8q85

Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 213.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q85
沉积日期 deposition_date	2023-08-17
结构标题 title	Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex
关键词 keywords	Kinetochore, microtubule, error correction, chromosome segregation, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.03 Å
零角强度 I(0) i0	353963000.00
分子量 molecular_weight	146330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	179710 Å³
包络体积 envelope_volume	317290 Å³
水化壳体积 shell_volume	53069 Å³
包络直径 envelope_diameter	253.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.40 Å
包络 Rg envelope_rg	63.04 Å
形状 Rg shape_rg	57.24 Å
总 Rg total_rg	55.96 Å
总原子数 total_atoms	10299
残基数 n_residues	1436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.0 Å
Rg (实空间) rg_real	57.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	353000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7794
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.728
峰度 Kurtosis kurtosis	0.338
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0063
最高正则化参数 α highest_alpha	14030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.593; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.610; Smooth: 0.741

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein NDC80
分子量 formula_weight	80609.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	10299

MQSSTSTDQHVLHHMDPHRFTSQIPTATSSQLRRRNSTNQGLTDMINKSIARNTISGTGIPTGGINKNKRTRSTVAGGTNGTALALNDKSNSRNSVSRLSINQLGSLQQHLSNRDPRPLRDKNFQSAIQEEIYDYLKKNKFDIETNHPISIKFLKQPTQKGFIIIFKWLYLRLDPGYGFTKSIENEIYQILKNLRYPFLESINKSQISAVGGSNWHKFLGMLHWMVRTNIKLDMCLNKVDRSLINQNTQEITILSQPLKTLDEQDQRQERYELMVEKLLIDYFTESYKSFLKLEDNYEPSMQELKLGFEKFVHIINTDIANLQTQNDNLYEKYQEVMKISQKIKTTREKWKALKSDSNKYENYVNAMKQKSQEWPGKLEKMKSECELKEEEIKALQSNISELHKILRKKGISTEQFELQNQEREKLTRELDKINIQSDKLTSSIKSRKLEAEGIFKSLLDTLRQYDSSIQNLTRSRSQLGHNVNDSSLKINISENLLDRDFHEGISYEQLFPKGSGINESIKKSILKLNDEIQERIKTIEKDNITLEKDIKNLKHDINEKTQINEKLELELSEANSKFELSKQENERLLVAQRIEIEKMEKKINDSNLLMKTKISDAEELVTSTELKLEELKVDLNRKRYKLHQQVIHVIDITSKFKINIQSSLENSENELGNVIEELRNLEFETEHNVTN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore protein NUF2
分子量 formula_weight	53025.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSRNQDVFPILDLQELVICLQSCDFALATQENISRPTSDYMVTLYKQIIENFMGISVESLLNSSNQETGDGHLQEENENIYLDTLNVLVLNKICFKFFENIGVQDFNMTDLYKPEAQRTQRLLSAVVNYARFREERMFDCNSFILQMESLLGQLRSKFDDYNLIQQQLKQYEDVDGDNIPDEQELQKLEEQNKELEIQLKKLTKIQETLSIDYNDYKISKQSIFKDLEALSFQIVELESNRDKLIKISNTDMEELSEGIKELNDLLIQRKKTLDDLTAQQKNLQDTVTTFETIISELYDVLRIISSEVQESNRTETELVGLKQNLINNKLKLMNVLETGIMYKLEILQEQLDLQLKNLEKLSQDTKEESRLNDTKLMDLQIKYENEIKPKIDKTDIFIQEELISGKINKLNDEIKQLQKDFEVEVKEIEIEYSLLSGHINKYMNEMLEYMQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	DASH complex subunit DAM1
分子量 formula_weight	38477.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MSEDKAKLGTTRSATEYRLSIGSAPTSRRSSMGESSSLMKFADQEGLTSSVGEYNENTIQQLLLPKIRELSDSIITLDSNFTRLNFIHESLADLNESLGSLLYGIMSNSWCVEFSQAPHDIQDDLIAIKQLKSLEDEKNNLVMELSNMERGIKRKKDEQGENDLAKASQNKQFNQPLFPSSQVRKYRSYDNRDKRKPSKIGNNLQVENEEDYEDDTSSEASFVLNPTNIGMSKSSQGHVTKTTRLNNNTNSKLRRKSILHTIRNSIASGADLPIENDNVVNLGDLHPNNRISLGSGAARVVNGPVTKNRNSMFSGRAERKPTESRHSVAKKTEKKINTRPPFR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	DASH complex subunit DUO1
分子量 formula_weight	27515.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MSEQSQLDDSTIDKLIPQIFNEMRSNLNNTTNKFPKSTGGGASDNISANSNSIRSFNSITTQSLLKESESLDKITAMIKNVTAALKNNLPVYVNQVHEVCKSTNSILDSWINIHSQAGYIHKLMSDQTYLKLINDRLHNENVNTNDEDGSTLHNVIALKKKEILDLRQKLENRKGEKDAAPAKPPNQGLNPRYGVQSGRRPVPSAGISNNGRVRKTHVPASKRPSGIPRVTNRWTKPTASSSRKMFR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	DASH complex subunit DAD2
分子量 formula_weight	15084.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MDSIDEQIAIKRKELQSLQKITSLTDGLKIQLTELNEQIKEMGMNADSVAQLMNNWDSIINNISQASLGLLQYAEGDYEIGPWKDSKKKESEQSNETGLEAQENDKNDEDNDEDEDLVPLPETMVRIRVDGNE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	DASH complex subunit DAD1
分子量 formula_weight	10522.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MMASTSNDEEKLISTTDKYFIEQRNIVLQEINETMNSILNGLNGLNISLESSIAVGREFQSVSDLWKTLYDGLESLSDEAPIDEQPTLSQSKTK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 polymer

描述 description	DASH complex subunit DAD4
分子量 formula_weight	8164.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MENPHEQVQANILSRIIGNVKRLNESVAILNQELVTINNRNKNLEIMGAICDNYHSSVQFNLEATNNKKPPL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 8 polymer

描述 description	DASH complex subunit DAD3
分子量 formula_weight	10862.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MEHNLSPLQQEVLDKYKQLSLDLKALDETIKELNYSQHRQQHSQQETVSPDEILQEMRDIEVKIGLVGTLLKGSVYSLILQRKQEQESLGSNSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 9 polymer

描述 description	DASH complex subunit SPC34
分子量 formula_weight	34131.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MGESLDRCIDDINRAVDSMSTLYFKPPGIFHNAILQGASNKASIRKDITRLIKDCNHDEAYLLFKVNPEKQSVSRRDGKEGVFDYVIKRDTDMKRNRRLGRPGEKPIIHVPKEVYLNKDRLDLNNKRRRTATTSGGGLNGFIFDTDLIGSSVISNSSSGTFKALSAVFKDDPQIQRLLYALENGSVLMEEESNNQRRKTIFVEDFPTDLILKVMAEVTDLWPLTEFKQDYDQLYHNYEQLSSKLRFIKKEVLLQDDRLKTMSQYHPSSSHDVAKIIRKEKDEIRRLEMEIANLQE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 10 polymer

描述 description	DASH complex subunit ASK1
分子量 formula_weight	32106.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MDSASKEETLEKLDQEITVNLQKIDSNLSFCFHKITQDIIPHVATYSEICERIMDSTEWLGTMFQETGLVNLQANAAAPVGNAPVKSLVSNNVGIFPTSAEEASRQSQTDNGPNEADSAVHVNRDVHSMFNNDSIDDFHTANITSTGQILKLPDSSDEDTGSEAVPSREQTDLTGEGHGGADDEQDESTIQRQSRKRKISLLLQQQYGSSSSMVPSPIVPNKMRKQLAHEEHINNDGDNDDENSNNIESSPLKQGHHHPKGQADDNNEGPDEEESTKEVPKPGTIIHFSTNR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 11 polymer

描述 description	DASH complex subunit HSK3
分子量 formula_weight	8097.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MNANKQRQYNQLAHELRELQTNLQETTKQLDIMSKQCNENLVGQLGKVHGSWLIGSYIYYMEQMLGKTQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 12 polymer

描述 description	DASH complex subunit SPC19
分子量 formula_weight	18935.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MTDALEQSVLALEGTVSVLKDSVESLKCANEPSTNLASTMLQTKRVFRLVPEYDVERSKLDLIEEVEPLVRTLGDKLRKSMGRMQRELDTLQQTYELNDLRLKKNISMDDDDALNSPDMGQEYEGRDADDVVMMASSTNEELEELKKLKEKKKQLENKLEILKQK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.97 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	77272

fit	/app/data/saxs_computation/q8/8q85/8q85.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q8/8q85/8q85.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q8/8q85/8q85.dat

Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)