8svr

Crystal structure of pregnane X receptor ligand binding domain in complex with SJPYT-326

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pregnane X receptor ligand binding domain fused to SRC-1 coactivator peptide

Homo sapiens

UniProt O75469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–434 链 B; UniProt 130–434 未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 WT1 (1P)-N-(5-tert-butyl-2-{[(3S)-hexan-3-yl]oxy}phenyl)-5-methyl-1-(2,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM Bis-Tris pH 6.0-7.0, 9-16% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.92 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 79 个其他 PDB 条目、109 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR1I2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–312; UniProt 130–434 作者链 B; PDB构建体 8–312; UniProt 130–434

Pregnane X receptor ligand binding domain fused to SRC-1 coactivator peptide

Homo sapiens

UniProt Q15788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 678–710 链 B; UniProt 678–710 未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 WT1 (1P)-N-(5-tert-butyl-2-{[(3S)-hexan-3-yl]oxy}phenyl)-5-methyl-1-(2,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM Bis-Tris pH 6.0-7.0, 9-16% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.92 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 319–351; UniProt 678–710 作者链 B; PDB构建体 319–351; UniProt 678–710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8svr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8svr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8svr
沉积日期 deposition_date2023-05-17
结构标题 titleCrystal structure of pregnane X receptor ligand binding domain in complex with SJPYT-326
关键词 keywords;Pregnane X receptor (PXR), promiscuous ligand-activated protein, nuclear receptor subfamily 1, transcriptional regulator, and drug metabolism., TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.99
零角强度 I(0) i061330600.00
分子量 molecular_weight64233.0 kDa
排除体积 excluded_volume81325 ų
包络体积 envelope_volume103100 ų
水化壳体积 shell_volume27946 ų
包络直径 envelope_diameter110.7
壳层 Rg shell_rg36.82
包络 Rg envelope_rg32.86
形状 Rg shape_rg32.94
总 Rg total_rg33.47
总原子数 total_atoms4516
残基数 n_residues560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.5
Rg (实空间) rg_real33.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real6.1330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61320000.0000
解质量估计 total_estimate0.7724
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.1
偏度 Skewness skewness0.478
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30820000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.620; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.545; Smooth: 0.631

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)