8pk6

INTS13 complex with ZNF655

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pk6
沉积日期 deposition_date	2023-06-25
结构标题 title	INTS13 complex with ZNF655
关键词 keywords	Protein Complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.12 Å
零角强度 I(0) i0	117438000.00
分子量 molecular_weight	83723.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103810 Å³
包络体积 envelope_volume	139160 Å³
水化壳体积 shell_volume	36701 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.31 Å
包络 Rg envelope_rg	32.05 Å
形状 Rg shape_rg	32.13 Å
总 Rg total_rg	32.60 Å
总原子数 total_atoms	5874
残基数 n_residues	758
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	117400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.917

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Integrator complex subunit 13
分子量 formula_weight	27388.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	5874

GPHMLEMKIFSESHKTVFVVDHCPYMAESCRQHSKSLWTCSVESSMEYCRIMYDIFPFKKLVNFIVSDSGAHVLNSWTQEDQNLQELMAALAAVGPPNPRADPECCSILHGLVAAVETLCKITEYQHEARTLLMENAERVGNRGRIICITNAKSDSHVRMLEDCVQETIHEHNKLAANSDHLMQIQKCELVLIHTYPVGEDSLVSDRSKKELSPVLTSEVHSVRAGRHLATKLNILVQQHFD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger protein 655
分子量 formula_weight	3827.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

GHMEDRLERLQEILRKFLYLEREFRQITIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	126.997 Å
晶胞边长 b length_b	188.103 Å
晶胞边长 c length_c	52.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	48.720 Å
R 因子 r_factor	0.3007
R_work r_work	0.2989
R_free r_free	0.3329

fit	/app/data/saxs_computation/pk/8pk6/8pk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/8pk6/8pk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/8pk6/8pk6.dat

INTS13 complex with ZNF655

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)