8v10

Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 170.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v10
沉积日期 deposition_date	2023-11-19
结构标题 title	Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex
关键词 keywords	tension sensing, Ndc80, kinetochore, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.66 Å
零角强度 I(0) i0	95256300.00
分子量 molecular_weight	81375.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102190 Å³
包络体积 envelope_volume	169130 Å³
水化壳体积 shell_volume	27662 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.37 Å
包络 Rg envelope_rg	55.54 Å
形状 Rg shape_rg	56.71 Å
总 Rg total_rg	56.23 Å
总原子数 total_atoms	5725
残基数 n_residues	694
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	170.3 Å
Rg (实空间) rg_real	56.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	94990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6010
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.004
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.252; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.054; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein NDC80
分子量 formula_weight	33256.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5725

SNARDPRPLRDKNFQSAIQEEIYDYLKKNKFDIETNHPISIKFLKQPTQKGFIIIFKWLYLRLDPGYGFTKSIENEIYQILKNLRYPFLESINKSQISAVGGSNWHKFLGMLHWMVRTNIKLDMCLNKVDRSLINQNTQEITILSQPLKTLDEQDQRQERYELMVEKLLIDYFTESYKSFLKLEDNYEPSMQELKLGFEKFVHIINTDVTSTELKLEELKVDLNRKRYKLHQQVIHVIDITSKFKINIQSSLENSENELGNVIEELRNLEFETEHNVTN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Mps1/NUF2 chimera protein
分子量 formula_weight	27375.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRQNMKEDITAKYAERRSKRFLISNRTTKLGPAKRASRNQDVFPILDLQELVICLQSCDFALATQENISRPTSDYMVTLYKQIIENFMGISVESLLNSSNQETGDGHLQEENENIYLDTLNVLVLNKICFKFFENIGVQDFNMTDLYKPEAQRTQRLLSAVVNYARFREERMFDCNSFILQMESLLGQINKLNDEIKQLQKDFEVEVKEIEIEYSLLSGHINKYMNEMLEYMQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	11881.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSQKDNLLDNPVEFLKEVRESFDIQQDVDAMKRIRHDLDVIKEESEARLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	12822.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASIDAFSDLERRMDGFQKDVAQVLARQQNHVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLASL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.657 Å
晶胞边长 b length_b	168.295 Å
晶胞边长 c length_c	230.214 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	115.110 Å
R 因子 r_factor	0.2399
R_work r_work	0.2381
R_free r_free	0.2707

fit	/app/data/saxs_computation/v1/8v10/8v10.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/8v10/8v10.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/8v10/8v10.dat

Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)