SAXSdb — 8pk5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 13

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–706	未记录	Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609 × 1 （Q96SY0,O15014） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH 6.5 0.9 M Na-Malonate 0.25 % (v/v) Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8PK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6SN1 Crystal structure of the human INTS13-INTS14 complex 提交 2019-08-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.0), 0.75 M AmSO4 and 1% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.244
8PK6 INTS13 complex with ZNF655 提交 2023-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–27（27 aa）链 A 48–256（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
8PK6 INTS13 complex with ZNF655 提交 2023-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–27（27 aa）链 C 48–256（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
8PK6 INTS13 complex with ZNF655 提交 2023-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–27（27 aa）链 E 48–256（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric	链 m 1–706（706 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 m 1–706（706 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 m 1–706（706 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9EOC Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14 subunits 提交 2024-03-14	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9EP1 Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2) 提交 2024-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–564（564 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9FA4 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 1) 提交 2024-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9FA7 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3) 提交 2024-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INT13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–718； UniProt 1–706

Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609

Homo sapiens

UniProt O15014

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–41	未记录	Integrator complex subunit 13 × 1 （Q9NVM9） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH 6.5 0.9 M Na-Malonate 0.25 % (v/v) Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZN609_HUMAN
Isoform	O15014-1
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 522–538； UniProt 25–41

Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609

Homo sapiens

UniProt Q96SY0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–518	未记录	Integrator complex subunit 13 × 1 （Q9NVM9） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH 6.5 0.9 M Na-Malonate 0.25 % (v/v) Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8PK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6SN1 Crystal structure of the human INTS13-INTS14 complex 提交 2019-08-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–518（518 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.0), 0.75 M AmSO4 and 1% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.244
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric	链 n 1–518（518 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 n 1–518（518 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 n 1–518（518 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9EOC Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14 subunits 提交 2024-03-14	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–518（518 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9EP1 Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2) 提交 2024-03-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–518（518 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9FA4 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 1) 提交 2024-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–518（518 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9FA7 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3) 提交 2024-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–518（518 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INT14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–518； UniProt 1–518

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pk5
沉积日期 deposition_date	2023-06-25
结构标题 title	INTS13-INTS14 complex with ZNF609
关键词 keywords	Protein Complex, RNA BINDING, STRUCTURAL PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.08 Å
零角强度 I(0) i0	199271000.00
分子量 molecular_weight	113550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141970 Å³
包络体积 envelope_volume	186520 Å³
水化壳体积 shell_volume	44703 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.94 Å
包络 Rg envelope_rg	35.81 Å
形状 Rg shape_rg	36.04 Å
总 Rg total_rg	36.53 Å
总原子数 total_atoms	7968
残基数 n_residues	1029
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	199300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8992
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.895

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrator complex subunit 13
分子量 formula_weight	81586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8017

GPSDPGPKRAEFMKIFSESHKTVFVVDHCPYMAESCRQHVEFDMLVKNRTQGIIPLAPISKSLWTCSVESSMEYCRIMYDIFPFKKLVNFIVSDSGAHVLNSWTQEDQNLQELMAALAAVGPPNPRADPECCSILHGLVAAVETLCKITEYQHEARTLLMENAERVGNRGRIICITNAKSDSHVRMLEDCVQETIHEHNKLAANSDHLMQIQKCELVLIHTYPVGEDSLVSDRSKKELSPVLTSEVHSVRAGRHLATKLNILVQQHFDLASTTITNIPMKEEQHANTSANYDVELLHHKDAHVDFLKSGDSHLGGGSREGSFKETITLKWCTPRTNNIELHYCTGAYRISPVDVNSRPSSCLTNFLLNGRSVLLEQPRKSGSKVISHMLSSHGGEIFLHVLSSSRSILEDPPSISEGCGGRVTDYRITDFGEFMRENRLTPFLDPRYKIDGSLEVPLERAKDQLEKHTRYWPMIISQTTIFNMQAVVPLASVIVKESLTEEDVLNCQKTIYNLVDMERKNDPLPISTVGTRGKGPKRDEQYRIMWNELETLVRAHINNSEKHQRVLECLMACRSKPPEEEERKKRGRKREDKEDKSEKAVKDYEQEKSWQDSERLKGILERGKEELAEAEIIKDSPDSPEPPNKKPLVEMDETPQVEKSKGPVSLLSLWSNRINTANSRKHQEFAGRLNSVNNRAELYQHLKEENGMETTENGKASRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609
分子量 formula_weight	59612.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPTVVVMDVSLSMTRPVSIEGSEEYQRKHLAAHGLTMLFEHMATNYKLEFTALVVFSSLWELMVPFTRDYNTLQEALSNMDDYDKTCLESALVGVCNIVQQEWGGAIPCQVVLVTDGCLGIGRGSLRHSLATQNQRSESNRFPLPFPFPSKLYIMCMANLEELQSTDSLECLERLIDLNNGEGQIFTIDGPLCLKNVQSMFGKLIDLAYTPFHAVLKCGHLTADVQVFPRPEPFVVDEEIDPIPKVINTDLEIVGFIDIADISSPPVLSRHLVLPIALNKEGDEVGTGITDDNEDENSANQIAGKIPNFCVLLHGSLKVEGMVAIVQLGPEWHGMLYSQADSKKKSNLMMSLFEPGPEPLPWLGKMAQLGPISDAKENPYGEDDNKSPFPLQPKNKRSYAQNVTVWIKPSGLQTDVQKILRNARKLPEKTQTFYKELNRLRKAALAFGFLDLLKGVADMLERECTLLPETAHPDAAFQLTHAAQQLKLASTGTSEYAAYDQNITPLHTDFSGSSTERISGSDEWDIGVGNLIIDLDAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	189.065 Å
晶胞边长 b length_b	115.629 Å
晶胞边长 c length_c	147.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.940 Å
R 因子 r_factor	0.1913
R_work r_work	0.1901
R_free r_free	0.2143

fit	/app/data/saxs_computation/pk/8pk5/8pk5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/8pk5/8pk5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/8pk5/8pk5.dat

INTS13-INTS14 complex with ZNF609

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)