8phz

Helical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 105.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 3

Chikungunya virus strain S27-African prototype

UniProt Q8JUX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1334–1856 链 B; UniProt 1334–1856 链 C; UniProt 1334–1856 链 D; UniProt 1334–1856 链 E; UniProt 1334–1856 未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.35 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 163 个其他 PDB 条目、604 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLN_CHIKS
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–523; UniProt 1334–1856 作者链 B; PDB构建体 1–523; UniProt 1334–1856 作者链 C; PDB构建体 1–523; UniProt 1334–1856 作者链 D; PDB构建体 1–523; UniProt 1334–1856 作者链 E; PDB构建体 1–523; UniProt 1334–1856

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8phz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8phz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8phz
沉积日期 deposition_date2023-06-20
结构标题 titleHelical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds
关键词 keywordsHelical scaffold, Replication complex, Alpha granules, Viral factories, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.13
零角强度 I(0) i096983500.00
分子量 molecular_weight76435.0 kDa
排除体积 excluded_volume94997 ų
包络体积 envelope_volume128030 ų
水化壳体积 shell_volume33900 ų
包络直径 envelope_diameter114.3
壳层 Rg shell_rg38.04
包络 Rg envelope_rg32.83
形状 Rg shape_rg33.12
总 Rg total_rg33.57
总原子数 total_atoms5315
残基数 n_residues680
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.5
Rg (实空间) rg_real33.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real9.6980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal96980000.0000
解质量估计 total_estimate0.8937
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.1
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.550
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9708000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.787

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)