8s0s

A fragment-based inhibitor of SHP2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s0s
沉积日期 deposition_date	2024-02-14
结构标题 title	A fragment-based inhibitor of SHP2
关键词 keywords	protein tyrosine phophatase, SH2 domain, autoinhibition, allostery, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.93 Å
零角强度 I(0) i0	205150000.00
分子量 molecular_weight	113890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141770 Å³
包络体积 envelope_volume	188470 Å³
水化壳体积 shell_volume	42988 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.20 Å
包络 Rg envelope_rg	37.01 Å
形状 Rg shape_rg	37.93 Å
总 Rg total_rg	38.20 Å
总原子数 total_atoms	8066
残基数 n_residues	983
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	205100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8642
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	35350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.856

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
分子量 formula_weight	61899.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8532

HMTSRRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSKSNPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHHGQLKEKNGDVIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESQSHPGDFVLSVRTGDDKGESNDGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKLAETTDKVKQGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDGDPNEPVSDYINANIIMPEFETKCNNSKPKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRSGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETLQRRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	(1R,5S)-8-[7-(4-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazin-3-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-amine
分子量 formula_weight	407.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	459

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.723 Å
晶胞边长 b length_b	213.727 Å
晶胞边长 c length_c	55.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	55.440 Å
R 因子 r_factor	0.2172
R_work r_work	0.2149
R_free r_free	0.2585

fit	/app/data/saxs_computation/s0/8s0s/8s0s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s0/8s0s/8s0s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s0/8s0s/8s0s.dat

A fragment-based inhibitor of SHP2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction