8qse

Ternary structure of 14-3-3s, BRAF phosphopeptide (pS365) and compound 23 (1083848).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–231 链 J; UniProt 1–231 未记录 BRAF peptide pS365 × 2 WQI 2-chloranyl-~{N}-[[1-(4-iodophenyl)sulfonylpiperidin-4-yl]methyl]ethanamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400 分辨率 1.80 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–236; UniProt 1–231 作者链 J; PDB构建体 6–236; UniProt 1–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qse
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qse
沉积日期 deposition_date2023-10-10
结构标题 titleTernary structure of 14-3-3s, BRAF phosphopeptide (pS365) and compound 23 (1083848).
关键词 keywords14-3-3, protein-protein interaction stabilizer, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.67
零角强度 I(0) i0101380000.00
分子量 molecular_weight51474.0 kDa
排除体积 excluded_volume48838 ų
包络体积 envelope_volume86857 ų
水化壳体积 shell_volume27311 ų
包络直径 envelope_diameter87.0
壳层 Rg shell_rg33.97
包络 Rg envelope_rg26.25
形状 Rg shape_rg26.66
总 Rg total_rg27.25
总原子数 total_atoms3845
残基数 n_residues480
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.6
Rg (实空间) rg_real27.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real1.0140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal101400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9115
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.5
偏度 Skewness skewness0.215
峰度 Kurtosis kurtosis-0.675
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13850000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.910

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)