8s0n

Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transmembrane protease serine 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 107–492	突变：S441A	nanobody A07 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；10 %w/v PEG 3000, 0.1 M imidazole (pH 8.0), 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 107–492	突变：S441A	nanobody A07 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；10 %w/v PEG 3000, 0.1 M imidazole (pH 8.0), 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8S0N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7MEQ Crystal structure of human TMPRSS2 in complex with Nafamostat 提交 2021-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 109–492（384 aa）	未记录	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；30.0% (w/v) Jeffamine ED-2001 7.0, 0.1 M HEPES pH7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
7XYD Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Nafamostat 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were mutated to DDDDK	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.58 Å R-free 0.248
7XYD Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Nafamostat 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were mutated to DDDDK	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.58 Å R-free 0.248
7Y0E Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Camostat 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.239
7Y0E Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Camostat 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.239
7Y0F Crystal structure of TMPRSS2 in complex with UK-371804 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 (SSRQSR) in the database have been replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 I9V 2-[(1-carbamimidamido-4-chloranyl-isoquinolin-7-yl)sulfonylamino]-2-methyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
7Y0F Crystal structure of TMPRSS2 in complex with UK-371804 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 (SSRQSR) in the database have been replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 I9V 2-[(1-carbamimidamido-4-chloranyl-isoquinolin-7-yl)sulfonylamino]-2-methyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
8HD8 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with 212-148 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.218
8HD8 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with 212-148 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.218
8JHZ Cryo-EM structure of the TcsH-TMPRSS2 complex 提交 2023-05-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 106–492（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.20 Å
8JI0 Cryo-EM structure of the TcsH-CROP in complex with TMPRSS2 提交 2023-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 106–492（387 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8S0L Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07 提交 2024-02-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–492（386 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；20 %w/v PEG 3350, 0.05 M HEPES (pH 7.0), 1 %w/v Tryptone, 0.001 %w/v NaN3	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
8S0M Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01 提交 2024-02-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 107–492（386 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.35 M NaH2PO4, 0.65 M K2HPO4	分辨率 3.55 Å R-free 0.221
8S0M Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01 提交 2024-02-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 107–492（386 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.35 M NaH2PO4, 0.65 M K2HPO4	分辨率 3.55 Å R-free 0.221
8V04 High resolution TMPRSS2 structure following acylation by nafamostat 提交 2023-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–255（108 aa）链 B 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 CIT CITRIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；3 uL hanging drop (2:1 protein:precipitant) grown over precipitant solution containing 25%PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 4.6. Protein (10 mg/mL) was in a buffer containing 25 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, and 2 mM CaCl2	分辨率 1.58 Å R-free 0.181
8V1F TMPRSS2 complexed with the noncovalent inhibitor 6-amidino-2-napthol 提交 2023-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–255（108 aa）片段：SRCR domain non-catalytic chain residues 148-254 链 B 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 7R8 6-oxidanylnaphthalene-2-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；precipitant containing 20% PEG3350, 0.2 M dibasic ammonium citrate. Protein mixed 1uL:1uL protein:precipitant and set as 2 uL hanging drop on glass slides	分辨率 2.19 Å R-free 0.223
8V1F TMPRSS2 complexed with the noncovalent inhibitor 6-amidino-2-napthol 提交 2023-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 148–255（108 aa）片段：SRCR domain non-catalytic chain residues 148-254 链 D 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 7R8 6-oxidanylnaphthalene-2-carboximidamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CIT CITRIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；precipitant containing 20% PEG3350, 0.2 M dibasic ammonium citrate. Protein mixed 1uL:1uL protein:precipitant and set as 2 uL hanging drop on glass slides	分辨率 2.19 Å R-free 0.223
8VGT Structure of the HKU1 RBD bound to the human TMPRSS2 receptor 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8Y1D 2up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 109–492（384 aa）链 E 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8Y1E 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 109–492（384 aa）链 E 109–492（384 aa）链 F 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8Y7X Structure of HCoV-HKU1A spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2 提交 2024-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 x 109–492（384 aa）链 y 109–492（384 aa）链 z 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8Y7Y Local structure of HCoV-HKU1A spike in complex with TMPRSS2 and glycan 提交 2024-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MJJ methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8Y87 Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-1up conformation with 1TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8Y88 Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-2up conformation with 2TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8Y89 Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-3up conformation with 2TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
8Y8A Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 109–492（384 aa）链 H 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å
8Y8B Local structure of HCoV-HKU1C spike in complex with TMPRSS2 and glycan 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	MJJ methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8YOY Structure of HKU1A RBD with TMPRSS2 提交 2024-03-14	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
8YQQ Structure of HKU1B RBD with TMPRSS2 提交 2024-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9E83 TMPRSS2 crystal structure following acylation by UCSF_157 提交 2024-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–255（108 aa）链 B 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D/R252D/Q253D/S254D/R255K	CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 VU4 4-(2-aminoethyl)benzoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；3 uL hanging drop (2:1 protein:precipitant) grown over precipitant solution containing 25%PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 4.6. Protein (10 mg/mL) was in a buffer containing 25 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, and 2 mM CaCl2	分辨率 2.07 Å R-free 0.260
9IZN Crystal structure of HKU1A RBD bound to TMPRSS2 提交 2024-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	突变：R255Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole (pH 7.0) and 8% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9JCX Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD and TMPRSS2 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K 突变：S441A	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10% (w/v) Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.75 Å R-free 0.237
9JD0 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
9JD0 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
9JD1 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Fab 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；50 mM MES pH 5.6, 8.6% (w/v) Polyethylene glycol 4,000, 17.1% (v/v) Polyethylene glycol 600	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
9K3T Cryo-EM structure of TMPRSS2 in complex with Fab fragments of 752 mAb and 2228 mAb 提交 2024-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 109–492（384 aa）	突变：250SSRQSR255 replaced with DDDDDK	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OPQ TMPRSS2 (S441A) bound to the HCoV-NL63 S2'region genetically fused to the HCoV-HKU1 RBD 提交 2025-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 110–492（383 aa）	突变：S441A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9OPR TMPRSS2 S441A in complex with the H1H7 Fab and anti-kappa light chain nanobody 提交 2025-05-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–492（383 aa）	突变：S441A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9U8G Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody77_10 提交 2025-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–254（146 aa）链 B 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.0, 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
9U8G Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody77_10 提交 2025-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.0, 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
9Z3J HCoV-NL63 S2' peptide bound to TMPRSS2 S441A (complexed with the H1H7 Fab and an anti-kappa-nanobody) 提交 2025-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 110–249（140 aa）链 B 256–492（237 aa）	突变：S441A 突变：S441A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 33 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMPS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–388； UniProt 107–492 作者链 C； PDB构建体 3–388； UniProt 107–492

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s0n
沉积日期 deposition_date	2024-02-14
结构标题 title	Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07
关键词 keywords	PROTEASE, NANOBODY, INHIBITOR, ZYMOGEN, PROTEIN BINDING, PROTEASE-NANOBODY INHIBITOR complex; PROTEASE/NANOBODY INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.61 Å
零角强度 I(0) i0	165043000.00
分子量 molecular_weight	100090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	124050 Å³
包络体积 envelope_volume	156470 Å³
水化壳体积 shell_volume	40015 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.76 Å
包络 Rg envelope_rg	33.60 Å
形状 Rg shape_rg	33.63 Å
总 Rg total_rg	33.95 Å
总原子数 total_atoms	7036
残基数 n_residues	907
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	165000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.315
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.463
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.915

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transmembrane protease serine 2
分子量 formula_weight	43922.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.122
突变 mutation	S441A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7251

RSKFMGSKCSNSGIECDSSGTCINPSNWCDGVSHCPGGEDENRCVRLYGPNFILQVYSSQRKSWHPVCQDDWNENYGRAACRDMGYKNNFYSSQGIVDDSGSTSFMKLNTSAGNVDIYKKLYHSDACSSKAVVSLRCIACGVNLNSSRQSRIVGGESALPGAWPWQVSLHVQNVHVCGGSIITPEWIVTAAHCVEKPLNNPWHWTAFAGILRQSFMFYGAGYQVEKVISHPNYDSKTKNNDIALMKLQKPLTFNDLVKPVCLPNPGMMLQPEQLCWISGWGATEEKGKTSEVLNAAKVLLIETQRCNSRYVYDNLITPAMICAGFLQGNVDSCQGDAGGPLVTSKNNIWWLIGDTSWGSGCAKAYRPGVYGNVMVFTDWIYRQMRADGGPFEDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	nanobody A07
分子量 formula_weight	16031.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGSSHHHHHHSSGGGQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCTSSGSPLEHYDIIWFRQAPGREREGVSSITTSGGHTNYADSVKDRFTISRDNAKNVVYLQMNSLKPEDTAVYYCAGRVGGRRNWIVPLDGYDNAYWGQGTQVTVSSGGGSCSA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	161.869 Å
晶胞边长 b length_b	54.458 Å
晶胞边长 c length_c	165.822 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	24.420 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2109
R_free r_free	0.2458

fit	/app/data/saxs_computation/s0/8s0n/8s0n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s0/8s0n/8s0n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s0/8s0n/8s0n.dat

Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transmembrane protease serine 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)