8ggk

Locally refined cryoEM structure of receptor from beta-2-adrenergic receptor in complex with GTP-bound Gs heterotrimer (transition intermediate #3 of 20)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 83.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2 adrenergic receptor

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–413 未记录 G1I (5R,6R)-6-(methylamino)-5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-1,2,5-triol × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;GTP was added just prior to freezing at 5 sec, 10 sec, or 17 sec before plunging. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;GTP was added just prior to freezing at 5 sec, 10 sec, or 17 sec before plunging. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 143 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 25–452; UniProt 1–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ggk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ggk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ggk
沉积日期 deposition_date2023-03-08
结构标题 titleLocally refined cryoEM structure of receptor from beta-2-adrenergic receptor in complex with GTP-bound Gs heterotrimer (transition intermediate #3 of 20)
关键词 keywordsGPCR, Adrenergic, Receptor, G protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.47
零角强度 I(0) i014391800.00
分子量 molecular_weight31371.0 kDa
排除体积 excluded_volume40489 ų
包络体积 envelope_volume50320 ų
水化壳体积 shell_volume20359 ų
包络直径 envelope_diameter84.4
壳层 Rg shell_rg27.28
包络 Rg envelope_rg22.26
形状 Rg shape_rg21.49
总 Rg total_rg22.28
总原子数 total_atoms2216
残基数 n_residues288
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.0
Rg (实空间) rg_real22.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real1.4390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14390000.0000
解质量估计 total_estimate0.8273
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.523
峰度 Kurtosis kurtosis0.006
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2344000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.638; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.855; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)