8t2i

Negative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 137.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor MYC3

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9FIP9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 49–238 未记录 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein × 1 (P0AEY0) Protein TIFY 10A × 1 (Q9LMA8) AFP homolog 2 × 1 (Q9SV55) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 分辨率 10.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYC3_ARATH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–190; UniProt 49–238

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

Escherichia coli

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 27–392 未记录 Transcription factor MYC3 × 1 (Q9FIP9) Protein TIFY 10A × 1 (Q9LMA8) AFP homolog 2 × 1 (Q9SV55) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 分辨率 10.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、148 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 32–397; UniProt 27–392

Protein TIFY 10A

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LMA8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–253 未记录 Transcription factor MYC3 × 1 (Q9FIP9) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein × 1 (P0AEY0) AFP homolog 2 × 1 (Q9SV55) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 分辨率 10.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TI10A_ARATH
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–253; UniProt 1–253

AFP homolog 2

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SV55

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–425 未记录 Transcription factor MYC3 × 1 (Q9FIP9) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein × 1 (P0AEY0) Protein TIFY 10A × 1 (Q9LMA8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 分辨率 10.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NINJA_ARATH
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–425; UniProt 1–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8t2i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8t2i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8t2i
沉积日期 deposition_date2023-06-06
结构标题 titleNegative stain EM assembly of MYC, JAZ, and NINJA complex
关键词 keywordsJasmonate signaling, MYC, JAZ, NINJA, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.78
零角强度 I(0) i0279211000.00
分子量 molecular_weight131410.0 kDa
排除体积 excluded_volume162500 ų
包络体积 envelope_volume274420 ų
水化壳体积 shell_volume53759 ų
包络直径 envelope_diameter141.6
壳层 Rg shell_rg48.53
包络 Rg envelope_rg40.57
形状 Rg shape_rg42.76
总 Rg total_rg43.18
总原子数 total_atoms9243
残基数 n_residues1220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.5
Rg (实空间) rg_real43.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04
I(0) (实空间) i0_real2.7920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal279300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9043
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.1
偏度 Skewness skewness0.071
峰度 Kurtosis kurtosis-0.722
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25960000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.922

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)