8v11

Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 219.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v11
沉积日期 deposition_date	2023-11-19
结构标题 title	Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex
关键词 keywords	Stu2, tension sensing, Ndc80, kinetochore, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	84.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	87.13 Å
零角强度 I(0) i0	359974000.00
分子量 molecular_weight	159570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	200580 Å³
包络体积 envelope_volume	359380 Å³
水化壳体积 shell_volume	46775 Å³
包络直径 envelope_diameter	331.7 Å
壳层 Rg shell_rg	51.20 Å
包络 Rg envelope_rg	90.05 Å
形状 Rg shape_rg	87.17 Å
总 Rg total_rg	85.97 Å
总原子数 total_atoms	11239
残基数 n_residues	1371
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	219.6 Å
Rg (实空间) rg_real	76.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	352200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8076
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.998
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1706
最高正则化参数 α highest_alpha	12120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.013; Oscil: 0.728; Stabil: 0.987; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.477; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein NDC80
分子量 formula_weight	32460.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11265

SNARDPRPLRDKNFQSAIQEEIYDYLKKNKFDIETNHPISIKFLKQPTQKGFIIIFKWLYLRLDPGYGFTKSIENEIYQILKNLRYPFLESINKSQISAVGGSNWHKFLGMLHWMVRTNIKLDMCLNKVDRSLINQNTQEITILSQPLKTLDEQDQRQERYELMVEKLLIDYFTESYKSFLKLEDNYEPSMQELKLGFEKFVHIINTDVTSTELKLEELKVDLNRKRYKLHQQVIHVIDITSKFKINIQSSLENSENELGNVIEELRNLEFE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Ipl1/Nuf2 chimera protein
分子量 formula_weight	26548.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTSRINKPWRISHSPNSKIPSPVREKLNRLSRNQDVFPILDLQELVICLQSCDFALATQENISRPTSDYMVTLYKQIIENFMGISVESLLNSSNQETGDGHLQEENENIYLDTLNVLVLNKICFKFFENIGVQDFNMTDLYKPEAQRTQRLLSAVVNYARFREERMFDCNSFILQMESLLGQINKLNDEIKQLQKDFEVEVKEIEAAYSLLSGHINKYMNEMLEYMQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	11752.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSQKDNLLDNPVEFLKEVRESFDIQQDVDAMKRIRHDLDVIKEESEARLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	12709.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MASIDAFSDLERRMDGFQKDVAQVLARQQNHVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLAS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.757 Å
晶胞边长 b length_b	114.757 Å
晶胞边长 c length_c	423.841 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.950 Å
最低分辨率 resolution_low	48.530 Å
R 因子 r_factor	0.2696
R_work r_work	0.2666
R_free r_free	0.3266

fit	/app/data/saxs_computation/v1/8v11/8v11.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/8v11/8v11.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/8v11/8v11.dat

Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)