SAXSdb — 8pk6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 13

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–27 链 A； UniProt 48–256	未记录	Zinc finger protein 655 × 1 （Q8N720）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–27 链 C； UniProt 48–256	未记录	Zinc finger protein 655 × 1 （Q8N720）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–27 链 E； UniProt 48–256	未记录	Zinc finger protein 655 × 1 （Q8N720）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8PK6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6SN1 Crystal structure of the human INTS13-INTS14 complex 提交 2019-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.0), 0.75 M AmSO4 and 1% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.244
8PK5 INTS13-INTS14 complex with ZNF609 提交 2023-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH 6.5 0.9 M Na-Malonate 0.25 % (v/v) Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.214
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric	链 m 1–706（706 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 m 1–706（706 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 m 1–706（706 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9EOC Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14 subunits 提交 2024-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9EP1 Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2) 提交 2024-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–564（564 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9FA4 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 1) 提交 2024-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9FA7 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3) 提交 2024-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–706（706 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INT13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–33； UniProt 1–27 作者链 A； PDB构建体 34–242； UniProt 48–256 作者链 C； PDB构建体 7–33； UniProt 1–27 作者链 C； PDB构建体 34–242； UniProt 48–256 作者链 E； PDB构建体 7–33； UniProt 1–27 作者链 E； PDB构建体 34–242； UniProt 48–256

Zinc finger protein 655

Homo sapiens

UniProt Q8N720

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 93–119	未记录	Integrator complex subunit 13 × 1 （Q9NVM9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 93–119	未记录	Integrator complex subunit 13 × 1 （Q9NVM9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 93–119	未记录	Integrator complex subunit 13 × 1 （Q9NVM9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.333

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZN655_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–30； UniProt 93–119 作者链 D； PDB构建体 4–30； UniProt 93–119 作者链 F； PDB构建体 4–30； UniProt 93–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pk6
沉积日期 deposition_date	2023-06-25
结构标题 title	INTS13 complex with ZNF655
关键词 keywords	Protein Complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.12 Å
零角强度 I(0) i0	117438000.00
分子量 molecular_weight	83723.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103810 Å³
包络体积 envelope_volume	139160 Å³
水化壳体积 shell_volume	36701 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.31 Å
包络 Rg envelope_rg	32.05 Å
形状 Rg shape_rg	32.13 Å
总 Rg total_rg	32.60 Å
总原子数 total_atoms	5874
残基数 n_residues	758
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	117400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.917

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrator complex subunit 13
分子量 formula_weight	27388.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	5874

GPHMLEMKIFSESHKTVFVVDHCPYMAESCRQHSKSLWTCSVESSMEYCRIMYDIFPFKKLVNFIVSDSGAHVLNSWTQEDQNLQELMAALAAVGPPNPRADPECCSILHGLVAAVETLCKITEYQHEARTLLMENAERVGNRGRIICITNAKSDSHVRMLEDCVQETIHEHNKLAANSDHLMQIQKCELVLIHTYPVGEDSLVSDRSKKELSPVLTSEVHSVRAGRHLATKLNILVQQHFD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger protein 655
分子量 formula_weight	3827.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

GHMEDRLERLQEILRKFLYLEREFRQITIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	126.997 Å
晶胞边长 b length_b	188.103 Å
晶胞边长 c length_c	52.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	48.720 Å
R 因子 r_factor	0.3007
R_work r_work	0.2989
R_free r_free	0.3329

fit	/app/data/saxs_computation/pk/8pk6/8pk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/8pk6/8pk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/8pk6/8pk6.dat

INTS13 complex with ZNF655

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Zinc finger protein 655

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)