SAXSdb — 8v10

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein NDC80

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Mps1/NUF2 chimera protein × 1 （P33895,P54199） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） NICKEL (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDC80_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–208； UniProt 114–318 作者链 A； PDB构建体 209–279； UniProt 621–691

Mps1/NUF2 chimera protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P33895

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） NICKEL (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUF2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 37–188； UniProt 2–153 作者链 B； PDB构建体 189–233； UniProt 407–451

Mps1/NUF2 chimera protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P54199

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） NICKEL (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–36； UniProt 137–171

Kinetochore protein SPC24

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q04477

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Mps1/NUF2 chimera protein × 1 （P33895,P54199） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） NICKEL (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 C； PDB构建体 49–100； UniProt 162–213

Kinetochore protein SPC25

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40014

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Mps1/NUF2 chimera protein × 1 （P33895,P54199） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） NICKEL (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 D； PDB构建体 32–115； UniProt 138–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v10
沉积日期 deposition_date	2023-11-19
结构标题 title	Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex
关键词 keywords	tension sensing, Ndc80, kinetochore, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8v10__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8v10__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8v10__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	55.44 Å
Rg（电子密度）	56.66 Å
总 Rg	56.23 Å
原子数	5725
残基数	694
排除体积	102190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8v10__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein NDC80
分子量 formula_weight	33256.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5725

SNARDPRPLRDKNFQSAIQEEIYDYLKKNKFDIETNHPISIKFLKQPTQKGFIIIFKWLYLRLDPGYGFTKSIENEIYQILKNLRYPFLESINKSQISAVGGSNWHKFLGMLHWMVRTNIKLDMCLNKVDRSLINQNTQEITILSQPLKTLDEQDQRQERYELMVEKLLIDYFTESYKSFLKLEDNYEPSMQELKLGFEKFVHIINTDVTSTELKLEELKVDLNRKRYKLHQQVIHVIDITSKFKINIQSSLENSENELGNVIEELRNLEFETEHNVTN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mps1/NUF2 chimera protein
分子量 formula_weight	27375.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRQNMKEDITAKYAERRSKRFLISNRTTKLGPAKRASRNQDVFPILDLQELVICLQSCDFALATQENISRPTSDYMVTLYKQIIENFMGISVESLLNSSNQETGDGHLQEENENIYLDTLNVLVLNKICFKFFENIGVQDFNMTDLYKPEAQRTQRLLSAVVNYARFREERMFDCNSFILQMESLLGQINKLNDEIKQLQKDFEVEVKEIEIEYSLLSGHINKYMNEMLEYMQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	11881.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSQKDNLLDNPVEFLKEVRESFDIQQDVDAMKRIRHDLDVIKEESEARLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	12822.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASIDAFSDLERRMDGFQKDVAQVLARQQNHVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLASL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	72.657 Å
晶胞边长 b length_b	168.295 Å
晶胞边长 c length_c	230.214 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	115.110 Å
R 因子 r_factor	0.2399
R_work r_work	0.2381
R_free r_free	0.2707

Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein NDC80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mps1/NUF2 chimera protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mps1/NUF2 chimera protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore protein SPC24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore protein SPC25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8v10__assembly_1__model_1

8v10__assembly_1__model_1 | I(q)

8v10__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)