8ua8

Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein E1

Semliki Forest virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 17 其他聚合物 12	Glycoprotein E2 × 4 （A0A0E3T652） Assembly protein E3 × 4 （P03315） Capsid protein × 4 （P03315） Very low-density lipoprotein receptor × 1 （P98155） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F6PP03_SFV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 E； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 I； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 M； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253

Glycoprotein E2

Semliki Forest virus

UniProt A0A0E3T652

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 17 其他聚合物 12	Glycoprotein E1 × 4 （A0A0F6PP03） Assembly protein E3 × 4 （P03315） Capsid protein × 4 （P03315） Very low-density lipoprotein receptor × 1 （P98155） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0E3T652_SFV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–417； UniProt 339–755 作者链 F； PDB构建体 1–417； UniProt 339–755 作者链 J； PDB构建体 1–417； UniProt 339–755 作者链 N； PDB构建体 1–417； UniProt 339–755

Assembly protein E3

Semliki Forest virus

UniProt P03315

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 17 其他聚合物 12	Glycoprotein E1 × 4 （A0A0F6PP03） Glycoprotein E2 × 4 （A0A0E3T652） Very low-density lipoprotein receptor × 1 （P98155） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_SFV
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–54； UniProt 273–326 作者链 G； PDB构建体 1–54； UniProt 273–326 作者链 K； PDB构建体 1–54； UniProt 273–326 作者链 O； PDB构建体 1–54； UniProt 273–326 作者链 D； PDB构建体 1–153； UniProt 115–267 作者链 H； PDB构建体 1–153； UniProt 115–267 作者链 L； PDB构建体 1–153； UniProt 115–267 作者链 P； PDB构建体 1–153； UniProt 115–267

Very low-density lipoprotein receptor

Homo sapiens

UniProt P98155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 17 其他聚合物 12	Glycoprotein E1 × 4 （A0A0F6PP03） Glycoprotein E2 × 4 （A0A0E3T652） Assembly protein E3 × 4 （P03315） Capsid protein × 4 （P03315） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VLDLR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–37； UniProt 72–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ua8
沉积日期 deposition_date	2023-09-20
结构标题 title	Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2
关键词 keywords	Semliki Forest Virus, Receptor, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ua8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ua8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ua8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	66.02 Å
Rg（电子密度）	65.38 Å
总 Rg	65.61 Å
原子数	33212
残基数	4267
排除体积	588670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ua8__assembly_1__model_1`	heptadecameric （17）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47489.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	33212

YEHSTVMPNVVGFPYKAHIERPGYSPLTLQMQVVETSLEPTLNLEYITCEYKTVVPSPYVKCCGASECSTKEKPDYQCKVYTGVYPFMWGGAYCFCDSENTQLSEAYVDRSDVCRHDHASAYKAHTASLKAKVRVMYGNVNQTVDVYVNGDHAVTIGGTQFIFGPLSSAWTPFDNKIVVYKDEVFNQDFPPYGSGQPGRFGDIQSRTVESNDLYANTALKLARPSPGMVHVPYTQTPSGFKYWLKEKGTALNTKAPFGCQIKTNPVRAMNCAVGNIPVSMNLPDSAFTRIVEAPTIIDLTCTVATCTHSSDFGGVLTLTYKTDKNGDCSVHSHSNVATLQEATAKVKTAGKVTLHFSTASASPSFVVSLCSARATCSASCEPPKDHIVPYAASHSNVVFPDMSGTALSWVQKISGGLGAFAIGAILVLVVVTCIGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46330.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

FNVYKATRPYIAYCADCGAGHSCHSPVAIEAVRSEATDGMLKIQFSAQIGIDKSDNHDYTKIRYADGHAIENAVRSSLKVATSGDCFVHGTMGHFILAKCPPGEFLQVSIQDTRNAVRACRIQYHHDPQPVGREKFTIRPHYGKEIPCTTYQQTTAKTVEEIDMHMPPDTPDRTLLSQQSGNVKITVGGKKVKYNCTCGTGNVGTTNSDMTINTCLIEQCHVSVTDHKKWQFNSPFVPRADEPARKGKVHIPFPLDNITCRVPMAREPTVIHGKREVTLHLHPDHPTLFSYRTLGEDPQYHEEWVTAAVERTIPVPVDGMEYHWGNNDPVRLWSQLTTEGKPHGWPHQIVQYYYGLYPAATVSAVVGMSLLALISIFASCYMLVAARSKCLTPYALTPGAAVPWTLGILCCAPRAHA

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Assembly protein E3
分子量 formula_weight	6020.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

TAMCVLANATFPCFQPPCVPCCYENNAEATLRMLEDNVDRPGYYDLLQAALTCR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	16723.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

IENDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGVIDNADLAKLAFKKSSKYDLECAQIPVHMRSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGSRTALSVVTWNKDMVTRVTPEGSEEW

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Very low-density lipoprotein receptor
分子量 formula_weight	4028.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

CAESDFVCNNGQCVPSRWKCDGDPDCEDGSDESPEQC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	439486

Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycoprotein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Assembly protein E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Very low-density lipoprotein receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ua8__assembly_1__model_1

8ua8__assembly_1__model_1 | I(q)

8ua8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)