SAXSdb — 8x22

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x22
沉积日期 deposition_date	2023-11-09
最后修订 last_revision	2024-07-17
结构标题 title	HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:dGTP ternary complex
关键词 keywords	reverse transcriptase, HIV-1, HBV, drug resistance, nucleoside analogue, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.36 Å
零角强度 I(0) i0	911099000.00
分子量 molecular_weight	245880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	305750 Å³
包络体积 envelope_volume	421580 Å³
水化壳体积 shell_volume	75498 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.73 Å
包络 Rg envelope_rg	45.86 Å
形状 Rg shape_rg	46.38 Å
总 Rg total_rg	46.46 Å
总原子数 total_atoms	17283
残基数 n_residues	1987
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	911100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8871
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	144500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.852

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Pol protein (Fragment)
分子量 formula_weight	64019.4 kDa
突变 mutation	L74V, Y115F, F116Y, Q151M, C162S, C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17744

MVPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKVVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAFYSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPMGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLSKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTEAVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIIGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVPLTDTTNQKTELQAIHLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 RT p51 subunit
分子量 formula_weight	51861.5 kDa
突变 mutation	C162S, C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAHHHHHHALEVLFQGPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLSKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTEAVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA/RNA (38-MER)
分子量 formula_weight	11724.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

TAATCGCCCCCCTTCGGTGCTTTGCACCGAAGGGGGGC

Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	453

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	285.227 Å
晶胞边长 b length_b	285.227 Å
晶胞边长 c length_c	96.075 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	48.811 Å
R 因子 r_factor	0.1844
R_work r_work	0.1825
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/x2/8x22/8x22.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x2/8x22/8x22.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x2/8x22/8x22.dat

HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:dGTP ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)