8ott

MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） Histone H2A type 1-K × 1 （Q8CGP7） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Myc proto-oncogene protein × 1 （P01106） Protein max × 1 （P61244） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–95； UniProt 40–134 作者链 E； PDB构建体 1–95； UniProt 40–134

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） Histone H2A type 1-K × 1 （Q8CGP7） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Myc proto-oncogene protein × 1 （P01106） Protein max × 1 （P61244） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–82； UniProt 22–103 作者链 F； PDB构建体 1–82； UniProt 22–103

Histone H2A type 1-B/E

Homo sapiens

UniProt P04908

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） Histone H2A type 1-K × 1 （Q8CGP7） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Myc proto-oncogene protein × 1 （P01106） Protein max × 1 （P61244） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 9–117

Histone H2B type 1-J

Homo sapiens

UniProt P06899

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2A type 1-K × 1 （Q8CGP7） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Myc proto-oncogene protein × 1 （P01106） Protein max × 1 （P61244） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1J_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–93； UniProt 33–125 作者链 H； PDB构建体 1–93； UniProt 33–125

Histone H2A type 1-K

Homo sapiens

UniProt Q8CGP7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Myc proto-oncogene protein × 1 （P01106） Protein max × 1 （P61244） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1K_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–108； UniProt 11–118

Myc proto-oncogene protein

Homo sapiens

UniProt P01106

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） Histone H2A type 1-K × 1 （Q8CGP7） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Protein max × 1 （P61244） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–53； UniProt 368–420

Protein max

Homo sapiens

UniProt P61244

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） Histone H2A type 1-K × 1 （Q8CGP7） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1 Myc proto-oncogene protein × 1 （P01106） PENTANEDIAL × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAX_HUMAN
Isoform	P61244-3
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–51； UniProt 23–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ott
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
结构标题 title	MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8
关键词 keywords	E-box, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ott__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ott__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ott__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.16 Å
Rg（电子密度）	39.57 Å
总 Rg	40.13 Å
原子数	12448
残基数	1147
排除体积	202570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ott__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	11179.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	12973

HRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9279.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

VLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	11896.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-J
分子量 formula_weight	10334.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-K
分子量 formula_weight	11807.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (144-MER)
分子量 formula_weight	44225.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GGAGAATCCCGGTCTGCAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGGGTCACGTGCATACATCCTG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (144-MER)
分子量 formula_weight	44674.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CAGGATGTATGCACGTGACCCGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTGCAGACCGGGATTCTCC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Myc proto-oncogene protein
分子量 formula_weight	6346.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

NVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Protein max
分子量 formula_weight	6031.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

DKRAHHNALERKRRDHIKDSFHSLRDSVPSLQGEKASRAQILDKATEYIQY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PENTANEDIAL
分子量 formula_weight	100.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8ottA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	8ottH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	152914

MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-B/E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Myc proto-oncogene protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein max

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ott__assembly_1__model_1

8ott__assembly_1__model_1 | I(q)

8ott__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer