006-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–147（147 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；150 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE [PH 4.6], 25% W/V PEG MME 2000	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
2ESK Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (E2) UbcH5b, wild-type 提交 2005-10-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.36 Å R-free 0.224
2ESO Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (E2) UbcH5b mutant Ile37Ala 提交 2005-10-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：I37A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.50 Å R-free 0.219
2ESP Human ubiquitin-conjugating enzyme (E2) UbcH5b mutant Ile88Ala 提交 2005-10-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：I88A	CL CHLORIDE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.52 Å R-free 0.233
2ESQ Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme (E2) UbcH5b mutant Ser94Gly 提交 2005-10-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：S94G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；NaCl, PEG 6000, Sodium Acetate, temperature 294K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.44 Å R-free 0.205
3A33 UbcH5b~Ubiquitin Conjugate 提交 2009-06-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C85S	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；2.0M NaCl, 0.1M Potassium acetate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.280
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–147（146 aa）	突变：L3S, C85S, T98K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–147（146 aa）	突变：L3S, C85S, T98K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–147（146 aa）	突变：L3S, C85S, T98K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–147（146 aa）	突变：L3S, C85S, T98K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3L1Y Crystal structure of human UBC4 E2 conjugating enzyme 提交 2009-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）片段：residues 1-147	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3TGD Crystal structure of the human ubiquitin-conjugating enzyme (E2) UbcH5b 提交 2011-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8M potassium phosphate, 0.8M sodium phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
4A49 Structure of phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B complex 提交 2011-10-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% (W/V) PEG 3350 AND 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE AT 18 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.21 Å R-free 0.205
4A4B Structure of modified phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B-ZAP-70 complex 提交 2011-10-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；31-35% PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH), 0.2 M KCL, 50 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.79 Å R-free 0.267
4A4C Structure of phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B-ZAP-70 complex 提交 2011-10-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；50 MM HEPES, PH 7.5, 0.2 M KCL AND 31-35% (V/V) PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH) AT 4 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
4AUQ Structure of BIRC7-UbcH5b-Ub complex. 提交 2012-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–147（147 aa）片段：UBCH5B, RESIDUES 1-147 链 D 1–147（147 aa）片段：UBCH5B, RESIDUES 1-147	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å R-free 0.249
4DDG Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–147（147 aa）链 B 1–147（147 aa）链 C 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4DDG Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 J 1–147（147 aa）链 K 1–147（147 aa）链 L 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4DDI Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–147（147 aa）链 B 1–147（147 aa）链 C 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.273
4LDT The structure of h/ceOTUB1-ubiquitin aldehyde-UBCH5B~Ub 提交 2013-06-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–147（147 aa）	突变：C85S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；1:1 mix of 12 mg/mL purified complex and well solution (100 mM Bis-Tris, pH 6.0, 200 mM magnesium chloride, 22% PEG3350), crystals appeared in about 2 to 3 days, cryoprotection with well solution + 10% ethylene glycol, flash frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
4V3K RNF38-UbcH5B-UB complex 提交 2014-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 2.3 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.04 Å R-free 0.223
4V3K RNF38-UbcH5B-UB complex 提交 2014-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 2.3 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.04 Å R-free 0.223
4V3L RNF38-UB-UbcH5B-Ub complex 提交 2014-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–147（146 aa）片段：RESIDUES 2-147	突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50 MM HEPES, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM ACETATE AND 13% (W/V) PEG 8K	分辨率 1.53 Å R-free 0.193
4WZ3 Crystal structure of the complex between LubX/LegU2/Lpp2887 U-box 1 and Homo sapiens UBE2D2 提交 2014-11-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C85S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；15 mg/ml of E2D2.(C85S)-Ub conjugate and an equimolar concentration of LubX (1-186), 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M Tris-Cl (pH 8.5) and 25% PEG3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–147（147 aa）	突变：C21S, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–147（147 aa）	突变：C21S, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–147（147 aa）	突变：C21S, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0M Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；SPG buffer, PEG 1500	分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5D1K Crystal Structure of UbcH5B in Complex with the RING-U5BR Fragment of AO7 提交 2015-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 OXL OXALATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；20% PEG-10000, 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.78 Å R-free 0.202
5D1L Crystal Structure of UbcH5B in Complex with the RING-U5BR Fragment of AO7 (Y165A) 提交 2015-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 OXL OXALATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.62 Å R-free 0.200
5D1M Crystal Structure of UbcH5B in Complex with the RING-U5BR Fragment of AO7 (P199A) 提交 2015-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	OXL OXALATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；20% PEG 10000, 8% Ethylene glycol, 0.1M HEPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.58 Å R-free 0.223
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 2–147（146 aa）链 D 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350	分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350	分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULH Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, C85K, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5ULK Crystal Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM ammonium nitrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.38 Å R-free 0.267
5VZW TRIM23 RING domain in complex with UbcH5-Ub 提交 2017-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–147（147 aa）链 B 1–147（147 aa）	突变：S22R,C85K 突变：S22R,C85K	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M calcium chloride, 17% w/v PEG3350	分辨率 2.28 Å R-free 0.237
5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–147（147 aa）	突变：C85K	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.262
5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–147（147 aa）	突变：C85K	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.262
6HPR Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a non-covalent Ub 提交 2018-09-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium fluoride and 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6M2C Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain 提交 2020-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6SQO Crystal structure of human MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–147（146 aa）链 E 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M SPG, pH 7.0, 10% (w/v) PEG Smear Broad, 0.15 M NH4NO3	分辨率 1.41 Å R-free 0.173
6SQR Crystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 2–147（146 aa）链 E 2–147（146 aa）链 H 2–147（146 aa）链 K 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ZN ZINC ION × 8 NO3 NITRATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) PEG Smear High	分辨率 2.18 Å R-free 0.227
6SQS Crystal structure of cat phospho-Ser429 MDM2 RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–147（146 aa）链 E 2–147（146 aa）	突变：S22R, C85K 突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% (w/v) PEG 2000 MME and 0.1 M KCl	分辨率 1.83 Å R-free 0.242
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
6W7Z RNF12 RING domain in complex with Ube2d2 提交 2020-03-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15-20% PEG 3350, 100-200 mM ammonium formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.211
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI	分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI	分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI	分辨率 3.19 Å R-free 0.281
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium	分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 EEE 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium	分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad	分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 EEE 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad	分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7BOL ubiquitin-conjugating enzyme, Ube2D2 提交 2020-03-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.5 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate pH 5.6 1.0 M Lithium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
7R71 Crystal Structure of the UbArk2C-UbcH5b~Ub complex 提交 2021-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C85K, C107S, C111S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M MMT pH 6.0, 25% w/v PEG 1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8GCB Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2023-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；289 K；0.1 M BICINE pH 9.0, 20% PEG 6000	分辨率 2.39 Å R-free 0.271
8JWJ PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 提交 2023-06-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；MPD, Tris	分辨率 2.96 Å R-free 0.222
8JWJ PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 提交 2023-06-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–147（147 aa）	突变：S22R, C85K	ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；MPD, Tris	分辨率 2.96 Å R-free 0.222
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：S346R,C409K	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS	分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）	突变：S346R,C409K	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS	分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8JWU PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker 提交 2023-06-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–147（147 aa）	突变：S346R,C409K	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, DMSO, MOPS	分辨率 3.58 Å R-free 0.265
8V0D Ubch5B-RING3 of MIB1 fusion structure 提交 2023-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）链 B 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；4% v/v TacsimateTM pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
8VK8 Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2 提交 2024-01-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, C107S, and C111S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 4000, 20% v/v 2-Propanol	分辨率 2.99 Å R-free 0.295
8VK8 Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2 提交 2024-01-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–147（147 aa）	突变：C21S, C107S, and C111S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 4000, 20% v/v 2-Propanol	分辨率 2.99 Å R-free 0.295
8VK8 Structure of UbV.d2.1 in complex with Ube2d2 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–147（147 aa）	突变：C21S, C107S, and C111S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 4000, 20% v/v 2-Propanol	分辨率 2.99 Å R-free 0.295
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
8VK9 Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–147（147 aa）	突变：C21S, S22R, C107S, C111S	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
9DNS Cryo-EM structure of Tom1-UBE2D2-ubiquitin complex 提交 2024-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–147（147 aa）链 E 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；30 mM HEPES pH 7.2, 200 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 0.2 mM CHAPSO cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CHAPSO detergent added to final conc. of 0.2 mM. Sample applied twice.	分辨率 2.80 Å
9GLS Crystal Structure of Human UBCH5B C85E 提交 2024-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–147（147 aa）	突变：C85E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；10% PEG 200, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 9, 15% PEG 8000	分辨率 1.25 Å R-free 0.211
9Q8Y Structure of RNF38 RING with linchpin mutant R454Y in complex with Ubch5B-Ub 提交 2025-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–147（146 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000	分辨率 2.63 Å R-free 0.275
9Q8Y Structure of RNF38 RING with linchpin mutant R454Y in complex with Ubch5B-Ub 提交 2025-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–147（146 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000	分辨率 2.63 Å R-free 0.275
9YE9 Structure of UbcH5b in complex with the U-box domain of the E3 ubiquitin ligase CHIP 提交 2025-09-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：M1K, C85K	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Potassium chloride, 0.1 M PIPES, 20 % v/v PEG Smear Medium	分辨率 2.01 Å R-free 0.288
9YEA Structure of the isopeptide bond-linked UbcH5b~Ubiquitin conjugate complex for an M1K/C85K UbcH5b mutant 提交 2025-09-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）	突变：M1K, C85K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Sodium Citrate, 20 % (w/v) PEG 3000	分辨率 1.83 Å R-free 0.239

共 57 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2D2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–152； UniProt 1–147

E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

Homo sapiens

UniProt Q96EQ8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 32–127	未记录	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 1 （P62837） GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；289 K；0.1 M CHES 9.5 20% PEG 8000	分辨率 1.74 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8GBQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5DKA A C2HC zinc finger is essential for the activity of the RING ubiquitin ligase RNF125 提交 2015-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–232（232 aa）	突变：129 stop mutant	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；273 K；0.1 M HEPES, 10% PEG 8K	分辨率 1.55 Å R-free 0.239
5DKA A C2HC zinc finger is essential for the activity of the RING ubiquitin ligase RNF125 提交 2015-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–232（232 aa）	突变：129 stop mutant	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；273 K；0.1 M HEPES, 10% PEG 8K	分辨率 1.55 Å R-free 0.239
8GCB Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2023-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–127（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；289 K；0.1 M BICINE pH 9.0, 20% PEG 6000	分辨率 2.39 Å R-free 0.271

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RN125_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–101； UniProt 32–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gbq
沉积日期 deposition_date	2023-02-27
结构标题 title	Structure of RNF125 in complex with UbcH5b
关键词 keywords	ubiquitin RING E3 ligase Ubiquitin conjugating enzyme Complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.01 Å
零角强度 I(0) i0	14120900.00
分子量 molecular_weight	27720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34490 Å³
包络体积 envelope_volume	41747 Å³
水化壳体积 shell_volume	17672 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.22 Å
包络 Rg envelope_rg	21.01 Å
形状 Rg shape_rg	21.00 Å
总 Rg total_rg	21.80 Å
总原子数 total_atoms	1932
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6961
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2833000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.207; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.854

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
分子量 formula_weight	17214.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2084

GPLGSMALKRIHKELNDLARDPPAQSRAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSIKLDILRSQWSPALTISKVLLSISSLLSDPNPDDPLVPEIARIYKTDREKYNRIAREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF125
分子量 formula_weight	11345.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSVTSFDCAVCLEVLHQPVRTRCGHVFCRSCIATSLKNNKWTCPYCRAYLPSEGVPATDVAKRMKSEYKNCAECDTLVCLSEMRAHIRTCQKYIDKYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gbqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	56.181 Å
晶胞边长 b length_b	56.181 Å
晶胞边长 c length_c	164.347 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	41.870 Å
R 因子 r_factor	0.1848
R_work r_work	0.1839
R_free r_free	0.2010

fit	/app/data/saxs_computation/gb/8gbq/8gbq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/8gbq/8gbq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/8gbq/8gbq.dat

Structure of RNF125 in complex with UbcH5b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)