9c29

Hexadecamer of NL4-3 WT HIV-1 intasome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 219.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c29
沉积日期 deposition_date	2024-05-30
结构标题 title	Hexadecamer of NL4-3 WT HIV-1 intasome
关键词 keywords	Viral protein, protein complex, VIRAL PROTEIN-DNA complex; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.48 Å
零角强度 I(0) i0	2044860000.00
分子量 molecular_weight	300030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	340680 Å³
包络体积 envelope_volume	820840 Å³
水化壳体积 shell_volume	109990 Å³
包络直径 envelope_diameter	227.6 Å
壳层 Rg shell_rg	61.09 Å
包络 Rg envelope_rg	62.48 Å
形状 Rg shape_rg	64.61 Å
总 Rg total_rg	64.08 Å
总原子数 total_atoms	21298
残基数 n_residues	4100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	219.6 Å
Rg (实空间) rg_real	63.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2043000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8497
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	79.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.185
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	272500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.645

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	32244.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-,3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	21300

FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 06TG.HT008
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	587638
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPGPCPTPAPGPAPGPAPTPTPTPTPCPCPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5795.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Q,S

ACTGCTAGAGATTTTCCCG

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPGPAPAPAPAPTPCPTPCPTPAPGPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5220.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R,T

CGGGAAAATCTCTAGCA

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (2)

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分辨率 resolution	8.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	22780

fit	/app/data/saxs_computation/c2/9c29/9c29.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c2/9c29/9c29.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c2/9c29/9c29.dat

Hexadecamer of NL4-3 WT HIV-1 intasome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)