9de1

Q108K:K40L:T51V:T53C:R58Y:Y19W:Q38L:Q4A:T29L mutant of hCRBPII bound to FR1V in the dark at pH 6.0

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9de1
沉积日期 deposition_date	2024-08-28
最后修订 last_revision	2025-09-03
结构标题 title	Q108K:K40L:T51V:T53C:R58Y:Y19W:Q38L:Q4A:T29L mutant of hCRBPII bound to FR1V in the dark at pH 6.0
关键词 keywords	human cellular retinol binding protein II, hCRBPII, fluorescent protein, engineered protein, RETINOL BINDING PROTEIN; RETINOL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.08 Å
零角强度 I(0) i0	17593700.00
分子量 molecular_weight	32081.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40263 Å³
包络体积 envelope_volume	47454 Å³
水化壳体积 shell_volume	19531 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.3 Å
壳层 Rg shell_rg	26.79 Å
包络 Rg envelope_rg	21.39 Å
形状 Rg shape_rg	21.10 Å
总 Rg total_rg	21.83 Å
总原子数 total_atoms	2264
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.431
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3962000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Retinol-binding protein 2
分子量 formula_weight	15553.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	2494

TRDANGTWEMESNENFEGWMKALDIDFALRKIAVRLTLTLVIDQDGDNFKTKCTSTFYNYDVDFTVGVEFDEYTKSLDNRHVKALVTWEGDVLVCVQKGEKENRGWKKWIEGDKLYLELTCGDQVCRQVFKKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4aP)-N,N-diethyl-9,9-dimethyl-7-[(1E)-prop-1-en-1-yl]-9H-fluoren-2-amine
分子量 formula_weight	305.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	214

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.032 Å
晶胞边长 b length_b	35.790 Å
晶胞边长 c length_c	63.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.90 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	65.29 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	32.480 Å
R 因子 r_factor	0.1952
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2086

fit	/app/data/saxs_computation/de/9de1/9de1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/9de1/9de1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/9de1/9de1.dat