9da9

Crystal structure of GluN1/GluN2A agonist-binding domains in complex with 7CKA and glutamate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 394–800	未记录	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A × 1 （Q00959） CKA 7-Chlorokynurenic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate and 14-18% PEG 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DA9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PZS Native GluN1/GluN2A/GluN2B in complex with 5F11 and 3D2 Fabs (class 1), glycine and glutamate bound state 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–938（938 aa）链 C 1–938（938 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9PZT Native GluN1/GluN2A in complex with 5F11 and 3D2 Fabs (class 3), glycine and glutamate-bound state 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–938（938 aa）链 C 1–938（938 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.14 Å
9PZU Native GluN1/GluN2B in complex with 5F11 Fab (class 4), glycine and glutamate-bound state 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–938（938 aa）链 C 1–938（938 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.36 Å
9PZV Native GluN1/GluN2A in complex with 5F11 and 3D2 Fabs, local ATD dimer 提交 2025-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–938（938 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
9UN2 native NMDAR receptor-GluN1/N2B in the inactive state 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–844（819 aa）链 C 26–844（819 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9UN3 native NMDA receptor-GluN1/N2B in the open state 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–841（817 aa）链 C 25–841（817 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9UNJ native NMDA receptor-GluN1/N2A-S1 in closed state 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–837（813 aa）链 C 25–837（813 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9UNK native NMDA receptor-GluN1/N2B in the closed state 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–844（821 aa）链 C 24–844（821 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9UNM native NMDA receptor-GluN1/N2A-S2 in the closed state 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–837（811 aa）链 C 27–837（811 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.37 Å
9UNN native NMDA receptor-GluN1/N2A-S3 in the closed state 提交 2025-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–840（816 aa）链 C 25–840（816 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9UNO native NMDA receptor-GluN1/N2A in the inactive state 提交 2025-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–837（813 aa）链 C 25–837（813 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
9UNP native NMDA receptor-GluN1/N2A/N2B-S2 in the closed state 提交 2025-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–844（821 aa）链 C 24–844（821 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9UNQ native NMDA receptor-GluN1/N2A/2B in inactive state 提交 2025-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–842（818 aa）链 C 25–842（818 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9UNR native NMDA receptor-GluN1/N2A/N2B-S1 in the closed state 提交 2025-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–843（819 aa）链 C 25–843（819 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	NMDZ1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–292； UniProt 394–800

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

Rattus norvegicus

UniProt Q00959

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 402–802	未记录	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （P35438） CKA 7-Chlorokynurenic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate and 14-18% PEG 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DA9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2A5S Crystal Structure Of The NR2A Ligand Binding Core In Complex With Glutamate 提交 2005-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 401–539（139 aa）片段：S1S2 ligand-binding core	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, calcium acetate, pH 7, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2A5S Crystal Structure Of The NR2A Ligand Binding Core In Complex With Glutamate 提交 2005-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：S1S2 ligand-binding core	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, calcium acetate, pH 7, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2A5T Crystal Structure Of The NR1/NR2A ligand-binding cores complex 提交 2005-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 401–539（139 aa）片段：S1S2 ligand-binding core	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, Calcium acetate, pH 7., EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
4NF4 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with DCKA and glutamate 提交 2013-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802	突变：S758T 突变：S758T	2JK 4-hydroxy-5,7-dimethylquinoline-2-carboxylic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K	分辨率 2.00 Å R-free 0.217
4NF5 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and D-AP5 提交 2013-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：unp residues 402-539; unp residues 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：unp residues 402-539; unp residues 661-802	突变：S758T 突变：S758T	GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 2JJ 5-phosphono-D-norvaline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4NF6 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and PPDA 提交 2013-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802	突变：S758T 突变：S758T	GLY GLYCINE × 1 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MMG and HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.215
4NF8 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in PEG2000MME 提交 2013-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802	突变：S758T 突变：S758T	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME and HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K	分辨率 1.86 Å R-free 0.218
5DEX Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, phenyl-ACEPC 提交 2015-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：UNP residues 402-539, 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：UNP residues 402-539, 661-802	未记录	GLY GLYCINE × 1 5E0 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；AMMONIUM ACETATE, PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.285
5I56 Agonist-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with TCN201 提交 2016-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–800（140 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67P N-({4-[2-(benzenecarbonyl)hydrazinecarbonyl]phenyl}methyl)-3-chloro-4-fluorobenzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000	分辨率 2.28 Å R-free 0.239
5I57 Glutamate- and glycine-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains 提交 2016-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：unp residues 402-539; 661-800 链 B 661–800（140 aa）片段：unp residues 402-539; 661-800	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.222
5I58 GLUTAMATE- AND GLYCINE-BOUND GLUN1/GLUN2A AGONIST BINDING DOMAINS WITH MPX-004 提交 2016-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–800（140 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67R 5-({[(3-chloro-4-fluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-N-[(2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000	分辨率 2.52 Å R-free 0.292
5I59 Glutamate- and glycine-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with MPX 007 提交 2016-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–800（140 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67Q 5-({[(3,4-difluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-6-methyl-N-[(2-methyl-4H-1lambda~4~,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000	分辨率 2.25 Å R-free 0.264
5JTY Glutamate- and DCKA-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with MPX-007 提交 2016-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：unp residues 402-539; 661-800 链 B 661–800（140 aa）片段：unp residues 402-539; 661-800	未记录	2JK 4-hydroxy-5,7-dimethylquinoline-2-carboxylic acid × 1 6ND 5-({[(3,4-difluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-6-methyl-N-[(2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000	分辨率 2.72 Å R-free 0.278
5TPW Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in complex with zinc at the GluN2A 提交 2016-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–393（360 aa）片段：residues 34-393	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8M Ammonium sulfate 2.5% Isopropanol	分辨率 2.91 Å R-free 0.245
5TQ0 Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in the presence of EDTA 提交 2016-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–393（360 aa）片段：residues 34-393	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M Ammonium sulfate, 2.5% Isopropanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5TQ2 Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in complex with zinc at GluN1 and GluN2A 提交 2016-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–393（360 aa）片段：residues 34-393	未记录	ZN ZINC ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8M Ammonium sulfate, 2.5% Isopropanol	分辨率 3.29 Å R-free 0.261
5VIH Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-fluorophenyl-ACEPC 提交 2017-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–802（142 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 5DZ 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.272
5VII Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-(3-fluoropropyl)phenyl-ACEPC 提交 2017-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 5DY 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-[4-(3-fluoropropyl)phenyl]-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.259
5VIJ Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-bromophenyl-ACEPC 提交 2017-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–802（142 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 5DX 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-bromophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
6MM9 Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 5.97 Å
6MMA Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.31 Å
6MMB Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 12.70 Å
6MMG Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.23 Å
6MMH Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended-2' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 8.21 Å
6MMI Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Splayed-Open' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 8.93 Å
6MMJ Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 16.50 Å
6MMK Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.08 Å
6MML Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 7.14 Å
6MMM Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended-1' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.84 Å
6MMN Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 8.0 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 7.51 Å
6MMP Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 0.1 millimolar EDTA, and at pH 8.0 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.88 Å
6MMR Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, 3 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 5.13 Å
6MMS Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	突变：H128S, N687Q 突变：H128S, N687Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 5.38 Å
6MMT Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	突变：H128S, N687Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 7.46 Å
6MMU Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	突变：H128S, N687Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 5.30 Å
6MMV Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* Extracellular Domain in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–800（800 aa）片段：UNP residues 1-800 链 D 1–800（800 aa）片段：UNP residues 1-800	突变：H128S, N687Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 4.71 Å
6MMW Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	突变：H128S, N687Q 突变：H128S, N687Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.20 Å
6MMX Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the 'Extended' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837 链 D 1–837（837 aa）片段：UNP residues 1-837	突变：H128S, N687Q 突变：H128S, N687Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.	分辨率 6.99 Å
6ODL Crystal structure of GluN2A agonist binding domain with 4-butyl-(S)-CCG-IV 提交 2019-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 404–539（136 aa）链 B 404–539（136 aa）	未记录	M7V (1S,2R)-2-[(S)-amino(carboxy)methyl]-1-butylcyclopropane-1-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.283
6OVD Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 3-ethylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–802（142 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 N9A (3S,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(3-ethylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
6OVE Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-propylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 662–801（140 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 N9D (3R,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-propylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6OVE Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-propylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 662–801（140 aa）	未记录	N9D (3R,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-propylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6USU Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with L689,560 and glutamate 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：UNP residues 402-539, 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：UNP residues 402-539, 661-802	未记录	QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME	分辨率 2.09 Å R-free 0.222
6USV Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and SDZ 220-040 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：UNP residues 402-539, 661-802 链 B 661–802（142 aa）片段：UNP residues 402-539, 661-802	未记录	GLY GLYCINE × 1 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
6UZ6 Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-800) 链 B 661–800（140 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-800)	突变：A414R, K738M, G740R, R741K 突变：A414R, K738M, G740R, R741K	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME	分辨率 1.66 Å R-free 0.212
6UZG Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and homoquinolinic acid 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802) 链 B 661–802（142 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)	突变：A414R, K738M, G740R, R741K 突变：A414R, K738M, G740R, R741K	GLY GLYCINE × 1 QM1 3-(carboxymethyl)pyridine-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME	分辨率 1.94 Å R-free 0.250
6UZR Crystal structure of GLUN1/GLUN2A ligand-binding domain in complex with glycine and homoquinolinic acid 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802) 链 B 661–802（142 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)	未记录	GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 QM1 3-(carboxymethyl)pyridine-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME	分辨率 1.87 Å R-free 0.207
6UZW Crystal structure of GLUN1/GLUN2A ligand-binding domain in complex with glycine and UBP791 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802) 链 B 661–802（142 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)	未记录	GLY GLYCINE × 1 QM4 (2S,3R)-1-[7-(2-carboxyethyl)phenanthrene-2-carbonyl]piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
6UZX Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and UBP791 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802) 链 B 661–802（142 aa）片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)	突变：A414R, K738M, G740R, R741K 突变：A414R, K738M, G740R, R741K	GOL GLYCEROL × 2 GLY GLYCINE × 1 QM4 (2S,3R)-1-[7-(2-carboxyethyl)phenanthrene-2-carbonyl]piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME	分辨率 2.41 Å R-free 0.245
8JF7 Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab 提交 2023-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.73 Å
8XLK Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2023-12-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–1464（1464 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9C7C Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in nanodisc complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123, open conformation 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–865（865 aa）链 D 1–865（865 aa）	未记录	A1AUV 4-cyclohexyl-N-[(8R)-2-cyclopropyl-7-hydroxy-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]benzene-1-sulfonamide × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 HP6 HEPTANE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 8 GLY GLYCINE × 2 D12 DODECANE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 D10 DECANE × 2 HEX HEXANE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9C7E Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in nanodisc complex with glycine, glutamate, and GNE-4123, open conformation, C2 symmetry 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	A1AUV 4-cyclohexyl-N-[(8R)-2-cyclopropyl-7-hydroxy-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]benzene-1-sulfonamide × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 D12 DODECANE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9C7P Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in digitonin complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9C7Q Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A, in complex with glycine and glutamate 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9C7R Diheteromeric GluN1/GluN2A (M817V) in digitonin complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9NYZ Crystal structure of DCKA/glutamate-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with UCM-101 提交 2025-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 402–539（138 aa）链 B 661–802（142 aa）	未记录	DK1 5,7-DICHLORO-4-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 A1B7E N-(cyclohexylmethyl)-2-[(5-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamide × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；ammonium acetate, PEG 4000	分辨率 1.71 Å R-free 0.202
9PZQ GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 1), glycine- and glutamate-bound state 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
9PZR GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 2), glycine- and glutamate-bound state 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
9PZW GluN1/GluN2A in complex with 3D2 Fab, glycine and glutamate-bound state 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–866（866 aa）链 D 1–866（866 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
9PZX GluN1/GluN2A in complex with 3D2 Fab, local ATD dimer 提交 2025-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–866（866 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å

共 59 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–283； UniProt 402–802

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9da9
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	Crystal structure of GluN1/GluN2A agonist-binding domains in complex with 7CKA and glutamate
关键词 keywords	Glutamate receptor Ligand-gated ion channel Neurotransmitter receptor Synaptic transmission Neuropharmacology, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.67 Å
零角强度 I(0) i0	66821900.00
分子量 molecular_weight	63832.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79959 Å³
包络体积 envelope_volume	97434 Å³
水化壳体积 shell_volume	32227 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.55 Å
包络 Rg envelope_rg	25.04 Å
形状 Rg shape_rg	24.65 Å
总 Rg total_rg	25.61 Å
总原子数 total_atoms	8926
残基数 n_residues	560
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8772
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.276
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.953

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	33340.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9318

GMSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
分子量 formula_weight	31785.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICHN

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	7-Chlorokynurenic acid
分子量 formula_weight	223.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.244 Å
晶胞边长 b length_b	87.338 Å
晶胞边长 c length_c	135.896 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	33.970 Å
R 因子 r_factor	0.1709
R_work r_work	0.1679
R_free r_free	0.2281

fit	/app/data/saxs_computation/da/9da9/9da9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/9da9/9da9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/9da9/9da9.dat

Crystal structure of GluN1/GluN2A agonist-binding domains in complex with 7CKA and glutamate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)