8yiy

Cryo-EM structure of human proteasome assembly intermediate preholo-1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 247.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yiy
沉积日期 deposition_date	2024-02-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of human proteasome assembly intermediate preholo-1
关键词 keywords	Protein degradation, Proteasome, 20S proteasome, Assembly, Assembly chapreone, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.02 Å
零角强度 I(0) i0	9877410000.00
分子量 molecular_weight	846180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1060600 Å³
包络体积 envelope_volume	1469700 Å³
水化壳体积 shell_volume	181670 Å³
包络直径 envelope_diameter	244.3 Å
壳层 Rg shell_rg	70.39 Å
包络 Rg envelope_rg	65.15 Å
形状 Rg shape_rg	65.99 Å
总 Rg total_rg	66.16 Å
总原子数 total_atoms	59406
残基数 n_residues	7668
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	247.1 Å
Rg (实空间) rg_real	69.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9200e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9870000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8506
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.686
峰度 Kurtosis kurtosis	0.249
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9419
最高正则化参数 α highest_alpha	1338000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.587; Stabil: 0.861; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.747

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-2
分子量 formula_weight	25927.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,A
原子数 atom_count	59560

MAERGYSFSLTTFSPSGKLVQIEYALAAVAGGAPSVGIKAANGVVLATEKKQKSILYDERSVHKVEPITKHIGLVYSGMGPDYRVLVHRARKLAQQYYLVYQEPIPTAQLVQRVASVMQEYTQSGGVRPFGVSLLICGWNEGRPYLFQSDPSGAYFAWKATAMGKNYVNGKTFLEKRYNEDLELEDAIHTAILTLKESFEGQMTEDNIEVGICNEAGFRRLTPTEVKDYLAAIA

Entity 2 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-4
分子量 formula_weight	29525.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,B

MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGHAGTCLGILANDGVLLAAERRNIHKLLDEVFFSEKIYKLNEDMACSVAGITSDANVLTNELRLIAQRYLLQYQEPIPCEQLVTALCDIKQAYTQFGGKRPFGVSLLYIGWDKHYGFQLYQSDPSGNYGGWKATCIGNNSAAAVSMLKQDYKEGEMTLKSALALAIKVLNKTMDVSKLSAEKVEIATLTRENGKTVIRVLKQKEVEQLIKKHEEEEAKAEREKKEKEQKEKDK

Entity 3 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-7
分子量 formula_weight	27929.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,C

MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVKKGSTAVGVRGRDIVVLGVEKKSVAKLQDERTVRKICALDDNVCMAFAGLTADARIVINRARVECQSHRLTVEDPVTVEYITRYIASLKQRYTQSNGRRPFGISALIVGFDFDGTPRLYQTDPSGTYHAWKANAIGRGAKSVREFLEKNYTDEAIETDDLTIKLVIKALLEVVQSGGKNIELAVMRRDQSLKILNPEEIEKYVAEIEKEKEENEKKKQKKAS

Entity 4 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-5
分子量 formula_weight	26436.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,D

MFLTRSEYDRGVNTFSPEGRLFQVEYAIEAIKLGSTAIGIQTSEGVCLAVEKRITSPLMEPSSIEKIVEIDAHIGCAMSGLIADAKTLIDKARVETQNHWFTYNETMTVESVTQAVSNLALQFGEEDADPGAMSRPFGVALLFGGVDEKGPQLFHMDPSGTFVQCDARAIGSASEGAQSSLQEVYHKSMTLKEAIKSSLIILKQVMEEKLNATNIELATVQPGQNFHMFTKEELEEVIKDI

Entity 5 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-1
分子量 formula_weight	29595.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,E

MFRNQYDNDVTVWSPQGRIHQIEYAMEAVKQGSATVGLKSKTHAVLVALKRAQSELAAHQKKILHVDNHIGISIAGLTADARLLCNFMRQECLDSRFVFDRPLPVSRLVSLIGSKTQIPTQRYGRRPYGVGLLIAGYDDMGPHIFQTCPSANYFDCRAMSIGARSQSARTYLERHMSEFMECNLNELVKHGLRALRETLPAEQDLTTKNVSIGIVGKDLEFTIYDDDDVSPFLEGLEERPQRKAQPAQPADEPAEKADEPMEH

Entity 6 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-3
分子量 formula_weight	28469.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,F

MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVRPFGCSFMLGSYSVNDGAQLYMIDPSGVSYGYWGCAIGKARQAAKTEIEKLQMKEMTCRDIVKEVAKIIYIVHDEVKDKAFELELSWVGELTNGRHEIVPKDIREEAEKYAKESLKEEDESDDDNM

Entity 7 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type-6
分子量 formula_weight	27432.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,G

MSRGSSAGFDRHITIFSPEGRLYQVEYAFKAINQGGLTSVAVRGKDCAVIVTQKKVPDKLLDSSTVTHLFKITENIGCVMTGMTADSRSQVQRARYEAANWKYKYGYEIPVDMLCKRIADISQVYTQNAEMRPLGCCMILIGIDEEQGPQVYKCDPAGYYCGFKATAAGVKQTESTSFLEKKVKKKFDWTFEQTVETAITCLSTVLSIDFKPSEIEVGVVTVENPKFRILTEAEIDAHLVALAERD

Entity 8 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-7
分子量 formula_weight	30000.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,H

MAAVSVYAPPVGGFSFDNCRRNAVLEADFAKRGYKLPKVRKTGTTIAGVVYKDGIVLGADTRATEGMVVADKNCSKIHFISPNIYCCGAGTAADTDMTTQLISSNLELHSLSTGRLPRVVTANRMLKQMLFRYQGYIGAALVLGGVDVTGPHLYSIYPHGSTDKLPYVTMGSGSLAAMAVFEDKFRPDMEEEEAKNLVSEAIAAGIFNDLGSGSNIDLCVISKNKLDFLRPYTVPNKKGTRLGRYRCEKGTTAVLTEKITPLEIEVLEETVQTMDTS

Entity 9 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-3
分子量 formula_weight	22972.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,I

MSIMSYNGGAVMAMKGKNCVAIAADRRFGIQAQMVTTDFQKIFPMGDRLYIGLAGLATDVQTVAQRLKFRLNLYELKEGRQIKPYTLMSMVANLLYEKRFGPYYTEPVIAGLDPKTFKPFICSLDLIGCPMVTDDFVVSGTCAEQMYGMCESLWEPNMDPDHLFETISQAMLNAVDRDAVSGMGVIVHIIEKDKITTRTLKARMD

Entity 10 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-2
分子量 formula_weight	22864.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,J

MEYLIGIQGPDYVLVASDRVAASNIVQMKDDHDKMFKMSEKILLLCVGEAGDTVQFAEYIQKNVQLYKMRNGYELSPTAAANFTRRNLADCLRSRTPYHVNLLLAGYDEHEGPALYYMDYLAALAKAPFAAHGYGAFLTLSILDRYYTPTISRERAVELLRKCLEELQKRFILNLPTFSVRIIDKNGIHDLDNISFPKQGS

Entity 11 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-5
分子量 formula_weight	28510.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,K

MALASVLERPLPVNQRGFFGLGGRADLLDLGPGSLSDGLSLAAPGWGVPEEPGIEMLHGTTTLAFKFRHGVIVAADSRATAGAYIASQTVKKVIEINPYLLGTMAGGAADCSFWERLLARQCRIYELRNKERISVAAASKLLANMVYQYKGMGLSMGTMICGWDKRGPGLYYVDSEGNRISGATFSVGSGSVYAYGVMDRGYSYDLEVEQAYDLARRAIYQATYRDAYSGGAVNLYHVREDGWIRVSSDNVADLHEKYSGSTP

Entity 12 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-1
分子量 formula_weight	26522.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,L

MLSSTAMYSAPGRDLGMEPHRAAGPLQLRFSPYVFNGGTILAIAGEDFAIVASDTRLSEGFSIHTRDSPKCYKLTDKTVIGCSGFHGDCLTLTKIIEARLKMYKHSNNKAMTTGAIAAMLSTILYSRRFFPYYVYNIIGGLDEEGKGAVYSFDPVGSYQRDSFKAGGSASAMLQPLLDNQVGFKNMQNVEHVPLSLDRAMRLVKDVFISAAERDVYTGDALRICIVTKEGIREETVSLRKD

Entity 13 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-4
分子量 formula_weight	27942.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,M

MEAFLGSRSGLWAGGPAPGQFYRIPSTPDSFMDPASALYRGPITRTQNPMVTGTSVLGVKFEGGVVIAADMLGSYGSLARFRNISRIMRVNNSTMLGASGDYADFQYLKQVLGQMVIDEELLGDGHSYSPRAIHSWLTRAMYSRRSKMNPLWNTMVIGGYADGESFLGYVDMLGVAYEAPSLATGYGAYLAQPLLREVLEKQPVLSQTEARDLVERCMRVLYYRDARSYNRFQIATVTEKGVEIEGPLSTETN

Entity 14 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta type-6
分子量 formula_weight	25377.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,N

MAATLLAARGAGPAPAWGPEAFTPDWESREVSTGTTIMAVQFDGGVVLGADSRTTTGSYIANRVTDKLTPIHDRIFCCRSGSAADTQAVADAVTYQLGFHSIELNEPPLVHTAASLFKEMCYRYREDLMAGIIIAGWDPQEGGQVYSVPMGGMMVRQSFAIGGSGSSYIYGYVDATYREGMTKEECLQFTANALALAMERDGSSGGVIRLAAIAESGVERQVLLGDQIPKFAVATLPPA

Entity 15 polymer

描述 description	Proteasome assembly chaperone 1
分子量 formula_weight	32891.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,c

MAATFFGEVVKAPCRAGTEDEEEEEEGRRETPEDREVRLQLARKREVRLLRRQTKTSLEVSLLEKYPCSKFIIAIGNNAVAFLSSFVMNSGVWEEVGCAKLWNEWCRTTDTTHLSSTEAFCVFYHLKSNPSVFLCQCSCYVAEDQQYQWLEKVFGSCPRKNMQITILTCRHVTDYKTSESTGSLPSPFLRALKTQNFKDSACCPLLEQPNIVHDLPAAVLSYCQVWKIPAILYLCYTDVMKLDLITVEAFKPILSTRSLKGLVKNIPQSTEILKKLMTTNEIQSNIYT

Entity 16 polymer

描述 description	Proteasome assembly chaperone 2
分子量 formula_weight	29423.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,d

MFVPCGESAPDLAGFTLLMPAVSVGNVGQLAMDLIISTLNMSKIGYFYTDCLVPMVGNNPYATTEGNSTELSINAEVYSLPSRKLVALQLRSIFIKYKSKPFCEKLLSWVKSSGCARVIVLSSSHSYQRNDLQLRSTPFRYLLTPSMQKSVQNKIKSLNWEEMEKSRCIPEIDDSEFCIRIPGGGITKTLYDESCSKEIQMAVLLKFVSEGDNIPDALGLVEYLNEWLQILKPLSDDPTVSASRWKIPSSWRLLFGSGLPPALF

Entity 17 polymer

描述 description	Proteasome maturation protein
分子量 formula_weight	15805.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h,e

MNARGLGSELKDSIPVTELSASGPFESHDLLRKGFSCVKNELLPSHPLELSEKNFQLNQDKMNFSTLRNIQGLFAPLKLQMEFKAVQQVQRLPFLSSSNLSLDVLRGNDETIGFEDILNDPSQSEVMGEPHLMVEYKLGLL

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.41 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	14636

fit	/app/data/saxs_computation/yi/8yiy/8yiy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yi/8yiy/8yiy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yi/8yiy/8yiy.dat

Cryo-EM structure of human proteasome assembly intermediate preholo-1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)