8w0i

Cryo-EM structure of the human MCM2-7 heterohexamer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 152.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication licensing factor MCM2

Homo sapiens

UniProt P49736

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 1–904 未记录 DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 1 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P33993) ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–904; UniProt 1–904

DNA replication licensing factor MCM3

Homo sapiens

UniProt P25205

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 2–808 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P49736) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 1 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P33993) ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 4–810; UniProt 2–808

DNA replication licensing factor MCM4

Homo sapiens

UniProt P33991

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 1–863 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P49736) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P25205) DNA replication licensing factor MCM5 × 1 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P33993) ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 4–866; UniProt 1–863

DNA replication licensing factor MCM5

Homo sapiens

UniProt P33992

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 5; UniProt 1–734 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P49736) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P33991) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P33993) ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM5_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–734; UniProt 1–734

DNA replication licensing factor MCM6

Homo sapiens

UniProt Q14566

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 6; UniProt 1–821 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P49736) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 1 (P33992) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P33993) ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM6_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–821; UniProt 1–821

DNA replication licensing factor MCM7

Homo sapiens

UniProt P33993

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 7; UniProt 1–719 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P49736) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 1 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (Q14566) ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–719; UniProt 1–719

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8w0i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8w0i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8w0i
沉积日期 deposition_date2024-02-13
结构标题 titleCryo-EM structure of the human MCM2-7 heterohexamer
关键词 keywordscomplex, helicase, replication, AAA+ ATPase, DNA BINDING PROTEIN; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.87
零角强度 I(0) i02412820000.00
分子量 molecular_weight405210.0 kDa
排除体积 excluded_volume505640 ų
包络体积 envelope_volume733750 ų
水化壳体积 shell_volume117120 ų
包络直径 envelope_diameter161.3
壳层 Rg shell_rg58.25
包络 Rg envelope_rg48.44
形状 Rg shape_rg49.90
总 Rg total_rg50.01
总原子数 total_atoms56930
残基数 n_residues3557
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax152.4
Rg (实空间) rg_real50.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05
I(0) (实空间) i0_real2.4130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2414000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8704
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.8
偏度 Skewness skewness0.078
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha283000000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.561

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)