8svu

Crystal structure of the L428V mutant of pregnane X receptor ligand binding domain in apo form

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2, Nuclear receptor coactivator 1 fusion protein,Nuclear receptor coactivator 1

Homo sapiens

UniProt O75469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–434 链 B; UniProt 130–434 突变:L428V GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM Bis-Tris pH 6.0-7.0, 9-16% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.89 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 79 个其他 PDB 条目、109 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR1I2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–312; UniProt 130–434 作者链 B; PDB构建体 8–312; UniProt 130–434

Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2, Nuclear receptor coactivator 1 fusion protein,Nuclear receptor coactivator 1

Homo sapiens

UniProt Q15788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 678–710 链 B; UniProt 678–710 突变:L428V GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM Bis-Tris pH 6.0-7.0, 9-16% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.89 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 319–351; UniProt 678–710 作者链 B; PDB构建体 319–351; UniProt 678–710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8svu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8svu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8svu
沉积日期 deposition_date2023-05-17
结构标题 titleCrystal structure of the L428V mutant of pregnane X receptor ligand binding domain in apo form
关键词 keywords;Pregnane X receptor (PXR), promiscuous ligand-activated protein, nuclear receptor subfamily 1, transcriptional regulator, drug metabolism, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.29
零角强度 I(0) i060600400.00
分子量 molecular_weight62648.0 kDa
排除体积 excluded_volume78744 ų
包络体积 envelope_volume101810 ų
水化壳体积 shell_volume27455 ų
包络直径 envelope_diameter114.3
壳层 Rg shell_rg36.96
包络 Rg envelope_rg32.94
形状 Rg shape_rg33.24
总 Rg total_rg33.77
总原子数 total_atoms4404
残基数 n_residues562
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.9
Rg (实空间) rg_real33.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real6.0600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7762
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.4
偏度 Skewness skewness0.479
峰度 Kurtosis kurtosis-0.640
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28320000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.602; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.528; Smooth: 0.753

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)