8p2l

A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 187.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p2l
沉积日期 deposition_date	2023-05-16
最后修订 last_revision	2023-09-06
结构标题 title	A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain.
关键词 keywords	SARM1; TIR-1; C. elegans; neurodegeneration; cryo-EM; structural biology; NAD+ metabolism; axon Wallerian degeneration, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.86 Å
零角强度 I(0) i0	4720770000.00
分子量 molecular_weight	580080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	726330 Å³
包络体积 envelope_volume	1109500 Å³
水化壳体积 shell_volume	132470 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.3 Å
壳层 Rg shell_rg	72.05 Å
包络 Rg envelope_rg	64.96 Å
形状 Rg shape_rg	66.87 Å
总 Rg total_rg	66.89 Å
总原子数 total_atoms	40776
残基数 n_residues	5152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.4 Å
Rg (实空间) rg_real	66.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4723000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6239
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	97.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.777
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	845700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	NAD(+) hydrolase SARM1,NAD(+) hydrolase tir-1
分子量 formula_weight	81070.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.6,3.2.2.-,3.2.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,J,I,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	40776

MSYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSERLAVPGPDGGGGTGPWWAAGGRGPREVSPGAGTEVQDALERALPELQQALSALKQAGGARAVGAGLAEVFQLVEEAWLLPAVGREVAQGLCDAIRLDGGLDLLLRLLQAPELETRVQAARLLEQILVAENRDRVARIGLGVILNLAKEREPVELARSVAGILEHMFKHSEETCQRLVAAGGLDAVLYWCRRTDPALLRHCALALGNCALHGGQAVQRRMVEKRAAEWLFPLAFSKEDELLRLHACLAVAVLATNKEVEREVERSGTLALVEPLVASLDPGRFARCLVDASDTSQGRGPDDLQRLVPLLDSNRLEAQCIGAFYLCAEAAIKSLQGKTKVFSDIGAIQSLKRLVSYSTNGTKSALAKRALRLLGEEVPRPILPSVPSWKEAEVQTWLQQIGFSKYCESFREQQVDGDLLLRLTEEELQTDLGMKSGITRKRFFRELTELKTFANYSTCDRSNLADWLGSLDPRFRQYTYGLVSCGLDRSLLHRVSEQQLLEDCGIHLGVHRARILTAAREMLHSPLPCTGGKPSGDTPDVFISYRRSTGNQLASLIKVLLQLRGYRVFIDVDKLYAGKFDSSLLKNIQAAKHFILVLTPNSLDRLLNDDNCEDWVHKELKCAFEHQKNIIPIFDTAFEFPTKEDQIPNDIRMITKYNGVKWVHDYQDACMAKVVRFITGELNRTTPTTKEMPSISRKTTQQR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	252.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.4560
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	136346

fit	/app/data/saxs_computation/p2/8p2l/8p2l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p2/8p2l/8p2l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p2/8p2l/8p2l.dat

A CHIMERA construct containing human SARM1 ARM and SAM domains and C. elegans TIR domain.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)