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2DNW
Solution structure of RSGI RUH-059, an ACP domain of acyl carrier protein, mitochondrial [Precursor] from human cDNA
提交 2006-04-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
69–156(88 aa)
片段:acyl carrier protein
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR样品组成
0.91mM RSGI RUH-059 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3;
10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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5OOL
Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA
提交 2017-08-08
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 92
ZN ZINC ION × 3
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.45;2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample incubated for 30 s prior to freezing.
|
分辨率 3.06 Å
|
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5OOM
Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA
提交 2017-08-08
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.45;2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample incubated for 30 s prior to freezing.
|
分辨率 3.03 Å
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5XTB
Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm
提交 2017-06-18
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 18
PDB 声明:octadecameric
|
链 G
72–156(85 aa)
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6
FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1
NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
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5XTC
Cryo-EM structure of human respiratory complex I transmembrane arm
提交 2017-06-19
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:29-meric
|
链 X
72–156(85 aa)
|
未记录
|
PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 9
CDL CARDIOLIPIN × 5
PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
5XTD
Cryo-EM structure of human respiratory complex I
提交 2017-06-19
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 45
PDB 声明:45-meric
|
链 G
72–156(85 aa)
链 X
72–156(85 aa)
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6
FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1
PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 9
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2
NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2
CDL CARDIOLIPIN × 5
PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
5XTH
Cryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1
提交 2017-06-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 80
PDB 声明:80-meric
|
链 G
72–156(85 aa)
片段:UNP RESIDUES 72-156
链 X
72–156(85 aa)
片段:UNP RESIDUES 72-156
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6
FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1
PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 12
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2
NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4
CDL CARDIOLIPIN × 14
PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 10
CU COPPER (II) ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
HEA HEME-A × 2
ZN ZINC ION × 1
HEC HEME C × 2
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5XTI
Cryo-EM architecture of human respiratory chain megacomplex-I2III2IV2
提交 2017-06-19
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 138
PDB 声明:138-meric
|
链 BG
72–156(85 aa)
片段:UNP RESIDUES 72-196
链 BX
72–156(85 aa)
片段:UNP RESIDUES 72-196
链 G
72–156(85 aa)
片段:UNP RESIDUES 72-196
链 X
72–156(85 aa)
片段:UNP RESIDUES 72-196
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 12
FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2
PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 21
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 4
NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 6
CDL CARDIOLIPIN × 19
PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 14
CU COPPER (II) ION × 6
MG MAGNESIUM ION × 2
HEA HEME-A × 4
ZN ZINC ION × 2
HEC HEME C × 2
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 17.40 Å
|
|
6ODD
Crystal structure of the human complex ACP-ISD11
提交 2019-03-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
72–156(85 aa)
|
未记录
|
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2
CA CALCIUM ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.216
|
|
6ODD
Crystal structure of the human complex ACP-ISD11
提交 2019-03-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
72–156(85 aa)
|
未记录
|
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1
CA CALCIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.216
|
|
7A5H
Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1
提交 2020-08-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:59-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 92
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7A5J
Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs
提交 2020-08-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 59
PDB 声明:63-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
|
MG MAGNESIUM ION × 92
ZN ZINC ION × 3
CL CHLORIDE ION × 2
NA SODIUM ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7O9K
Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu
提交 2021-04-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 67
PDB 声明:69-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 93
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7O9M
Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module
提交 2021-04-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 64
PDB 声明:66-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 104
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
ZN ZINC ION × 2
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
7ODR
State A of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate
提交 2021-04-30
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 97
K POTASSIUM ION × 2
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7ODS
State B of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate
提交 2021-04-30
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 88
K POTASSIUM ION × 8
N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7ODT
State C of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate
提交 2021-04-30
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 95
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 10
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7OF0
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset1).
提交 2021-05-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 61
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
7OF2
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with GTPBP6.
提交 2021-05-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 85
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
7OF3
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset2).
提交 2021-05-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:56-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 58
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
7OF5
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset2).
提交 2021-05-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 70
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7OF7
Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset1).
提交 2021-05-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:57-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 74
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å
|
|
7OI6
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1
提交 2021-05-11
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:52-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 48
ZN ZINC ION × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å
|
|
7OI7
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 2
提交 2021-05-11
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:54-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 49
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7OI8
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3A
提交 2021-05-11
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
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7OI9
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3B
提交 2021-05-11
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:54-meric
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链 w
1–156(156 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å
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7OIC
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 4
提交 2021-05-11
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:58-meric
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链 w
1–156(156 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 76
ZN ZINC ION × 3
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.10 Å
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7OID
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5A
提交 2021-05-11
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:56-meric
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链 w
1–156(156 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.70 Å
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7OIE
Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5B
提交 2021-05-11
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
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链 w
1–156(156 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å
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7PD3
Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP
提交 2021-08-04
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:60-meric
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链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 91
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å
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7PO4
Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome large subunit (largely unfolded rRNA with MALSU1, L0R8F8 and ACP)
提交 2021-09-08
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:60-meric
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链 zc
1–156(156 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 35
K POTASSIUM ION × 8
ZN ZINC ION × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.56 Å
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7QH6
Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 1
提交 2021-12-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 44
PDB 声明:46-meric
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链 w
1–156(156 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.08 Å
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7QH7
Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4
提交 2021-12-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:49-meric
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链 w
74–152(79 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 50
ZN ZINC ION × 3
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.89 Å
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8K2B
Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline
提交 2023-07-12
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
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链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 95
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 3
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å
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8PK0
human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7
提交 2023-06-23
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
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链 w
1–156(156 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 1
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2
MG MAGNESIUM ION × 96
K POTASSIUM ION × 10
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.03 Å
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8QSJ
Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7
提交 2023-10-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 56
PDB 声明:58-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 38
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
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8QU5
mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2
提交 2023-10-13
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:55-meric
|
链 w
1–156(156 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 48
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.42 Å
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9I4I
High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria
提交 2025-01-24
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配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 45
PDB 声明:45-meric
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链 H
1–156(156 aa)
链 X
1–156(156 aa)
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未记录
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PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 7
CDL CARDIOLIPIN × 6
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2
PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 7
DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6
FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1
NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2
ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.63 Å
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9N50
Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8aBr-mACP
提交 2025-02-03
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 C
69–156(88 aa)
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未记录
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A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6
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分辨率 2.50 Å
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9N51
Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP
提交 2025-02-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 C
69–156(88 aa)
|
未记录
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A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6
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分辨率 2.31 Å
R-free 0.273
|
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9N51
Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP
提交 2025-02-03
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 F
69–156(88 aa)
|
未记录
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A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 2.31 Å
R-free 0.273
|
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9PRA
In Situ Structure of the Human Mitoribosome Large Subunit 39S in Complex with EF-Tu
提交 2025-07-23
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 64
PDB 声明:66-meric
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链 Af
1–156(156 aa)
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非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
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ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 36
MG MAGNESIUM ION × 141
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1
SPD SPERMIDINE × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
VAL VALINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.83 Å
|
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9TI4
High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria
提交 2025-12-04
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构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 45
PDB 声明:45-meric
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链 H
72–156(85 aa)
链 X
72–156(85 aa)
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未记录
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SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6
FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1
PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 7
8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2
NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1
FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2
PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 7
ZN ZINC ION × 1
CDL CARDIOLIPIN × 6
DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;25 mM HEPES-KOH pH=7.5, 50 mM KCl, 20 mM Mg(OAc)2, 0.01% (v/v) Lauryl Maltose Neopentyl Glycol (LMNG), 0.001 % cardiolipin, 0.001 % glycol-diosgenin (GDN, Sigma-Aldrich), 0.1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.66 Å
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