SAXSdb — 8t0p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner kinetochore subunit AME1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 125–231	片段：residues 125-231	Inner kinetochore subunit OKP1 × 1 （P53298） Histone H3-like centromeric protein CSE4 × 1 （P36012） SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；19% PEG 8000, 0.55 M Lithium sulfate	分辨率 1.73 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8T0P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6NUW Yeast Ctf19 complex 提交 2019-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 I 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 U 131–320（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 U 166–324（159 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
6QLF Structure of inner kinetochore CCAN complex with mask1 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 U 1–320（320 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 U 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OVX Cryo-EM structure of yeast CENP-OPQU+ bound to the CENP-A N-terminus 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 U 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 U 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 U 1–324（324 aa）链 UU 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPU_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 125–231

Inner kinetochore subunit OKP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53298

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 125–275	片段：residues 125-275	Inner kinetochore subunit AME1 × 1 （P38313） Histone H3-like centromeric protein CSE4 × 1 （P36012） SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；19% PEG 8000, 0.55 M Lithium sulfate	分辨率 1.73 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8T0P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6NUW Yeast Ctf19 complex 提交 2019-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 F 1–406（406 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 Q 161–391（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 Q 161–406（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
6QLF Structure of inner kinetochore CCAN complex with mask1 提交 2019-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Q 1–406（406 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 Q 1–406（406 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OVX Cryo-EM structure of yeast CENP-OPQU+ bound to the CENP-A N-terminus 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 1–406（406 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 Q 1–406（406 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 Q 1–406（406 aa）链 QQ 1–406（406 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPQ_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–152； UniProt 125–275

Histone H3-like centromeric protein CSE4

物种未注明

UniProt P36012

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 32–49	片段：residues 32-49	Inner kinetochore subunit AME1 × 1 （P38313） Inner kinetochore subunit OKP1 × 1 （P53298） SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；19% PEG 8000, 0.55 M Lithium sulfate	分辨率 1.73 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8T0P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L5A Structural basis for recognition of centromere specific histone H3 variant by nonhistone Scm3 提交 2010-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–228（78 aa）片段：Cse4(151-228), Scm3(93-172), H4(42-103)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.00；压力 ambient NMR样品组成 0.8-1.0 mM [U-100% 15N] scCSH-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-100% 15N] scCSH-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C methyl; U-15N; U-2H] scCSH-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C ; U-15N; 35%-2H] scCSH-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM [U-13C ; U-15N] scCSH-5, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8-0.85 mM scCSH-6, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 a 137–226（90 aa）链 e 112–226（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6UPH Structure of a Yeast Centromeric Nucleosome at 2.7 Angstrom resolution 提交 2019-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–229（229 aa）链 E 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 a 1–229（229 aa）链 e 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 a 1–229（229 aa）链 e 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–18； UniProt 32–49

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t0p
沉积日期 deposition_date	2023-06-01
结构标题 title	Structure of Cse4 bound to Ame1 and Okp1
关键词 keywords	Okp1, Cse4, Ame1, Kinetochore, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.63 Å
零角强度 I(0) i0	19103600.00
分子量 molecular_weight	32839.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40966 Å³
包络体积 envelope_volume	52441 Å³
水化壳体积 shell_volume	18922 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.23 Å
包络 Rg envelope_rg	28.91 Å
形状 Rg shape_rg	27.64 Å
总 Rg total_rg	27.77 Å
总原子数 total_atoms	2302
残基数 n_residues	277
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7327
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.793
峰度 Kurtosis kurtosis	0.238
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2229000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.486; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.312; Smooth: 0.751

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit AME1
分子量 formula_weight	12506.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2492

LSSSITSVTTIDVLSSLFINLFENDLIPQALKDFNKSDDDQFRKLLYKLDLRLFQTISDQMTRDLKDILDINVSNNELCYQLKQVLARKEDLNQQIISVRNEIQELK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit OKP1
分子量 formula_weight	18608.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SVRPWEFRKVIQAEYRERLPRNYELKHWKKPSKIMIGSILRLLETNTVSALDSVFEKYEKEMNQMTHGDNNEVKRIYSKKERLLEIILTKIKKKLRQAKFPSRISERDLDIEYIYSKRQFIQNRYSQELQNNERLEAILSREQNLLEETRKL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein CSE4
分子量 formula_weight	2075.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QSINDRALSLLQRTRATK

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	185

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	154.305 Å
晶胞边长 b length_b	154.305 Å
晶胞边长 c length_c	37.114 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	69.010 Å
R 因子 r_factor	0.2082
R_work r_work	0.2067
R_free r_free	0.2364

fit	/app/data/saxs_computation/t0/8t0p/8t0p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t0/8t0p/8t0p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t0/8t0p/8t0p.dat

Structure of Cse4 bound to Ame1 and Okp1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner kinetochore subunit AME1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner kinetochore subunit OKP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3-like centromeric protein CSE4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)